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万見
- PDB-9r9d: Recombinant human butyrylcholinesterase in complex with N-(2-meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r9d
タイトルRecombinant human butyrylcholinesterase in complex with N-(2-methoxyethyl)-N-{[1-(prop-2-yn-1-yl)pyrrolidin-3-yl]methyl}naphthalene-2-carboxamide
要素Cholinesterase
キーワードHYDROLASE / Butyrylcholinesterase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / hydrolase activity, acting on ester bonds / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Aspirin ADME / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Brazzolotto, X. / Kosak, U. / Nachon, F. / Gobec, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Ministry of Armed ForcesNBC-5-C-2316 フランス
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2025
タイトル: N-Propargylpyrrolidine-based butyrylcholinesterase and monoamine oxidase inhibitors.
著者: Kosak, U. / Knez, D. / Pislar, A. / Horvat, S. / Zakelj, S. / Igert, A. / Dias, J. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Gobec, S.
履歴
登録2025年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,00513
ポリマ－59,7141
非ポリマー3,29212
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.408, 153.408, 127.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cholinesterase / Acylcholine acylhydrolase / Butyrylcholine esterase / Choline esterase II / Pseudocholinesterase


分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1
変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide)
由来タイプ: 組換発現
詳細: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q mutations compared to mature wild type sequence to avoid too much N-glycozylation. Numeration on the maturated enzyme (devoid of the signal peptide)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, cholinesterase

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糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 216分子

#5: 化合物 ChemComp-A1JDP / ~{N}-(2-methoxyethyl)-~{N}-[[(3~{R})-1-prop-2-ynylpyrrolidin-3-yl]methyl]naphthalene-2-carboxamide


分子量: 350.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→41.32 Å / Num. obs: 39490 / % possible obs: 95.46 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1229 / Rpim(I) all: 0.06347 / Rrim(I) all: 0.1389 / Net I/σ(I): 8.77
反射 シェル解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8939 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2554 / CC1/2: 0.533 / Rpim(I) all: 0.4546 / Rrim(I) all: 1.007 / % possible all: 89.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.21.2_5419精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→41.32 Å / SU ML: 0.1981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.9038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 1917 4.92 %
Rwork0.1774 37039 -
obs0.1791 38956 95.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→41.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4195 0 213 210 4618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724574
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93166223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5481854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.220.2751100.25042471X-RAY DIFFRACTION89.84
2.22-2.280.31711400.25512399X-RAY DIFFRACTION88.84
2.28-2.340.27051640.2252661X-RAY DIFFRACTION97.85
2.34-2.420.23511510.20832655X-RAY DIFFRACTION97.46
2.42-2.510.23681310.19742678X-RAY DIFFRACTION97.67
2.51-2.610.23221220.2112683X-RAY DIFFRACTION97.63
2.61-2.720.27721240.2132703X-RAY DIFFRACTION97.42
2.72-2.870.25191420.20482670X-RAY DIFFRACTION97.13
2.87-3.050.20951390.19372665X-RAY DIFFRACTION96.72
3.05-3.280.22881450.18172659X-RAY DIFFRACTION96.26
3.28-3.610.211200.16972673X-RAY DIFFRACTION95.75
3.61-4.130.17741530.14072654X-RAY DIFFRACTION95.22
4.13-5.210.16291330.14012688X-RAY DIFFRACTION94.82
5.21-41.320.2131430.17232780X-RAY DIFFRACTION93.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.415938856870.226276580285-0.4830611670941.53025544847-0.2313886861881.85820071036-0.07214661077240.2324919739430.0528281683313-0.3992810990220.08562034883-0.08460542993560.1200998181340.0362699603652-0.007254460463850.342989306722-0.03520012704940.03344390681420.2560277415440.04208410384010.25740187176218.773243953428.277910287427.4632928614
20.8987771513490.004922918096-0.1710468924211.21190901651-0.07475793237491.88244120366-0.03824317399580.1610746046880.437701725428-0.1193995674160.1465897713640.252967735586-0.458247610155-0.395070522009-0.08722642131630.3512710643710.01870186226-0.03645574471210.3648155794390.1240541642870.5016558734322.7372065511441.704084883431.6661650395
31.399217934430.283294198239-0.5969474331611.234501166330.03506417629491.391690594440.174488260981-0.4142201925990.2842601325220.2863960423380.04435705692710.0255958629413-0.4591911772140.232015477769-0.1987331027090.43441115733-0.06405810597340.09644103181660.404548984316-0.03119062601080.36582840445515.749933155344.449919406457.5032255192
41.022259647640.331343952082-0.4013479702612.044525294470.1330422004061.9622792978-0.00235658124406-0.22280143765-0.01057928682070.1048013396880.0178320468566-0.122768909230.1089300822470.241360722021-0.0148289541860.2310787333140.01587775749750.008883531616990.268879272820.05726243036970.23596489960321.293588673124.533568007950.3195194217
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 235 )4 - 2351 - 232
22chain 'A' and (resid 236 through 316 )236 - 316233 - 313
33chain 'A' and (resid 317 through 397 )317 - 397314 - 394
44chain 'A' and (resid 398 through 529 )398 - 529395 - 526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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