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万見
- PDB-9r6y: Pyrin B30.2 domain, FMF mutation R653H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r6y
タイトルPyrin B30.2 domain, FMF mutation R653H
要素Pyrin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Familial Mediterranean fever / MEFV
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response ...pyroptosome complex assembly / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of interleukin-1 beta production / canonical inflammasome complex / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of interleukin-12 production / microtubule associated complex / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / response to type II interferon / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ruffle / positive regulation of autophagy / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / autophagosome / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / ubiquitin protein ligase activity / lamellipodium / actin binding / regulation of gene expression / cytoplasmic vesicle / microtubule / inflammatory response / innate immune response / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger ...DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Death-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / THIOCYANATE ION / Pyrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Mittl, P. / Possner, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pyrin B30.2 domain, FMF mutation R653H
著者: Mittl, P. / Possner, D.
履歴
登録2025年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7515
ポリマ－21,5101
非ポリマー2414
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area9340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.795, 60.595, 84.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pyrin / Marenostrin


分子量: 21509.570 Da / 分子数: 1 / 変異: R653H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEFV, MEF, TRIM20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15553
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na-Acetate, pH 5.5; 0.2 M KSCN; 25 % (w/v) PEG 2k MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→42.79 Å / Num. obs: 53527 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 44.4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 31.1 / Num. measured all: 2378289
反射 シェル解像度: 1.26→1.28 Å / % possible obs: 46.6 % / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 1.547 / Num. measured all: 26612 / Num. unique obs: 1344 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 1.585 / Χ2: 0.41 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.26→42.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.255 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1567 2714 5.1 %RANDOM
Rwork0.13127 ---
obs0.13257 50675 89.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-0 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.26→42.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 15 285 1813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0121703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.8042332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6731.7423721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8065228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.45513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.66910281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.821.346852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.711.339849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8012.4161082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8082.4191083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7271.623851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7251.625852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.4832.8261245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.14417.871995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.31814.391897
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.40933306
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.26→1.293 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 118 -
Rwork0.351 1997 -
obs--48.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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