PDB-9r4p: Crystal structure of inactive (D164N) variant CtGH76 from Chaetom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r4p

タイトル

Crystal structure of inactive (D164N) variant CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with alpha-1,6-mannobiose

要素

CtGH76

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolases / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / 6alpha-alpha-mannobiose / alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: CtGH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum, with Elongated Glycan-Binding Canyon
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2025年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r4p.cif.gz	188.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r4p.ent.gz	125 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9r4p_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r4p_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9r4p_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9r4p_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r4kC 9r4lC 9r4mC 9r4nC 9r4oC 9r4qC 9r4rC 9r4sC 9r4tC 9r4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CtGH76

ヘテロ分子

48.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.090, 107.090, 127.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

CtGH76

分子量: 48088.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6alpha-alpha-mannobiose

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M sodium/potassium tartrate 0.2 M lithium sulfate 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS4 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→49.35 Å / Num. obs: 30958 / % possible obs: 99.31 % / 冗長度: 20 % / B_iso Wilson estimate: 59.15 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 12.82
反射シェル	解像度: 2.46→2.548 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 3035 / CC_1/2: 0.593

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→49.35 Å / SU ML: 0.3356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	1546	5 %
R_work	0.2013	29403	-
obs	0.2022	30949	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2812	0	47	36	2895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0058	2921
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7072	3986
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0979	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.54	0.4341	137	0.4121	2581	X-RAY DIFFRACTION	97.04
2.54-2.63	0.373	139	0.3604	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.63-2.73	0.3493	139	0.3312	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.73-2.86	0.314	139	0.2842	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.86-3.01	0.299	137	0.2478	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.04
3.01-3.2	0.2974	140	0.2505	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.2-3.45	0.2517	139	0.2386	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.45-3.79	0.1771	141	0.1811	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.79-4.34	0.1528	141	0.1512	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.22
4.34-5.47	0.1901	145	0.1511	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-49.35	0.1919	149	0.1748	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.91395835629	-0.809907184365	0.367575941841	2.11165813616	0.507319176976	4.0649426303	0.00991033578858	0.518850467384	-0.233412406262	-0.197195239026	0.0588255516928	-0.0213937700604	0.876932291299	0.597379289385	9.68509545038E-5	1.01561575261	0.124926669222	-0.00171271536105	0.851801690987	-0.0199973662679	0.728468772275	14.5524430695	54.3660342487	10.3498154326
2	0.925194385915	-0.197403873503	0.368412334071	1.38533678617	0.801130997352	1.02501095561	0.15115467939	0.25141462274	-0.0254084956536	-0.225982739252	-0.0730352708148	-0.0746802465923	-0.235049916144	0.0230080330242	0.000647039475813	0.821963872426	0.0686438892868	0.00975928457128	0.839382115956	0.0189477872127	0.725090264405	6.23769491826	65.2969410238	8.36860371778
3	2.07346387273	-1.4594986142	0.186309069488	2.30487343744	1.33409620649	2.45639900146	0.0842850272331	0.13189268594	0.0462029502902	-0.102092012498	-0.0732208709366	0.263554720518	-0.403186385893	-0.480991256032	0.000914703088739	0.838998134432	0.0558215177567	-0.00313689110591	0.706429374822	-0.00707087984778	0.678338093964	-0.607769923197	71.5612181642	18.6167718444
4	2.06835280203	0.337951456031	-0.221300439892	2.64565563767	0.0444410255549	4.17964832667	0.12617322459	-0.442916969579	0.17004871632	0.123969277457	-0.182109747334	-0.0498573427794	-0.338629843657	0.340909176234	7.04508566213E-5	0.926706239223	0.000660314666574	-0.00858098131754	0.733120414582	-0.0399752208436	0.681192736941	7.54209587229	71.0221550646	30.1864930774
5	1.84675920028	-0.491637185845	0.350206341204	1.53005919402	1.68685394774	2.21460142545	0.275968954411	-0.610523435473	0.100811494088	0.230954963606	-0.337345764236	0.041170458248	0.423439312464	0.957123192826	-0.00173897461682	1.01360647903	0.0486213233598	-0.0199403398316	1.03530774135	-0.0176879964694	0.771870177797	16.2032492142	60.6162912836	28.0851767294
6	1.69056341993	-0.0774103770332	0.251097195237	0.00634799564056	0.0111281862923	0.643662718326	-0.101055835667	-0.203777265519	0.743181593414	0.140423808302	0.344821230991	-0.833555592374	-0.325602335559	1.17872732929	-0.000330275087166	0.988860994346	-0.114298886699	-0.046119280929	1.54923268541	-0.0135056401647	1.02400252388	28.1854717268	68.3331108657	28.0409371695
7	0.230512346303	0.000276692485709	-0.140701630449	0.0109094207902	0.0134805750715	0.0692038500629	-0.432500166519	-0.233695292875	-0.208587646394	-0.856002346625	0.734471102358	0.141069028594	-1.40197622474	0.107762735945	-0.000121002614489	1.07325378913	0.326276364186	-0.032616163031	1.42103351676	-0.0389458964763	0.791584431555	29.3147101195	43.0749178566	17.6274961111
8	1.07155184419	-0.47279813296	0.0825674332292	0.429156275625	0.274561443623	0.746588651534	0.102798959076	-0.0896667798794	-0.362253337213	0.238906572412	0.0198451189291	-0.366025036216	0.42919429572	0.796328889248	0.000217310078077	1.06865173294	0.212139717376	-0.0582902707517	1.07820040991	0.00027224351862	0.85152076806	21.9561633594	53.1061920217	24.8507815657

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 78 through 161 )	78 - 161	1 - 84
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 198 )	162 - 198	85 - 121
3	3	chain 'A' and (resid 199 through 257 )	199 - 257	122 - 180
4	4	chain 'A' and (resid 258 through 331 )	258 - 331	181 - 254
5	5	chain 'A' and (resid 332 through 369 )	332 - 369	255 - 292
6	6	chain 'A' and (resid 370 through 394 )	370 - 394	293 - 317
7	7	chain 'A' and (resid 395 through 412 )	395 - 412	318 - 335
8	8	chain 'A' and (resid 413 through 439 )	413 - 439	336 - 362

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