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万見
- PDB-9r4w: Solution NMR structure of SNX9 SH3 in complex with EspF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r4w
タイトルSolution NMR structure of SNX9 SH3 in complex with EspF
要素
  • LEE-encoded effector EspF
  • Sorting nexin-9
キーワードCELL INVASION / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid tube assembly / plasma membrane tubulation / 1-phosphatidylinositol binding / cuticular plate / Arp2/3 complex binding / cleavage furrow formation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...lipid tube assembly / plasma membrane tubulation / 1-phosphatidylinositol binding / cuticular plate / Arp2/3 complex binding / cleavage furrow formation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of protein kinase activity / mitotic cytokinesis / positive regulation of GTPase activity / regulation of synaptic vesicle endocytosis / ruffle / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / cadherin binding / ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein EspF / EspF protein repeat / SNX9, SH3 domain / Sorting nexin-9, BAR domain / Sorting nexin-9, PX domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Type III secretion protein EspF / EspF protein repeat / SNX9, SH3 domain / Sorting nexin-9, BAR domain / Sorting nexin-9, PX domain / Sorting nexin 9 family / Sorting nexin protein, WASP-binding domain / WASP-binding domain of Sorting nexin protein / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LEE-encoded effector EspF / Sorting nexin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
データ登録者Tossavainen, H. / Permi, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland288235 フィンランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Intrinsically disordered enteropathogenic E. coli EspF exploits motif mimicry in high-affinity binding to neural Wiskott-Aldrich syndrome protein and sorting nexin 9.
著者: Tossavainen, H. / Karjalainen, M. / Antenucci, L. / Hellman, M. / Permi, P.
履歴
登録2025年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LEE-encoded effector EspF
A: Sorting nexin-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1092
ポリマ－12,1092
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LEE-encoded effector EspF


分子量: 4929.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: espF, NCTC8621_00139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376PNR8
#2: タンパク質 Sorting nexin-9 / SH3 and PX domain-containing protein 1 / Protein SDP1 / SH3 and PX domain-containing protein 3A


分子量: 7179.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX9, SH3PX1, SH3PXD3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(COCA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D iHNCO
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (H)CCH-COSY
1121isotropic13D HCCmHm-TOCSY
1131isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1171isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1182isotropic12D 1H-15N HSQC
1192isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1202isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1212isotropic13D HN(CA)CB
1222isotropic13D HN(COCA)CB
1232isotropic13D HNCO
1242isotropic13D iHNCO
1252isotropic13D H(CCO)NH
1262isotropic13D C(CO)NH
1272isotropic13D HBHA(CO)NH
1282isotropic13D (H)CCH-COSY
1292isotropic13D HCCmHm-TOCSY
1302isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1312isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1322isotropic13D 1H-15N NOESY
1332isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1342isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.3 mM [U-13C; U-15N] SNX9 SH3, 1.5 mM EspF, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2Osample 193% H2O/7% D2O
solution21.9 mM SNX9 SH3, 1.5 mM [U-13C; U-15N] EspF, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2Osample 293% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMSNX9 SH3[U-13C; U-15N]1
1.5 mMEspFnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1.9 mMSNX9 SH3natural abundance2
1.5 mMEspF[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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