PDB-9raz: Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADP and glyceraldehy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9raz

タイトル

Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADP and glyceraldehyde-3-phosphate

要素

NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GapN / NADP / G3H / Substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Wirsing, R. / Schindelin, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with NADP and glyceraldehyde-3-phosphate
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	9raz_validation.cif.gz	279.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9raz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9raz	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

427 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.150, 97.435, 100.710
Angle α, β, γ (deg.)	77.060, 78.190, 68.920
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52959.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3980 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.43 % / 解説: Prism
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.15-0.2 M (NH4)3-citrate 21-23% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.375→48.62 Å / Num. obs: 528663 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.21 Å² / CC_1/2: 0.9978 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.375→1.481 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 26426 / CC_1/2: 0.498 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 0.966 / % possible all: 19.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.38→48.62 Å / SU ML: 0.1337 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.2749
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1792	26719	5.05 %
R_work	0.1541	501870	-
obs	0.1553	528589	76.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28406	0	220	3980	32606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	30538
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7426	41712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0664	4892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	5462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3313	11459

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.39	0.2929	77	0.2421	1188	X-RAY DIFFRACTION	5.47
1.39-1.41	0.2747	103	0.2554	2016	X-RAY DIFFRACTION	9.21
1.41-1.42	0.2824	172	0.2575	2858	X-RAY DIFFRACTION	13.21
1.42-1.44	0.284	216	0.2646	4075	X-RAY DIFFRACTION	18.58
1.44-1.46	0.2958	308	0.2629	6182	X-RAY DIFFRACTION	28.16
1.46-1.48	0.2945	495	0.2583	8861	X-RAY DIFFRACTION	40.57
1.48-1.5	0.2721	611	0.2537	11918	X-RAY DIFFRACTION	54.25
1.5-1.53	0.2753	701	0.2445	13924	X-RAY DIFFRACTION	63.41
1.53-1.55	0.2607	817	0.2319	15574	X-RAY DIFFRACTION	71.3
1.55-1.57	0.2573	931	0.2273	17440	X-RAY DIFFRACTION	79.66
1.57-1.6	0.251	989	0.2199	18991	X-RAY DIFFRACTION	86.58
1.6-1.63	0.2436	1097	0.2127	19988	X-RAY DIFFRACTION	91.85
1.63-1.66	0.2451	1108	0.2124	20668	X-RAY DIFFRACTION	94.41
1.66-1.7	0.2299	1110	0.206	20859	X-RAY DIFFRACTION	95.29
1.7-1.73	0.2338	1178	0.2008	20896	X-RAY DIFFRACTION	95.64
1.73-1.77	0.2205	1089	0.19	21000	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.77-1.82	0.2177	1124	0.1819	20919	X-RAY DIFFRACTION	95.86
1.82-1.87	0.2062	1152	0.1729	21125	X-RAY DIFFRACTION	96.14
1.87-1.92	0.2036	1150	0.168	20909	X-RAY DIFFRACTION	96.06
1.92-1.98	0.1992	1170	0.1627	20966	X-RAY DIFFRACTION	95.9
1.98-2.05	0.193	1173	0.1568	20972	X-RAY DIFFRACTION	96.11
2.05-2.14	0.1784	1114	0.1474	21053	X-RAY DIFFRACTION	96.29
2.14-2.23	0.1699	1083	0.1379	21234	X-RAY DIFFRACTION	96.79
2.23-2.35	0.1742	1123	0.1375	21301	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2.35-2.5	0.1638	1078	0.1412	21347	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.5-2.69	0.1808	1101	0.145	21266	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.69-2.96	0.1725	1147	0.1499	21270	X-RAY DIFFRACTION	97.11
2.96-3.39	0.1708	1059	0.1503	20990	X-RAY DIFFRACTION	95.84
3.39-4.27	0.1449	1085	0.1268	20555	X-RAY DIFFRACTION	93.8
4.27-48.62	0.1391	1158	0.13	21525	X-RAY DIFFRACTION	98.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.472000248893	0.0719520882611	0.000935365245539	0.120844597249	0.0979730597258	0.125390190763	-0.050141735386	0.274780379213	0.153858714663	-0.0174205703916	0.0144692991455	-0.0876969200629	0.00952782546423	0.0532102271786	-0.00354776655556	0.121691615089	-0.00382215371022	0.036937248631	0.25232987997	0.0572434989832	0.144200800466	40.3999612559	-34.9384988105	-9.46575876349
2	0.278764459795	-0.112089849649	0.00865573075904	0.116365011975	-0.0399577601489	0.305821428841	-0.0321810205923	0.110358198072	0.337452098491	0.0569788466006	-0.0666433666566	-0.0349066923624	0.0196892111148	0.109549380053	-0.0939814489048	-0.0132144178562	-0.0380548153739	-0.0365517664178	0.101159716026	0.0550612812438	0.450017445477	42.5564023043	-8.24749000742	14.6012546683
3	0.25062995891	-0.0289281142998	-0.0050219509559	0.141067857376	-0.0224895972016	0.0669472449947	-0.00483440690432	-0.00842378522819	0.0007812068475	-0.00407130819016	-0.00427578615127	-0.0104479127066	-0.000170036821414	0.00590571875401	-0.00209290656963	0.098956590084	0.0040708362906	0.000764207056416	0.111693906689	-0.00973720170965	0.100978842735	2.1323337047	-36.7467896627	16.0655439872
4	0.140388577027	0.0606215012395	-0.0498260620647	0.301328642918	-0.0213415687917	0.0862356994915	-0.0128092209585	-0.0427199525172	0.0161148270006	0.0776272074939	-0.0155307801822	-0.0570517246338	0.00467737921616	0.0253354912864	-0.0187031740975	0.112303641898	0.0213807628759	-0.00910254776702	0.135187732723	-0.00235050000407	0.125865431614	28.8629542775	-45.4403355758	37.4037432482
5	0.252679989402	0.0551288138611	-0.0178318783541	0.193363701819	-0.0709705480407	0.210642727439	0.0319588611809	-0.0897912740941	0.047703408735	0.0576205117611	-0.00325993930639	0.0993241897451	-0.0892651306435	-0.090639622068	0.0191902259493	0.184764615921	0.0119125986639	0.0425122005168	0.161414855631	-0.0113600823505	0.132547019231	-26.4405579757	7.34646696754	-13.6011302319
6	0.0552356530872	0.0349583081213	-0.0336319834081	0.128410531082	-0.0693641966747	0.115576219546	-0.000613328827027	0.00405497695813	-0.00383506463955	0.00916572673563	0.00774371586887	0.00958792342074	0.00752229673251	0.00265454729528	0.0114842641757	0.156152825242	-0.00452425175962	-0.00200213275507	0.109217149485	-0.0157160533703	0.0851925528206	-17.4118440455	-22.7503453528	-30.0477721654
7	0.0795149022138	0.0384573885779	-0.0184545743246	0.143696711125	-0.0658107002656	0.159210711864	0.00167313128982	-0.000378112679123	-0.00278137125131	0.0271247916257	-0.00550074364892	0.02073735369	-0.0271469343941	-0.0111090663496	0.0017372018835	0.134275760158	0.00719153688241	0.000663116960917	0.113866059353	-0.0143830410674	0.0972755319127	-10.295803352	18.2872135347	-56.0895102662
8	0.28273517946	0.12302797214	-0.0946544839331	0.200874794245	-0.0138288332659	0.0921145117362	0.0218129868088	-0.0547112992632	-0.0553127363999	0.0271575943221	-0.0232773112567	-0.0648486326349	-0.0212801695315	0.0412297976684	-8.20648031799E-5	0.129715615112	-0.00727802618531	-0.0206230128878	0.144659560361	0.011626375389	0.117070058898	17.2161460699	7.15132047056	-36.1356926712

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 2 through 475)	A	A	2 - 475	1 - 474
2	2	(chain 'B' and resid 1 through 475)	B	C	1 - 475	1 - 475
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 475)	C	E	1 - 475	1 - 475
4	4	(chain 'D' and resid 0 through 475)	D	F	0 - 475	1 - 476
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 475)	E	H	2 - 475	1 - 474
6	6	(chain 'F' and resid 1 through 475)	F	J	1 - 475	1 - 475
7	7	(chain 'G' and resid 1 through 475)	G	O	1 - 475	1 - 475
8	8	(chain 'H' and resid 0 through 475)	H	P	0 - 475	1 - 476

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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