PDB-9rau: Streptococcus pyogenes GapN in complex with pyrimidine-5-amine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9rau

タイトル

Streptococcus pyogenes GapN in complex with pyrimidine-5-amine

要素

NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GapN / Fragment screening / Soaking

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Wirsing, R. / Schindelin, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with pyrimidine-5-amine
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	9rau_validation.cif.gz	248.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9rau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9rau	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

429 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
215 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.764, 98.946, 103.032
Angle α, β, γ (deg.)	78.040, 75.630, 67.010
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52959.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786

-
非ポリマー , 7種, 2963分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-T5V / pyrimidin-5-amine / ピリミジン-5-アミン分子量: 95.103 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: BisTris buffer pH 6.7 Li2SO4 polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→44.22 Å / Num. obs: 310076 / % possible obs: 67.54 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.1738 / R_pim(I) all: 0.1045 / R_rim(I) all: 0.2031 / Net I/σ(I): 6.64
反射シェル	解像度: 1.77→1.833 Å / R_merge(I) obs: 2.187 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 2762 / CC_1/2: 0.238 / R_pim(I) all: 1.315 / R_rim(I) all: 2.556

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→44.22 Å / SU ML: 0.2097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.61
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	11190	4.97 %
R_work	0.1749	213848	-
obs	0.1771	225038	67.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→44.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28368	0	327	2920	31615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	29427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5978	39951
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0445	4673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6903	10766

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.2513	25	0.2258	432	X-RAY DIFFRACTION	4.1
1.79-1.81	0.326	30	0.236	763	X-RAY DIFFRACTION	7.1
1.81-1.83	0.3044	52	0.2364	1172	X-RAY DIFFRACTION	11.02
1.83-1.85	0.3029	94	0.2374	1860	X-RAY DIFFRACTION	17.39
1.85-1.88	0.2849	122	0.2408	2671	X-RAY DIFFRACTION	24.98
1.88-1.9	0.2737	187	0.2373	3217	X-RAY DIFFRACTION	30.31
1.9-1.93	0.2755	200	0.2474	3754	X-RAY DIFFRACTION	35.43
1.93-1.96	0.2644	261	0.2296	4635	X-RAY DIFFRACTION	43.68
1.96-1.99	0.2887	299	0.2193	5328	X-RAY DIFFRACTION	50.25
1.99-2.02	0.2548	326	0.2165	5959	X-RAY DIFFRACTION	56.15
2.02-2.06	0.2709	364	0.2177	6606	X-RAY DIFFRACTION	62.4
2.06-2.09	0.26	414	0.2096	7072	X-RAY DIFFRACTION	66.9
2.09-2.13	0.2599	367	0.2093	7664	X-RAY DIFFRACTION	71.87
2.13-2.18	0.2495	447	0.2052	8016	X-RAY DIFFRACTION	75.7
2.18-2.22	0.247	433	0.2029	8454	X-RAY DIFFRACTION	79.28
2.22-2.28	0.2562	416	0.1999	8861	X-RAY DIFFRACTION	82.8
2.28-2.33	0.2519	441	0.1951	8611	X-RAY DIFFRACTION	80.87
2.33-2.4	0.2566	512	0.1941	9678	X-RAY DIFFRACTION	91.23
2.4-2.47	0.2452	505	0.1904	9948	X-RAY DIFFRACTION	93.46
2.47-2.55	0.2551	510	0.1829	10024	X-RAY DIFFRACTION	94.05
2.55-2.64	0.2478	509	0.1897	10046	X-RAY DIFFRACTION	94.36
2.64-2.74	0.2463	527	0.1894	10063	X-RAY DIFFRACTION	94.68
2.74-2.87	0.2212	498	0.1911	10025	X-RAY DIFFRACTION	93.65
2.87-3.02	0.2419	523	0.1856	9371	X-RAY DIFFRACTION	88.58
3.02-3.21	0.2174	499	0.1715	10109	X-RAY DIFFRACTION	94.65
3.21-3.45	0.2131	523	0.161	10165	X-RAY DIFFRACTION	95.76
3.45-3.8	0.186	541	0.1406	10099	X-RAY DIFFRACTION	94.81
3.8-4.35	0.1669	518	0.1318	9658	X-RAY DIFFRACTION	91.04
4.35-5.48	0.1762	516	0.1321	9815	X-RAY DIFFRACTION	92.19
5.48-44.22	0.1763	531	0.1737	9772	X-RAY DIFFRACTION	92.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0933996130073	0.0639601545521	-0.0320632755112	0.119048870553	-0.0303583644538	0.0605047945264	-0.0441443931011	0.0450853223331	0.0176293210158	-0.0599131501558	0.054015705774	0.0371762771489	-0.0339452886347	0.00679596173533	0.0062378110355	0.163006833358	-0.0224487295119	-0.0313194965856	0.162218445256	-0.00122331350301	0.0732681395616	-15.4072905184	-9.6116356361	-50.8073218579
2	0.0855140750508	0.00129305161198	-0.00205404950169	0.0325125116558	-0.0153068644889	0.0614368322301	-0.00483504294756	0.0719252507675	0.00545621037002	-0.0156976836684	0.0162157231515	0.00559468274635	-0.0104081924247	0.0428983066142	0.00194113954695	0.0868426590567	-0.00966407512883	-0.00360267632294	0.127482616848	-0.010547876986	0.0509074164524	9.62551234419	-29.2977353547	-34.3133841393
3	0.1102819966	0.0337143879902	-0.0239096614854	0.077662260628	-0.0143462870995	0.0411948878469	0.000662582727364	-0.0133981555957	0.00773893667112	-0.000143284357705	-0.0033627271728	0.0178956788571	-0.00876559102592	-0.0185055682811	3.58252570682E-7	0.0832732634551	-0.000431241667231	0.000782402445677	0.0777887666948	-0.0150056465716	0.0781090241481	-31.9057031677	-20.8095080276	-8.58913397644
4	0.0891244896344	0.0492634171987	-0.0238807803549	0.0540152322507	-0.0300922550934	0.04412833765	-0.00295887781037	0.014975208609	-0.0282856728727	-0.0109694643982	-0.00115406234534	-0.00790930688848	0.0101450214167	-0.00217741888149	-2.776627303E-7	0.0907050701576	-0.0133088466693	0.00484771424876	0.080027926814	-0.0303391702929	0.108546614997	-31.1607807991	-50.8201842149	-28.2450089653
5	0.0885740397066	0.0319655502694	-0.000272604297784	0.110919541554	0.0780671345356	0.112861777834	-0.0796854002084	-0.154641595882	-0.0168048301048	0.0729020201604	-0.0220188641236	0.0446956901681	0.0327279457975	0.0737166690108	-0.210225429318	0.125855954465	0.0753731867968	0.0680620833004	0.199408044839	0.18643839203	0.0534309500836	-4.38984667838	-86.4267379342	-57.1533459094
6	0.0948134256141	-0.0180725365618	0.00150833788292	-0.000354452794429	0.0108387365528	0.0465994291449	0.0177585158794	-0.124363476062	-0.134135360296	-0.0265042365529	0.00937250439439	0.0769566438681	-0.0326187710365	0.0163362060838	0.0274072081584	0.0756044315461	-0.00249086853186	-0.00189292091557	0.110994605103	0.0446295749059	0.211737513218	-29.5898604708	-78.2688604554	-81.5175613742
7	0.0992759498871	0.0237583053267	-0.00672819495174	0.0757386490582	-0.0184257646813	0.0675957591472	-0.0145698941728	-0.0458688327506	-0.0077479318545	0.00750236848107	0.0123982784189	-0.00693461031419	-0.0308742884686	0.0158233561193	-2.69435186915E-7	0.0901449492625	-0.0122169585968	0.00508835861846	0.103412832773	-0.0146933394078	0.0745273899132	12.0405382025	-51.1383678172	-82.4741869791
8	0.0933471622253	-0.00378935817789	-0.0205671150097	0.0327131722174	-0.028039917037	0.0479442211784	0.0200067618432	-0.00443018297504	-0.0322055738416	-0.0196537916545	-0.0125211949804	0.0110674815917	0.0060295686643	0.0002692248648	0.00704071915518	0.0979932263703	0.0108924255604	0.000748283090837	0.067396061578	-0.0123244549148	0.112606996756	11.0245331778	-79.8745321107	-103.86255903

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 2 through 475)	A	A	2 - 475	1 - 474
2	2	(chain 'B' and resid 2 through 475)	B	B	2 - 475	1 - 474
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 475)	C	C	1 - 475	1 - 475
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 475)	D	D	1 - 475	1 - 475
5	5	(chain 'E' and resid 2 through 475)	E	E	2 - 475	1 - 474
6	6	(chain 'F' and resid 2 through 475)	F	F	2 - 475	1 - 474
7	7	(chain 'G' and resid 1 through 475)	G	G	1 - 475	1 - 475
8	8	(chain 'H' and resid 1 through 475)	H	H	1 - 475	1 - 475

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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