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- PDB-9rci: Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rci
タイトルCrystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28
要素Flap endonuclease 1
キーワードHYDROLASE / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


flap endonuclease activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of sister chromatid cohesion / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...flap endonuclease activity / telomere maintenance via semi-conservative replication / positive regulation of sister chromatid cohesion / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / UV protection / DNA replication, removal of RNA primer / Removal of the Flap Intermediate / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / 5'-3' exonuclease activity / exonuclease activity / Early Phase of HIV Life Cycle / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / double-strand break repair via homologous recombination / memory / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / double-stranded DNA binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap endonuclease 1 / XPG protein signature 2. / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.662 Å
データ登録者Toste Rego, A. / Pica, A. / Cornaciu, I. / Burgdorf, L. / Mann, S.E.
資金援助 英国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Other private 英国
Other private ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Fragment-Based Discovery and Structure-Led Optimization of MSC778, the First Potent, Selective, and Orally Bioavailable FEN1 Inhibitor.
著者: Mann, S.E. / Lefranc, J. / Alkhatib, O. / Boivin, R. / Bomke, J. / Byrne, R.T. / Cassona, C.P. / Chen, X. / Cornaciu, I. / Costales, P. / Davis, O.A. / DeSelm, L. / Elinati, E. / Follows, B. ...著者: Mann, S.E. / Lefranc, J. / Alkhatib, O. / Boivin, R. / Bomke, J. / Byrne, R.T. / Cassona, C.P. / Chen, X. / Cornaciu, I. / Costales, P. / Davis, O.A. / DeSelm, L. / Elinati, E. / Follows, B. / Galbiati, A. / Goldner, C. / Hayre, J.K. / Jorand-Lebrun, C. / Lademann, C.A. / Leuthner, B. / Majithiya, J.B. / Malta, C.F. / Mason, B. / McWhirter, C.L. / Neff, B. / Nissink, J.W.M. / Pehl, U. / Petersson, C. / Pica, A. / Pinto, M.F. / Rajendra, E. / Rakers, C. / Toste Rego, A. / Robinson, H.M.R. / Sala-Hojman, A. / Schaedler, T.A. / Schurmann, P.J.L. / Silva, D.O. / Smith, G.C.M. / Sorrell, F. / Webster, G.R. / Zenke, F.T. / Heald, R.A. / Burgdorf, L.T.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年10月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap endonuclease 1
B: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,34910
ポリマ－77,2852
非ポリマー1,0648
水3,297183
1
A: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1755
ポリマ－38,6421
非ポリマー5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flap endonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1755
ポリマ－38,6421
非ポリマー5324
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.869, 39.297, 100.916
Angle α, β, γ (deg.)98.30, 90.32, 90.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Flap endonuclease 1 / FEN-1 / DNase IV / Flap structure-specific endonuclease 1 / Maturation factor 1 / MF1 / hFEN-1


分子量: 38642.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEN1, RAD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli RIL
参照: UniProt: P39748, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-A1JD4 / (3~{S})-13-[(1~{S})-1-(2-methylquinolin-7-yl)ethoxy]-11-oxidanyl-5-oxa-1,8-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-10,13-diene-9,12-dione


分子量: 421.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23N3O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.662→99.857 Å / Num. obs: 44821 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.662→1.811 Å / Rmerge(I) obs: 0.859 / Num. unique obs: 2241 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.518

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (10-JUL-2024)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.662→33.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.168
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2833 2159 4.82 %RANDOM
Rwork0.2437 ---
obs0.2456 44812 69.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2061 Å20.9315 Å2-0.0919 Å2
2---2.0918 Å2-3.1848 Å2
3---7.2979 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.662→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4202 0 74 183 4459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014458HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.026073HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1571SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes771HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4336HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion568SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3801SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.662→1.76 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 -3.9 %
Rwork-862 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4047-0.1221-0.27650.43910.52280.77430.03470.0293-0.01170.01690.0171-0.0133-0.05280.0441-0.0518-0.11580.0169-0.0095-0.0657-0.05040.1196-4.98722.9127-27.8333
20.37730.1627-0.32140.3355-0.38270.72710.0321-0.03340.0034-0.02730.01160.0216-0.0386-0.0615-0.0438-0.10240.0137-0.0015-0.0503-0.05360.11311.595317.741-80.0624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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