PDB-9r4r: Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r4r

タイトル

Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with glucosamine

要素

Chains: A

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolases / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / FORMIC ACID / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: CtGH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum, with Elongated Glycan-Binding Canyon
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2025年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r4r.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r4r.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r4r_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r4r_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9r4r_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	9r4r_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r4kC 9r4lC 9r4mC 9r4nC 9r4oC 9r4pC 9r4qC 9r4sC 9r4tC 9r4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chains: A

ヘテロ分子

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.128, 108.128, 128.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

Chains: A

分子量: 48089.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9

#2: 糖

ChemComp-PA1 / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / alpah-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / α-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNa	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
a-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpN	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcN	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸

分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium formate 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月21日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.82 Å / Num. obs: 36013 / % possible obs: 97.86 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 60.97 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.73
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 2969 / CC_1/2: 0.585

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→46.82 Å / SU ML: 0.4065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.6839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	1781	4.95 %
R_work	0.2014	34232	-
obs	0.2025	36013	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2812	0	45	101	2958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2932
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4697	3992
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0365	432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4799	410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.4906	86	0.4789	2155	X-RAY DIFFRACTION	80.04
2.41-2.48	0.426	117	0.4156	2555	X-RAY DIFFRACTION	96.46
2.48-2.56	0.3648	164	0.3624	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.56-2.66	0.3651	125	0.3564	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.66-2.76	0.3683	135	0.3402	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.76-2.89	0.2787	143	0.2712	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.89-3.04	0.3073	137	0.2495	2623	X-RAY DIFFRACTION	98.75
3.04-3.23	0.235	133	0.2223	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.23-3.48	0.2847	133	0.2084	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.83	0.2066	172	0.1706	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.83-4.38	0.1604	132	0.1366	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-5.52	0.141	158	0.1483	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.52-46.82	0.2126	146	0.1749	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74359353903	-0.854827771149	-0.667913088254	1.95238992272	-0.450165430963	4.10003597105	0.0153166097577	-0.0208363244593	-0.111747521333	-0.216141770621	-0.101237872206	-0.12002824486	0.780060914156	0.980978605713	0.000155588716356	0.72489862656	0.264171717551	0.0380377588528	0.673391343145	-0.00308309548608	0.586196102037	19.2201573074	54.1039232177	13.7716632122
2	1.83199898789	-0.277863827564	-0.601059279312	1.78067552018	-0.0998076402075	4.20802306976	-0.103753477308	0.28898032081	1.07121041788E-5	-0.275764052766	0.0773610870262	0.0969269743275	0.387450763315	0.0419698160208	9.44109090426E-6	0.574183926563	0.0739020847809	-0.0283640135114	0.515235796219	-0.0405141093208	0.552117516739	7.33152134813	61.3852221107	6.93215149031
3	2.11717654698	-0.596475184364	0.152533709015	1.66105367292	1.32880946342	3.35788832166	0.129774705802	0.139088770383	0.149358473402	-0.130922858112	-0.0212592581244	0.314502893955	-0.412837351091	-0.397928516213	-9.84083948364E-5	0.568513692675	0.098158883648	-0.0107938289328	0.430016261766	-0.00678626975741	0.601600781112	-0.77076691441	72.515253818	18.5912220363
4	1.89558993739	-0.444572897359	-0.502183920355	1.71575903472	0.257357802138	5.3158961393	0.200624726852	-0.396890933557	0.0659908718147	0.230346072067	-0.118995458894	0.0546579631794	-0.476616299078	0.39184667552	5.39586966028E-5	0.577138978082	-0.0357779777253	0.00816165806606	0.482219058039	-0.0478300669723	0.558074666234	7.42792207554	71.7025527357	30.4185583534
5	1.66835930609	-1.18388406206	0.132996957493	1.56849570143	1.43870917522	4.76925479117	0.141664872425	-0.490322966104	0.134430242817	-0.0603496873533	-0.229237359149	-0.205040626824	0.177619046631	1.43609065781	0.000598242077834	0.568350143457	0.0535367110534	-0.0449338275305	1.01234123546	0.00493202222475	0.616485831657	21.2456615017	64.4031526759	28.3175415929
6	0.504555703423	0.816544633161	0.181201490079	2.63197707351	1.21377837465	0.710051257021	-0.320113058417	-0.259439803979	-0.630739529611	-0.547291366249	0.743639491205	0.148256485788	-1.07021558403	-0.61548650029	0.068793865075	0.91793535828	0.357074843546	-0.0109618917093	1.19435577396	0.0797879641422	0.759354615689	29.5816156257	43.5059356155	17.7678528121
7	0.603557784531	-0.0506538114104	-0.318560235052	0.375537981944	-0.388563424522	0.894401893789	0.188612297324	-0.233073920486	-0.166271319277	0.350680935426	-0.257513832325	-0.173709699065	0.684513581747	1.42264587576	-0.00796939086153	0.819188992567	0.362772626581	-0.0354942439757	0.897710056142	0.0270473016123	0.65861384477	21.7322940501	53.5986138892	25.0676499735

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 78 through 127 )	78 - 127	1 - 50
2	2	chain 'A' and (resid 128 through 198 )	128 - 198	51 - 121
3	3	chain 'A' and (resid 199 through 257 )	199 - 257	122 - 180
4	4	chain 'A' and (resid 258 through 331 )	258 - 331	181 - 254
5	5	chain 'A' and (resid 332 through 394 )	332 - 394	255 - 317
6	6	chain 'A' and (resid 395 through 412 )	395 - 412	318 - 335
7	7	chain 'A' and (resid 413 through 439 )	413 - 439	336 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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