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- PDB-9r5y: Crystal structure of the C-terminal domain of human TNC in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r5y
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of human TNC in complex with Adhiron 52
要素
  • Adhiron
  • Tenascin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex / protein protein interaction / Inhibitor / extracellular matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor ...perisynaptic extracellular matrix / tenascin complex / interstitial matrix / extracellular matrix of synaptic cleft / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / peripheral nervous system axon regeneration / bud outgrowth involved in lung branching / syndecan binding / cellular response to prostaglandin D stimulus / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix structural constituent / Syndecan interactions / neuromuscular junction development / odontogenesis of dentin-containing tooth / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / regulation of cell adhesion / response to mechanical stimulus / cellular response to retinoic acid / regulation of cell migration / morphogenesis of an epithelium / Post-translational protein phosphorylation / regulation of cell growth / response to wounding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / osteoblast differentiation / integrin binding / regulation of inflammatory response / : / response to ethanol / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. ...Tenascin, EGF-like domain / Tenascin EGF domain / Teneurin-like EGF domain / : / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.399 Å
データ登録者Gaule, T.G. / Trinh, C. / Simmons, K.J. / Tomlinson, D.C. / Maqbool, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/17/72/33255 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting Tenascin-C-Toll-like Receptor 4 signalling with Adhiron-derived small molecules - a viable strategy for reducing fibrosis in Systemic Sclerosis
著者: Gaule, T.G. / Simmons, K.J. / Walker, K. / DelGaldo, F. / Ross, R.L. / Viswambharan, H. / Krishnappa, J. / Pacey, J. / McPhillie, M. / Tomlinson, D.C. / Maqbool, A.
履歴
登録2025年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tenascin
B: Adhiron
C: Adhiron
D: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1164
ポリマ－71,1164
非ポリマー00
水6,107339
1
A: Tenascin
B: Adhiron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5582
ポリマ－35,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Adhiron
D: Tenascin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5582
ポリマ－35,5582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.535, 90.152, 104.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tenascin / TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion ...TN / Cytotactin / GMEM / GP 150-225 / Glioma-associated-extracellular matrix antigen / Hexabrachion / JI / Myotendinous antigen / Neuronectin / Tenascin-C / TN-C


分子量: 25127.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNC, HXB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24821
#2: タンパク質 Adhiron


分子量: 10430.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium l-tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.399→58.854 Å / Num. obs: 143762 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.399→1.436 Å / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9572 / CC1/2: 0.825 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.884

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
PHASER位相決定
Coot0.9.6モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.399→58.854 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.676 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 7047 4.902 %
Rwork0.1608 136715 -
all0.162 --
obs-143762 99.617 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.565 Å20 Å20 Å2
2--0.076 Å2-0 Å2
3----0.641 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.399→58.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4605 0 0 339 4944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0134754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.6386421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.5879596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2335571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.74422.289284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02615754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7111529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.23836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.080.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0890.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4752.0732299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4742.0722298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8673.1082865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8673.1082866
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6562.3072455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6562.3072456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0943.3863556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0943.3863557
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.58523.1815185
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.52122.965126
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.90638949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.399-1.4360.2535350.2279579X-RAY DIFFRACTION95.4781
1.436-1.4750.2184940.1889720X-RAY DIFFRACTION99.4257
1.475-1.5180.2034760.1589544X-RAY DIFFRACTION100
1.518-1.5650.1634910.1329264X-RAY DIFFRACTION100
1.565-1.6160.1394700.1198964X-RAY DIFFRACTION100
1.616-1.6720.1564510.1148695X-RAY DIFFRACTION99.9891
1.672-1.7360.1453980.1128448X-RAY DIFFRACTION100
1.736-1.8060.164290.1178100X-RAY DIFFRACTION99.9883
1.806-1.8870.154070.1217774X-RAY DIFFRACTION100
1.887-1.9790.1613640.1297416X-RAY DIFFRACTION100
1.979-2.0860.1763670.1487113X-RAY DIFFRACTION99.9866
2.086-2.2120.1763240.156716X-RAY DIFFRACTION100
2.212-2.3650.1773270.1456340X-RAY DIFFRACTION100
2.365-2.5540.192930.1575903X-RAY DIFFRACTION100
2.554-2.7980.1842910.1655411X-RAY DIFFRACTION100
2.798-3.1280.2152560.1764967X-RAY DIFFRACTION100
3.128-3.6110.1982160.1894403X-RAY DIFFRACTION100
3.611-4.4220.1812080.1613709X-RAY DIFFRACTION100
4.422-6.2480.1851620.1922939X-RAY DIFFRACTION100
6.248-58.8540.263880.2551711X-RAY DIFFRACTION99.7781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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