PDB-9rcq: 1,2-propanediol dehydratase with no ligand additives

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rcq

タイトル

1,2-propanediol dehydratase with no ligand additives

要素

Glycyl radical protein

キーワード

LYASE / glycyl radical enzyme / 1 / 2-propanediol

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Raoultella planticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kalnins, G. / Estere, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1,2-propanediol dehydratase with no ligand additives
著者: Kalnins, G. / Estere, M.

履歴

登録	2025年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rcq.cif.gz	621.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rcq.ent.gz	508.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

367 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.890, 131.890, 457.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Glycyl radical protein 分子量: 91569.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella planticola (バクテリア) 遺伝子: I8Y23_000693 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN5KVK2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.55 M ammonium acetate, 4.5% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→76.32 Å / Num. obs: 143122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / B_iso Wilson estimate: 57.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.22 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.231 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 2.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6989 / CC_1/2: 0.546 / R_pim(I) all: 0.861 / R_rim(I) all: 2.834 / Χ²: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→76.32 Å / SU ML: 0.3715 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1656
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2379	6864	4.8 %
R_work	0.1888	136128	-
obs	0.1912	142992	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→76.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25154	0	16	134	25304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	25884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1003	35089
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	3763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	4671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.477	3551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.3652	188	0.2937	4517	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.63-2.66	0.3576	219	0.2839	4466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.69	0.3503	222	0.2788	4514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.73	0.3276	196	0.2723	4491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.76	0.3689	215	0.2753	4477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3132	232	0.2711	4500	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.8-2.84	0.3356	238	0.2711	4438	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-2.88	0.347	217	0.2706	4519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.3479	250	0.2572	4501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3235	226	0.2535	4450	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.3018	245	0.252	4468	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.08	0.3054	230	0.2467	4506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2737	254	0.233	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.2817	199	0.2331	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.28	0.3058	235	0.2391	4504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.35	0.3037	222	0.2387	4531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.44	0.2774	261	0.2307	4451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.53	0.2562	242	0.2129	4532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.63	0.2621	227	0.2012	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.75	0.2463	219	0.196	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.75-3.88	0.2399	241	0.1834	4528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.04	0.2009	207	0.1663	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.22	0.2172	268	0.1561	4548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-4.45	0.1918	207	0.1509	4562	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.72	0.1893	250	0.1439	4571	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.72-5.09	0.208	207	0.1442	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.6	0.2095	205	0.165	4619	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-6.41	0.2234	235	0.1787	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
6.41-8.07	0.2074	255	0.1588	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
8.08-76.32	0.1531	252	0.1356	4916	X-RAY DIFFRACTION	99.67

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)