+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9r9e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with N-(3-methoxypropyl)-N-{[1-(prop-2-yn-1-yl)pyrrolidin-3-yl]methyl}naphthalene-2-sulfonamide | ||||||
![]() | Cholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Butyrylcholinesterase / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / hydrolase activity, acting on ester bonds / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Aspirin ADME / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brazzolotto, X. / Kosak, U. / Nachon, F. / Gobec, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: N-Propargylpyrrolidine-based butyrylcholinesterase and monoamine oxidase inhibitors. 著者: Kosak, U. / Knez, D. / Pislar, A. / Horvat, S. / Zakelj, S. / Igert, A. / Dias, J. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Gobec, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9r9dC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来タイプ: 組換発現 詳細: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide) 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P06276, cholinesterase |
---|
-糖 , 3種, 6分子 
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
---|
-非ポリマー , 6種, 181分子 








#5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-A1JDO / ~{ 分子量: 400.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||
#7: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||
#8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | ChemComp-CL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|---|
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9655 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→47.72 Å / Num. obs: 39152 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 38.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1366 / Rpim(I) all: 0.05414 / Rrim(I) all: 0.1476 / Net I/σ(I): 10.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.23 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 2740 / CC1/2: 0.405 / Rpim(I) all: 0.7518 / Rrim(I) all: 2.034 / % possible all: 94.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→47.72 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.686087633 Å / Origin y: 31.9333844545 Å / Origin z: 38.7968433962 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: chain 'A' and (resid 4 through 529 ) |