PDB-9rbv: X-ray structure of lysozyme when is treated with Cs2[V(V)2O4(mal)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rbv

タイトル

X-ray structure of lysozyme when is treated with Cs2[V(V)2O4(mal)2]2H2O at 310K

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Vanadium compounds / lysozyme / protein metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2025
タイトル: Speciation and structural transformation of a V V -malate complex in the absence and in the presence of a protein: from a dinuclear species to decavanadate.
著者: Paolillo, M. / Ferraro, G. / Gumerova, N.I. / Pisanu, F. / Garribba, E. / Rompel, A. / Merlino, A.

履歴

登録	2025年5月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9rbv.cif.gz	42.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9rbv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9rbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9rbv_validation.pdf.gz	710.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9rbv_full_validation.pdf.gz	711.3 KB	表示
XML形式データ	9rbv_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	9rbv_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/9rbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/9rbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9rbgC 9rbtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.100, 79.100, 37.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-310- HOH
2	1	AAA-328- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-VVO / oxovanadium(2+) 分子量: 66.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化	温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1.1 M sodium chloride and 0.1 M sodium acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 310 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→55.93 Å / Num. obs: 53940 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / Num. unique obs: 2669 / CC_1/2: 0.323

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→55.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 6.88 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.286 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2935	302	5.017 %
R_work	0.2133	5718	-
all	0.218	-	-
obs	-	7102	81.023 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.509 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.509 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→55.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	4	28	1033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.013	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	1.634	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.325	1.595	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.87	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.332	20.806	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.28	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.459	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.065	3.769	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.038	3.762	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.147	5.652	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.147	5.657	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.059	4.262	522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.051	4.262	521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.095	6.213	762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.078	6.212	762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.69	44.434	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.681	44.447	1226

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.144	0.275	12	0.237	257	X-RAY DIFFRACTION	50.3745
2.144-2.203	0.297	16	0.268	294	X-RAY DIFFRACTION	59.501
2.203-2.267	0.224	13	0.257	240	X-RAY DIFFRACTION	51.0081
2.267-2.336	0.39	11	0.222	325	X-RAY DIFFRACTION	67.3347
2.336-2.413	0.235	11	0.23	343	X-RAY DIFFRACTION	75
2.413-2.497	0.429	20	0.216	348	X-RAY DIFFRACTION	77.1488
2.497-2.591	0.249	25	0.221	350	X-RAY DIFFRACTION	85.034
2.591-2.697	0.264	9	0.22	310	X-RAY DIFFRACTION	73.6721
2.697-2.817	0.312	19	0.217	399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.817-2.954	0.465	22	0.231	376	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.954-3.113	0.282	21	0.219	369	X-RAY DIFFRACTION	100
3.113-3.301	0.318	18	0.23	342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.301-3.528	0.337	16	0.209	286	X-RAY DIFFRACTION	88.3041
3.528-3.81	0.271	15	0.187	269	X-RAY DIFFRACTION	87.1166
3.81-4.171	0.175	20	0.162	250	X-RAY DIFFRACTION	88.5246
4.171-4.66	0.275	11	0.142	262	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.375	0.289	14	0.195	231	X-RAY DIFFRACTION	100
5.375-6.568	0.284	15	0.209	195	X-RAY DIFFRACTION	100
6.568-9.225	0.253	9	0.255	166	X-RAY DIFFRACTION	100
9.225-55.93	0.48	5	0.322	106	X-RAY DIFFRACTION	98.2301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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