PDB-9rcp: 1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,3-propanediol additive

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rcp

タイトル

1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,3-propanediol additive

要素

Glycyl radical protein

キーワード

LYASE / glycyl radical enzyme / 1 / 2-propanediol

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Raoultella planticola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kalnins, G. / Estere, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1,2-propanediol dehydratase with 0.1 % 1,3-propanediol additive
著者: Kalnins, G. / Estere, M.

履歴

登録	2025年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rcp.cif.gz	654.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rcp.ent.gz	528.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/9rcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

367 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycyl radical protein

B: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycyl radical protein

D: Glycyl radical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.435, 200.574, 118.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.589, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycyl radical protein 分子量: 91569.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella planticola (バクテリア) 遺伝子: I8Y23_000693 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AAN5KVK2
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.6 M ammonium acetate, 3.6% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→100.29 Å / Num. obs: 284309 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.85 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.193 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.592 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 14032 / CC_1/2: 0.491 / R_pim(I) all: 1.003 / R_rim(I) all: 1.886 / Χ²: 0.85 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→75.06 Å / SU ML: 0.2494 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4673
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	14126	4.97 %
R_work	0.1859	270002	-
obs	0.1878	284128	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→75.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25004	0	20	1468	26492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	25806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9606	35006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0534	3765
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	4662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.8569	3564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3439	434	0.3124	8992	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.92-1.94	0.3257	489	0.2985	8995	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.94-1.97	0.3026	482	0.2841	8926	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.97-1.99	0.3401	482	0.2882	8973	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.99-2.02	0.323	463	0.2732	8953	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.05	0.2954	476	0.2626	9049	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.08	0.2796	490	0.2506	8920	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.08-2.11	0.298	476	0.2501	8953	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.14	0.2799	471	0.2404	9013	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.14-2.17	0.2773	412	0.2329	9035	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.21	0.2824	484	0.2317	8969	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.25	0.2893	479	0.2272	8946	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.25-2.3	0.257	437	0.2202	9046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.34	0.2752	445	0.216	9002	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.34-2.39	0.2553	504	0.2077	8975	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.39-2.45	0.2673	428	0.2001	9032	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.45-2.51	0.2742	473	0.2027	8972	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.51-2.58	0.2464	453	0.1983	9024	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.58-2.65	0.2461	468	0.196	9006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.74	0.2443	482	0.1874	9022	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.74-2.84	0.2311	508	0.1841	8934	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.84-2.95	0.2454	413	0.1915	9076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.09	0.2372	461	0.1866	9001	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.2049	473	0.1828	9032	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.25-3.45	0.2318	513	0.1862	8935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.72	0.2037	505	0.1718	9045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.09	0.1753	495	0.1503	8998	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.69	0.1602	473	0.1334	9004	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.69-5.9	0.1633	496	0.1385	9054	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.9-75.06	0.1419	461	0.1275	9120	X-RAY DIFFRACTION	99.68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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