PDB-9rb1: Streptococcus pyogenes GapN in complex with 2-cyanoacetamide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rb1

タイトル

Streptococcus pyogenes GapN in complex with 2-cyanoacetamide

要素

NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GapN / Fragment screening / Soaking

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Wirsing, R. / Schindelin, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with 2-cyanoacetamide
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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XML形式データ	9rb1_validation.xml.gz	203 KB	表示
CIF形式データ	9rb1_validation.cif.gz	284.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/9rb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/9rb1	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

427 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.517, 99.583, 104.162
Angle α, β, γ (deg.)	77.660, 75.940, 67.670
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52959.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786
#2: 化合物	ChemComp-XHD / 2-cyanoacetamide / シアノアセトアミド分子量: 84.077 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: BisTris buffer pH 6.7 Li2SO4 polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→47.92 Å / Num. obs: 437149 / % possible obs: 70.6 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.61→1.668 Å / R_merge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 1875 / CC_1/2: 0.485 / R_pim(I) all: 0.686 / R_rim(I) all: 1.247 / % possible all: 4.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.61→47.92 Å / SU ML: 0.1416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.847
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	16197	5.03 %
R_work	0.1571	305583	-
obs	0.1589	321780	70.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28368	0	206	4475	33049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	29382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7189	39928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0473	4701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	5163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6245	10796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.4946	13	0.3134	292	X-RAY DIFFRACTION	2.03
1.63-1.65	0.3172	41	0.2615	543	X-RAY DIFFRACTION	3.82
1.65-1.67	0.2791	42	0.2713	854	X-RAY DIFFRACTION	5.9
1.67-1.69	0.2868	74	0.275	1361	X-RAY DIFFRACTION	9.35
1.69-1.71	0.3271	100	0.2695	1978	X-RAY DIFFRACTION	13.74
1.71-1.73	0.3684	149	0.2742	2578	X-RAY DIFFRACTION	17.84
1.73-1.76	0.3007	188	0.2608	3488	X-RAY DIFFRACTION	24.15
1.76-1.78	0.2871	250	0.2495	4671	X-RAY DIFFRACTION	32.29
1.78-1.81	0.3132	338	0.2423	6258	X-RAY DIFFRACTION	43.31
1.81-1.84	0.2802	457	0.2414	8633	X-RAY DIFFRACTION	59.69
1.84-1.87	0.2661	576	0.2273	11020	X-RAY DIFFRACTION	75.88
1.87-1.91	0.2607	687	0.2204	12307	X-RAY DIFFRACTION	85.32
1.91-1.94	0.2562	708	0.2166	13094	X-RAY DIFFRACTION	90.33
1.94-1.98	0.2477	758	0.2018	13554	X-RAY DIFFRACTION	94.13
1.98-2.03	0.2556	768	0.1944	13768	X-RAY DIFFRACTION	95.25
2.03-2.07	0.2347	763	0.186	13964	X-RAY DIFFRACTION	96.37
2.07-2.12	0.211	742	0.1723	13482	X-RAY DIFFRACTION	93.02
2.12-2.18	0.2124	724	0.1578	13924	X-RAY DIFFRACTION	96.46
2.18-2.25	0.1979	731	0.1535	14105	X-RAY DIFFRACTION	96.97
2.25-2.32	0.1918	680	0.1494	14144	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.32-2.4	0.1963	768	0.151	14071	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.4-2.5	0.1967	690	0.1539	14174	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.5-2.61	0.1932	742	0.1533	14168	X-RAY DIFFRACTION	97.58
2.61-2.75	0.2055	716	0.1533	14170	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.75-2.92	0.1885	736	0.1649	14114	X-RAY DIFFRACTION	97.57
2.92-3.15	0.1837	760	0.1611	14123	X-RAY DIFFRACTION	97.31
3.15-3.46	0.1951	726	0.1491	14226	X-RAY DIFFRACTION	97.94
3.46-3.97	0.1633	752	0.1298	14193	X-RAY DIFFRACTION	98.12
3.97-4.99	0.1351	724	0.1103	14218	X-RAY DIFFRACTION	97.89
4.99-47.92	0.1589	794	0.1477	14108	X-RAY DIFFRACTION	97.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.10413652686	0.0372108676506	0.0263869531472	0.188341150424	-0.00435792713626	0.31881087466	-0.00474344443255	0.0447097372198	0.0236426000706	-0.0492953244925	-0.00893400398077	0.0166748453248	-0.0503289372261	0.07284008243	-4.36110474584E-7	0.126430431352	-0.00653700033898	-0.00356141145599	0.15304671452	0.0109876019332	0.0993959899556	-15.2151626949	-10.1290484989	-50.6524981245
2	0.326883508494	-0.00330678237782	0.100969831474	0.0583664609355	0.0220578419259	0.120183444692	-0.00445515785875	0.0736481879622	0.0159068428887	-0.00767819074538	0.00196683079789	-0.000348473138153	-0.00740420934432	0.0390818986693	-6.69955275342E-7	0.123712841548	-0.00924070238038	0.0017912149198	0.155054452126	0.0128594939676	0.115682402147	10.0148520566	-29.9252787186	-34.1288923311
3	0.169205927401	-0.0505663567463	-0.020416810538	0.101182195871	0.00588428841362	0.182472956529	-0.0196656014919	0.00340009119027	0.0169159762375	0.0144400848608	0.00201270563222	0.00294930253054	-0.0129585456464	-0.0179529519742	-1.11606915842E-6	0.113002688879	-0.0107923854922	0.0041105871924	0.0962733449197	-0.00631708544449	0.107555924845	-31.8096307219	-21.3370002971	-8.13060820802
4	0.22282299239	0.111660588267	0.00986367129643	0.204481929544	-0.0314404485124	0.129485015618	-0.000567997307952	0.0156298953618	-0.0238606975042	-0.00639974712209	0.00820158795616	-0.00271313516727	0.0133758596668	-0.0167979634349	-2.64732485431E-7	0.109299504448	-0.0101718090001	0.00607796879304	0.128965306104	-0.0203722039781	0.112811973404	-30.9218528621	-51.5839364991	-27.7231557584
5	0.152770120458	-0.0410814627338	-0.130399417683	0.164816210076	0.0687055256965	0.455649026884	-0.0724702703536	-0.0535636878232	-0.0394917418138	0.106925554179	0.0408316096101	0.0538182322662	0.0868690524885	0.0563012046979	-0.048679263804	0.1812161195	0.0283142403048	0.0309931287429	0.137542278872	0.0302812805728	0.144784558858	-3.53108120196	-87.8151239594	-56.845954052
6	0.770006219243	-0.259870210025	0.0401024584267	0.203321647427	0.00232335706799	0.124150690952	0.00763760540758	-0.0635043299034	-0.220154937388	-0.0115045648381	0.017398681059	0.126319028197	-0.00341020760017	-0.0011080141228	0.0864903290757	0.118187426744	-0.00576081055627	0.00149583408756	0.106848141734	0.0372838366532	0.206331977031	-28.7408464932	-80.2887431867	-81.5258759353
7	0.167367018096	0.0204726304488	0.0612166626465	0.211512286626	-0.0381707468858	0.144915434876	-0.0166439522783	-0.00625219471271	0.014856752112	0.0162564182015	-0.00496089333976	-0.0151731537064	-0.0121456818124	0.00229506637915	-6.03470993688E-7	0.120687474933	-0.00278221342318	0.00925980030197	0.111545275414	-0.004690186035	0.113951314912	13.1368680121	-52.5789202811	-82.7693063361
8	0.217572772066	-0.0409059954511	-0.0941411608038	0.0734683116261	0.0386959428934	0.204141551162	-0.000318093484705	0.0134341945752	-0.0262037360745	-0.00579693019155	-0.00794544725735	0.0217344742755	0.00309024794239	0.00912684165173	-8.51044262594E-7	0.121353838477	0.00407525897166	-0.000658893227625	0.10199521242	-0.00528303267198	0.130007695545	12.2858446053	-81.7615826539	-104.020293048

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 2 through 504)	A	A	2 - 504
2	2	(chain 'B' and resid 2 through 504)	B	B	2 - 504
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 504)	C	C	1 - 504
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 505)	D	D	1 - 505
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 504)	E	E	2 - 504
6	6	(chain 'F' and resid 2 through 504)	F	F	2 - 504
7	7	(chain 'G' and resid 1 through 506)	G	G	1 - 506
8	8	(chain 'H' and resid 1 through 506)	H	H	1 - 506

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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