PDB-9r4u: Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r4u

タイトル

Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with isomaltose

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolases / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / beta-D-glucopyranose / FORMIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: CtGH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum, with Elongated Glycan-Binding Canyon
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2025年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r4u.cif.gz	193.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r4u.ent.gz	127.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r4u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r4u_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r4u_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9r4u_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	9r4u_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r4kC 9r4lC 9r4mC 9r4nC 9r4oC 9r4pC 9r4qC 9r4rC 9r4sC 9r4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.973, 106.973, 126.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 48089.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 151分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium formate 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS4 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→49.28 Å / Num. obs: 60596 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 44.54 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.01035 / R_rim(I) all: 0.01463 / Net I/σ(I): 27.05
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.3166 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 5943 / CC_1/2: 0.944 / R_rim(I) all: 0.4478

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→49.28 Å / SU ML: 0.2593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6289
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	3028	5 %
R_work	0.1827	57568	-
obs	0.1839	60596	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→49.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2812	0	50	148	3010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0178	2931
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5249	3995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0903	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0156	517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.5093	402

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.99	0.5088	132	0.4594	2530	X-RAY DIFFRACTION	97.83
1.99-2.02	0.3816	139	0.3897	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.02-2.05	0.403	135	0.3435	2563	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.05-2.09	0.2874	136	0.287	2548	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.09-2.13	0.2748	135	0.2494	2583	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.13-2.18	0.2172	134	0.2161	2557	X-RAY DIFFRACTION	98.68
2.18-2.22	0.2209	136	0.1986	2579	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.22-2.27	0.23	138	0.1858	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.27-2.33	0.2426	136	0.1962	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.33-2.39	0.2272	133	0.1973	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.39-2.46	0.2539	137	0.204	2600	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.46-2.54	0.2449	136	0.2228	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.54-2.63	0.2597	137	0.2329	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.63-2.74	0.2751	138	0.2379	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.74-2.86	0.2375	138	0.224	2614	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.87-3.02	0.2258	140	0.2115	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.02-3.2	0.21	139	0.2059	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.21-3.45	0.2348	140	0.1963	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.45-3.8	0.2099	138	0.1611	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.35	0.15	141	0.1307	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-5.48	0.1304	143	0.1378	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
5.48-49.28	0.2008	147	0.164	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.44940447248	-0.35220203765	-0.40165431615	1.90238477044	0.185503978429	5.32644272394	-0.0209709541878	0.116452541559	-0.102606248724	-0.118408224945	0.0441193144969	-0.0466899555168	1.0399063675	0.833019623764	-0.0145053937803	0.685268376313	0.204542159637	0.00253276003806	0.559166869013	-0.0183998943191	0.49879909094	14.5959081121	54.0907982691	10.0625672169
2	1.49626978305	-0.539213355886	-0.380409485572	1.51947298496	0.782051035505	4.71554180601	0.118382202431	0.215533957108	0.0196531837933	-0.14017547535	-0.0695174175741	0.0968332863959	-0.262127921687	-0.356096387055	6.69255192601E-5	0.511656716834	0.0542146192438	-0.0042277199172	0.446523097936	0.0166052219923	0.529055325456	2.28682277832	69.021412883	14.2486311132
3	0.628330049821	-0.0749083654014	0.927495591789	2.53357063969	0.412448966995	4.02999857779	0.0711525894965	-0.225189674272	0.161969422081	0.0374484786407	0.0131144533515	0.0447353844081	-0.330407334207	-0.0646917973186	0.000199250721666	0.52235346589	0.0210852992497	0.0177988050636	0.425092782845	-0.0263688586951	0.48116789271	4.20221494459	70.4466634133	28.6989287537
4	1.69575034393	-0.628924675608	0.199494395258	1.16507403828	1.40834496827	3.69213421794	0.0785290577916	-0.465122086784	0.0604753939376	0.287838928828	-0.0217273622598	-0.0889079152552	0.269041410426	1.11200861318	8.91216888543E-5	0.585756873977	0.0458868736861	-0.0189007561395	0.762329001275	-0.0415498160126	0.502100082378	16.1271102158	64.4347448286	29.7553784967
5	1.5639494939	-0.457778009698	-0.512942354241	0.102593464565	0.0899420613544	2.73139860881	-0.0332108582891	-0.705112115913	0.448571180337	0.154365251506	0.369585951069	-1.04589015975	-0.407782250514	2.33821144719	0.140549923237	0.663581031316	-0.00851457012192	-0.0610037320927	1.55895912109	-0.0969325716871	0.707345429977	28.2187867672	67.7815061174	27.964377202
6	1.86747039299	3.20790750011	1.13048693294	5.81183847486	1.99361264613	0.625511098991	-0.323754463596	0.130883812779	-0.662171678751	-0.458245147818	1.10372698165	-0.41598281221	-1.19077514191	-0.406977404147	0.446547916831	1.03293194289	0.615571698681	-0.0664703969129	1.37311545346	0.061487077218	0.655566731686	29.1835399275	42.5973298796	17.443490275
7	0.689647561903	-0.390251258476	0.386228773432	0.799079120999	0.433500772639	0.985129491885	0.00574979964523	-0.37259210248	-0.390813101423	0.161246487659	0.0214865968946	-0.293464115038	1.15600973865	1.79616220217	0.0514142600597	0.838048501956	0.455868369872	-0.0493138346457	0.983400972405	0.0242345411466	0.605201310137	21.5877267238	52.6697684904	24.6630403765

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 78 through 161 )	78 - 161	1 - 84
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 257 )	162 - 257	85 - 180
3	3	chain 'A' and (resid 258 through 308 )	258 - 308	181 - 231
4	4	chain 'A' and (resid 309 through 369 )	309 - 369	232 - 292
5	5	chain 'A' and (resid 370 through 394 )	370 - 394	293 - 317
6	6	chain 'A' and (resid 395 through 412 )	395 - 412	318 - 335
7	7	chain 'A' and (resid 413 through 439 )	413 - 439	336 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)