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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9r9j | ||||||
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タイトル | IRAK4 in complex with inhibitor | ||||||
![]() | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / inhibitor complex phosphorylation signal transduction | ||||||
機能・相同性 | ![]() IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / kinase activity / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xue, Y. / Terstiege, I. / Aagaard, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Generation of a potent & selective series of IRAK4 inhibitors based on a structure based, hybridization approach. 著者: Terstiege, I. / Aagaard, A. / Berggren, K. / Bird, J. / Cumming, I.A. / Groombridge, S.D. / Hidestal, L. / Johannesson, P. / Korsgren, P. / Leuchowius, K.J. / Lundqvist, S. / Scott, J.S. / Xue, Y. / Degorce, S.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9r9gC ![]() 9r9kC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34635.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-A1JDR / ~{ 分子量: 462.544 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5 M AMS 0.1 M Hepes pH 6.9-7.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→90.6 Å / Num. obs: 56900 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.43 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2862 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.57 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→90 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.39→2.45 Å / Total num. of bins used: 20
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