PDB-9r8s: A viral SAVED protein with ring nuclease activity subverts type I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r8s

タイトル

A viral SAVED protein with ring nuclease activity subverts type III CRISPR defence

要素

SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SAVED anti-CRISPR Defense

機能・相同性

SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / membrane / PHOSPHATE ION / SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermocrinis Great Boiling Spring virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

McMahon, S.A. / White, M.F. / Orzechowski, M. / Hoikkala, V. / Chi, H. / Gloster, T.M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A viral SAVED protein with ring nuclease activity degrades the CRISPR second messenger cA4
著者: Orzechowski, M. / Hoikkala, V. / Chi, H. / McMahon, S.A. / Gloster, T.M. / White, M.F.

履歴

登録	2025年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r8s.cif.gz	273 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r8s.ent.gz	169.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r8s_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r8s_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	9r8s_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9r8s_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/9r8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/9r8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein

B: SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.614, 110.614, 113.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 1 - 234 / Label seq-ID: 8 - 241

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	SMODS-associated and fused to various effectors domain-containing protein 分子量: 27630.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermocrinis Great Boiling Spring virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A823AEM5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 1.2M sodium phosphate 0.8M potassium phosphate 0.2M lithium phosphate 0.1M CAPS pH 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→95.93 Å / Num. obs: 75593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / R_merge(I) obs: 4.572 / Num. unique obs: 4020 / CC_1/2: 0.345 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.79→95.794 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 6.687 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2071	1997	2.657 %	RANDOM
R_work	0.1649	73152	-	-
all	0.166	-	-	-
obs	-	75149	99.467 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.769 Å²	-0.384 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.769 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.493 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→95.794 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3811	0	10	204	4025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.82	5321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.444	1.741	8507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.179	5	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.064	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.106	10	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.12	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	592
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	14.596	3.989	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	14.587	3.989	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	19.328	7.173	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	19.333	7.175	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.196	4.59	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	18.151	4.592	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	24.653	8.144	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	24.607	8.145	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	27.873	40.071	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	27.827	39.883	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.307	3	7616
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.148	0.05	7048

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14792	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14792	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.79-1.836	0.391	98	0.391	5070	0.391	5540	0.888	0.885	93.2852	0.385
1.836-1.887	0.403	160	0.359	5199	0.36	5381	0.887	0.906	99.5912	0.356
1.887-1.941	0.298	110	0.32	5127	0.32	5238	0.943	0.935	99.9809	0.32
1.941-2.001	0.271	171	0.264	4946	0.264	5118	0.949	0.959	99.9805	0.26
2.001-2.067	0.255	118	0.21	4783	0.211	4901	0.956	0.973	100	0.203
2.067-2.139	0.213	114	0.174	4708	0.175	4823	0.972	0.982	99.9793	0.157
2.139-2.22	0.236	106	0.161	4505	0.163	4613	0.965	0.985	99.9566	0.142
2.22-2.311	0.209	138	0.143	4324	0.145	4466	0.975	0.988	99.9104	0.12
2.311-2.413	0.191	110	0.134	4171	0.136	4281	0.975	0.99	100	0.109
2.413-2.531	0.182	142	0.14	3951	0.141	4093	0.98	0.99	100	0.116
2.531-2.668	0.193	114	0.138	3765	0.14	3879	0.979	0.99	100	0.112
2.668-2.829	0.23	114	0.144	3614	0.147	3728	0.971	0.989	100	0.121
2.829-3.025	0.233	75	0.175	3375	0.176	3450	0.962	0.982	100	0.149
3.025-3.267	0.241	92	0.173	3161	0.174	3253	0.969	0.984	100	0.157
3.267-3.578	0.199	94	0.179	2904	0.179	2998	0.978	0.984	100	0.166
3.578-4	0.19	62	0.156	2663	0.156	2725	0.985	0.988	100	0.147
4-4.617	0.155	79	0.112	2339	0.113	2418	0.986	0.993	100	0.111
4.617-5.652	0.138	42	0.128	2026	0.128	2068	0.988	0.993	100	0.13
5.652-7.979	0.215	37	0.173	1594	0.174	1631	0.974	0.987	100	0.171
7.979-95.794	0.231	21	0.174	926	0.175	947	0.958	0.979	100	0.197

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)