PDB-9rav: Streptococcus pyogenes GapN in complex with 4-hydroxypyridazine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rav

タイトル

Streptococcus pyogenes GapN in complex with 4-hydroxypyridazine

要素

NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GapN / Fragment screening / Soaking

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wirsing, R. / Schindelin, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with 4-hydroxypyridazine (R76)
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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検証レポート

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CIF形式データ	9rav_validation.cif.gz	285.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9rav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9rav	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

426 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.574, 98.985, 103.231
Angle α, β, γ (deg.)	77.680, 75.950, 67.510
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52959.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-A1JDY / 4-hydroxypyridazine / pyridazin-4-ol 分子量: 96.087 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₄N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: BisTris buffer pH 6.7 Li2SO4 polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→48.42 Å / Num. obs: 497136 / % possible obs: 50.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.44→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 49116 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→48.42 Å / SU ML: 0.1747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.1812
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	15488	5.04 %
R_work	0.1679	291860	-
obs	0.1698	307348	55.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28360	0	139	4462	32961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	29346
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7054	39887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	4691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	5170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0839	10727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.51	0.323	22	0.2695	339	X-RAY DIFFRACTION	1.97
1.51-1.53	0.4349	29	0.2267	455	X-RAY DIFFRACTION	2.67
1.53-1.55	0.3698	31	0.2223	634	X-RAY DIFFRACTION	3.62
1.55-1.57	0.2813	40	0.2396	766	X-RAY DIFFRACTION	4.39
1.57-1.59	0.2659	60	0.2321	1062	X-RAY DIFFRACTION	6.14
1.59-1.61	0.2745	74	0.2389	1460	X-RAY DIFFRACTION	8.32
1.61-1.64	0.2526	82	0.2572	1901	X-RAY DIFFRACTION	10.78
1.64-1.66	0.2381	116	0.2451	2294	X-RAY DIFFRACTION	13.07
1.66-1.69	0.2741	181	0.2355	2794	X-RAY DIFFRACTION	16.13
1.69-1.71	0.243	212	0.2427	3747	X-RAY DIFFRACTION	21.5
1.71-1.74	0.2615	272	0.2267	4794	X-RAY DIFFRACTION	27.55
1.74-1.78	0.252	316	0.2258	6081	X-RAY DIFFRACTION	34.75
1.78-1.81	0.24	465	0.216	7585	X-RAY DIFFRACTION	43.66
1.81-1.85	0.2568	530	0.2103	9884	X-RAY DIFFRACTION	56.57
1.85-1.89	0.267	612	0.2153	11945	X-RAY DIFFRACTION	68.36
1.89-1.93	0.2804	722	0.2452	13646	X-RAY DIFFRACTION	78.04
1.93-1.98	0.2367	787	0.1968	15085	X-RAY DIFFRACTION	85.74
1.98-2.03	0.2351	837	0.1827	15591	X-RAY DIFFRACTION	89.43
2.03-2.09	0.2489	841	0.196	15720	X-RAY DIFFRACTION	90.22
2.09-2.16	0.2175	915	0.1706	15819	X-RAY DIFFRACTION	90.81
2.16-2.24	0.2357	829	0.1766	15749	X-RAY DIFFRACTION	90.05
2.24-2.33	0.2285	901	0.1728	15674	X-RAY DIFFRACTION	89.85
2.33-2.43	0.2079	802	0.1645	15739	X-RAY DIFFRACTION	89.7
2.43-2.56	0.2144	806	0.1708	15818	X-RAY DIFFRACTION	90.54
2.56-2.72	0.2159	858	0.1792	16059	X-RAY DIFFRACTION	91.78
2.72-2.93	0.2067	819	0.1681	16374	X-RAY DIFFRACTION	93.41
2.93-3.23	0.2159	824	0.163	16343	X-RAY DIFFRACTION	93.1
3.23-3.69	0.1789	828	0.1481	16124	X-RAY DIFFRACTION	92.25
3.69-4.65	0.1559	862	0.1243	15922	X-RAY DIFFRACTION	91.02
4.65-48.42	0.1714	815	0.154	16456	X-RAY DIFFRACTION	93.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.158321236929	0.0556462615668	0.021463138332	0.122270825598	0.0361806486048	0.363687637989	0.00769956542675	0.0425207784507	0.0309964501707	-0.056288065237	-0.0043235055801	0.0049601622695	-0.0742925553058	0.0416821875178	0.0567822995497	0.105205283363	0.00177380332174	-0.00284386089578	0.108143051747	0.0063761242736	0.0607126062832	-15.7306778763	-8.74300311029	-51.5104060166
2	0.178816483278	-0.0115208473768	0.073764434335	0.0284031987543	0.0254567945306	0.131200529087	0.00773394955658	0.0674130335489	0.00802575567429	-0.0143932211332	-0.000355831059057	-0.00626113577812	0.00135929786161	0.045470471311	0.0163884258891	0.0758995528456	-0.00723577232294	-0.00628824730395	0.111757321243	-0.00161154513056	0.0728345537553	9.04261834354	-28.3938739265	-35.1092794034
3	0.172144673574	-0.046214841414	-0.0259997974617	0.116615553083	0.0336599873177	0.164733703855	-0.0060615569095	-0.00619695241415	0.0108800561474	0.0129167385149	-0.00191532939076	0.027380019899	-0.0223506442432	-0.0214329002502	0.000367101283141	0.0707334359298	-0.0137233117648	0.00522539074371	0.0669556293092	-0.00427590711551	0.0683598251396	-32.0979770418	-19.9839166123	-9.53189574272
4	0.219058953654	0.118106707658	-0.00786284279684	0.193564174059	0.0097546942503	0.111542890374	-0.0100153989222	0.0254133014104	-0.0248341005791	-0.00364342120938	0.01464620939	-0.00348976488383	0.0116154078253	-0.00642076210385	0.00658460619602	0.0655840986007	-0.0110777231631	0.00261015985868	0.0739553769502	-0.0171593519279	0.0661239594962	-31.1804005887	-49.6451238591	-28.8651776341
5	0.186328797803	-0.11564487229	-0.0819797251442	0.345873627842	-0.061671150372	0.379645072412	-0.0622588417567	-0.068541885676	-0.0433748729582	0.106269024918	0.0395943509256	0.0422933767785	0.0532726647416	0.0309668999589	-0.0517937840319	0.130868963269	0.015684297065	0.0159247785502	0.0933373650928	0.0271883519727	0.0990232960251	-4.19784617476	-85.4588949065	-57.8779341828
6	0.541800119792	-0.181827912758	0.0127836147103	0.0891321265058	0.0408705595832	0.0688533303926	-0.0102432008913	-0.10979763641	-0.181737435883	-0.00514913800931	0.0206711977089	0.0966891155599	0.00616898587563	-0.0192610934505	0.0180097668159	0.0696064087367	-0.00727168529394	0.00840286114438	0.0709627770154	0.0409491380875	0.16172289528	-28.976391626	-78.0560661967	-82.2842013644
7	0.1735430529	0.0261411383884	0.0474695009601	0.190494986902	-0.0184146550372	0.0989152339917	-0.0124052767173	-0.0224127762328	0.00550112406289	0.00765020602501	0.00508593376471	-0.0065361931507	-0.0206875721406	0.00809954510981	-0.00206161602915	0.072368326427	-0.00738496118645	0.00949702912329	0.0621165232728	-0.00523579546792	0.063474393498	12.1235826173	-50.5660249141	-83.4409458943
8	0.208150401631	-0.0606150457291	-0.0693461489429	0.0760613417577	0.00587822111786	0.195167191114	-0.000833744857786	0.00236853331245	-0.0283619930364	-0.0159224168003	-0.00852588322504	0.0180636813272	0.0245449898513	0.00808607059079	-0.00799179194612	0.0752438888661	0.00150832643636	0.00263298666931	0.0407606754581	-0.00227910725683	0.0922843303623	11.4128986299	-79.7795579754	-104.47914295

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 2 through 475)	A	A	2 - 475	1 - 474
2	2	(chain 'B' and resid 2 through 475)	B	E	2 - 475	1 - 474
3	3	(chain 'C' and resid 2 through 475)	C	H	2 - 475	1 - 474
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 475)	D	L	1 - 475	1 - 475
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 475)	E	Q	2 - 475	1 - 474
6	6	(chain 'F' and resid 2 through 475)	F	T	2 - 475	1 - 474
7	7	(chain 'G' and resid 1 through 475)	G	W	1 - 475	1 - 475
8	8	(chain 'H' and resid 1 through 475)	H	AA	1 - 475	1 - 475

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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