PDB-9ras: Streptococcus pyogenes GapN in complex with imidazoline-2,4-dione

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ras

タイトル

Streptococcus pyogenes GapN in complex with imidazoline-2,4-dione

要素

NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GapN / Soaking / Fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Wirsing, R. / Schindelin, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptococcus pyogenes GapN in complex with imidazoline-2,4-dione
著者: Wirsing, R. / Schindelin, H.

履歴

登録	2025年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ras.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ras.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ras.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ras_validation.pdf.gz	5.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ras_full_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示
XML形式データ	9ras_validation.xml.gz	210.4 KB	表示
CIF形式データ	9ras_validation.cif.gz	295.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9ras ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/9ras	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

428 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

F: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

G: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

H: NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.153, 97.154, 100.702
Angle α, β, γ (deg.)	76.94, 77.99, 68.28
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 52959.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: E0F67_08075 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U9C786
#2: 化合物	... ChemComp-A1JDZ / 1~{H}-imidazole-2,4-diol 分子量: 100.076 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.84 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: BisTris buffer pH 6.7 Li2SO4 polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→46.58 Å / Num. obs: 430858 / % possible obs: 82.24 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06996 / R_pim(I) all: 0.04199 / R_rim(I) all: 0.08173 / Net I/σ(I): 12.46
反射シェル	解像度: 1.57→1.626 Å / R_merge(I) obs: 0.8566 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7656 / CC_1/2: 0.599 / R_pim(I) all: 0.5044 / R_rim(I) all: 0.9949

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→46.58 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	19204	5.06 %
R_work	0.1548	-	-
obs	0.1567	379285	81.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28432	0	224	4556	33212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	30579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.744	41802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.596	11420
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	4896
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.58	0.2508	22	0.2422	640	X-RAY DIFFRACTION	4
1.58-1.6	0.2994	113	0.2148	1985	X-RAY DIFFRACTION	14
1.6-1.62	0.2693	169	0.2174	3671	X-RAY DIFFRACTION	25
1.62-1.64	0.2755	332	0.2197	5634	X-RAY DIFFRACTION	39
1.64-1.66	0.2959	453	0.2171	8391	X-RAY DIFFRACTION	57
1.66-1.69	0.252	595	0.2148	10976	X-RAY DIFFRACTION	75
1.69-1.71	0.2558	720	0.2248	12853	X-RAY DIFFRACTION	87
1.71-1.74	0.2549	775	0.2227	13674	X-RAY DIFFRACTION	93
1.74-1.76	0.2519	686	0.2121	13901	X-RAY DIFFRACTION	94
1.76-1.79	0.2612	731	0.2074	13737	X-RAY DIFFRACTION	94
1.79-1.82	0.2514	765	0.2049	13725	X-RAY DIFFRACTION	93
1.82-1.86	0.2338	720	0.1927	13617	X-RAY DIFFRACTION	93
1.86-1.89	0.2375	758	0.1924	13514	X-RAY DIFFRACTION	92
1.89-1.93	0.237	725	0.1876	12991	X-RAY DIFFRACTION	89
1.93-1.97	0.2218	719	0.1713	12980	X-RAY DIFFRACTION	88
1.97-2.02	0.212	795	0.1627	14082	X-RAY DIFFRACTION	96
2.02-2.07	0.1992	787	0.1645	14029	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.12	0.2025	740	0.1549	14002	X-RAY DIFFRACTION	96
2.12-2.19	0.1988	719	0.1511	14119	X-RAY DIFFRACTION	96
2.19-2.26	0.1892	709	0.1432	14077	X-RAY DIFFRACTION	95
2.26-2.34	0.1863	758	0.1436	13940	X-RAY DIFFRACTION	95
2.34-2.43	0.185	675	0.1445	13965	X-RAY DIFFRACTION	94
2.43-2.54	0.192	745	0.1441	13752	X-RAY DIFFRACTION	94
2.54-2.68	0.1882	657	0.1511	13509	X-RAY DIFFRACTION	91
2.68-2.84	0.1867	652	0.1567	12639	X-RAY DIFFRACTION	86
2.84-3.06	0.1865	756	0.149	14073	X-RAY DIFFRACTION	96
3.06-3.37	0.1751	716	0.1504	14164	X-RAY DIFFRACTION	96
3.37-3.86	0.1622	736	0.1266	13969	X-RAY DIFFRACTION	95
3.86-4.86	0.1378	689	0.1141	13650	X-RAY DIFFRACTION	93
4.86-46.58	0.1607	787	0.1491	13822	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1791	0.0915	-0.0231	0.0562	-0.0143	0.0692	-0.0392	0.0441	0.0591	-0.0471	0.0264	-0.0143	0.0189	-0.0066	-0.0305	0.0906	-0.0084	0.0139	0.0893	0.0034	0.0911	40.9983	-34.0339	-9.416
2	0.0921	-0.0052	-0.0439	0.0421	-0.059	0.1628	-0.0373	-0.0408	0.2706	-0.0194	-0.0132	0.1402	0.0053	0.0206	-0.1055	-0.1098	-0.0062	-0.0274	0.0772	-0.0462	0.3331	43.5616	-7.393	14.4363
3	0.1034	0.0117	-0.0347	0.0235	-0.0291	0.0411	-0.0076	-0.0348	-0.0029	-0.0037	-0.0005	-0.0048	-0.0015	0.0051	-0.0289	0.0402	0.0022	-0.0002	0.0754	-0.0064	0.0818	2.9283	-35.4376	16.4936
4	0.0807	0.0617	-0.0157	0.0637	0.0234	0.0491	-0.0235	-0.0949	0.0167	0.0445	-0.0144	-0.0411	0.0028	0.0544	-0.0683	0.0779	0.0366	0.0016	0.1886	0.0112	0.1011	29.8796	-45.0178	37.7687
5	0.0471	0.0257	-0.0615	0.0214	-0.0138	0.0723	0.0557	-0.0007	0.0348	-0.0194	-0.0022	-0.022	-0.0958	-0.1404	0.0353	0.1977	0.0267	0.0061	0.1703	0.0071	0.0867	-25.2835	8.385	-13.0828
6	0.0309	0.0552	-0.0337	0.0738	-0.0936	0.0767	-0.028	0.0113	-0.0031	-0.0392	0.0494	0.01	0.0073	-0.003	0.0664	0.1518	-0.0248	-0.013	0.0687	0.0022	0.0567	-17.0722	-21.7236	-29.8699
7	0.0973	0.0266	-0.0233	0.1079	-0.046	0.0375	0.0076	0.0088	-0.006	0.0591	0.003	0.0064	-0.0249	-0.0106	0.0299	0.1071	0.0022	0.0066	0.0669	0.0003	0.0545	-9.0348	19.4564	-55.1861
8	0.0695	-0.0113	-0.098	0.0696	-0.0064	0.107	0.0105	-0.0877	-0.0556	0.0488	-0.0011	-0.0397	-0.0153	0.0738	-0.0009	0.1474	-0.0087	-0.0238	0.1477	0.0199	0.1053	17.4027	7.394	-35.7772

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 475)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 475)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 475)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 475)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 2 through 475)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 2 through 475)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 2 through 475)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid -11 through 502)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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