PDB-9rcr: 1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,2-propanediol additive

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rcr

タイトル

1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,2-propanediol additive

要素

Glycyl radical protein

キーワード

LYASE / glycyl radical enzyme / 1 / 2-propanediol

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Raoultella planticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kalnins, G. / Estere, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,2-propanediol additive
著者: Kalnins, G. / Estere, M.

履歴

登録	2025年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rcr.cif.gz	618.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rcr.ent.gz	496.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

367 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.890, 199.973, 118.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.323, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycyl radical protein 分子量: 91569.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella planticola (バクテリア) 遺伝子: I8Y23_000693 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN5KVK2
#2: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.6 M ammonium acetate, 4% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→98.78 Å / Num. obs: 86164 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 35.67 Å² / CC_1/2: 0.3 / R_merge(I) obs: 0.858 / R_pim(I) all: 0.561 / R_rim(I) all: 1.03 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 5.835 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4143 / CC_1/2: 0.192 / R_pim(I) all: 4.087 / R_rim(I) all: 11.338 / Χ²: 1.03 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→98.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.81 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.75 / SU B: 32.264 / SU ML: 0.544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.506 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3178	4009	4.664 %
R_work	0.2626	81956	-
all	0.265	-	-
obs	-	85965	97.074 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.912 Å²	0 Å²	1.34 Å²
2-	-	-2.38 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→98.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25001	0	15	126	25142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	25575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.015	23753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.645	34642
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.58	54590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.578	5	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.623	22.363	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.81	15	4229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.099	15	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	3278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	29637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	6215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	25344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	12939
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	12588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	730
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.282	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.325	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.33	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.571	2.851	12678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.57	2.85	12677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.438	4.272	15841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.438	4.272	15842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.886	2.923	12897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.886	2.923	12898
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.779	4.343	18800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.779	4.343	18801
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.642	33.534	29524
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.642	33.534	29525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.505	285	0.479	5763	X-RAY DIFFRACTION	92.4629
2.873-2.951	0.484	290	0.441	5620	X-RAY DIFFRACTION	93.5275
2.951-3.037	0.44	274	0.397	5589	X-RAY DIFFRACTION	94.4579
3.037-3.13	0.408	274	0.371	5451	X-RAY DIFFRACTION	94.9735
3.13-3.233	0.364	228	0.336	5344	X-RAY DIFFRACTION	95.7388
3.233-3.346	0.38	216	0.317	5208	X-RAY DIFFRACTION	96.3068
3.346-3.472	0.333	264	0.285	5027	X-RAY DIFFRACTION	97.3147
3.472-3.614	0.297	226	0.248	4894	X-RAY DIFFRACTION	97.5238
3.614-3.775	0.285	237	0.216	4692	X-RAY DIFFRACTION	98.1091
3.775-3.959	0.289	211	0.198	4543	X-RAY DIFFRACTION	98.8769
3.959-4.172	0.257	245	0.181	4273	X-RAY DIFFRACTION	98.9488
4.172-4.425	0.223	198	0.161	4105	X-RAY DIFFRACTION	98.7833
4.425-4.73	0.257	186	0.163	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.5349
4.73-5.108	0.261	185	0.172	3567	X-RAY DIFFRACTION	99.6018
5.108-5.595	0.248	151	0.189	3338	X-RAY DIFFRACTION	99.8283
5.595-6.253	0.253	154	0.205	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.6855
6.253-7.217	0.237	128	0.19	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
7.217-8.83	0.236	113	0.178	2257	X-RAY DIFFRACTION	99.8736
8.83-12.45	0.23	92	0.189	1752	X-RAY DIFFRACTION	100
12.45-98.7	0.268	52	0.306	988	X-RAY DIFFRACTION	99.7124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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