PDB-9r4o: Crystal structure of inactive (D163N) variant CtGH76 from Chaetom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r4o

タイトル

Crystal structure of inactive (D163N) variant CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with alpha-1,6-mannobiose

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolases / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: CtGH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum, with Elongated Glycan-Binding Canyon
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2025年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r4o.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r4o.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r4o_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r4o_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9r4o_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	9r4o_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r4kC 9r4lC 9r4mC 9r4nC 9r4pC 9r4qC 9r4rC 9r4sC 9r4tC 9r4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.024, 107.024, 127.541
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 48088.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.0 M sodium/potassium tartrate 0.2 M lithium sulfate 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS4 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月23日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→49.34 Å / Num. obs: 47326 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 53.47 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.01738 / R_rim(I) all: 0.02458 / Net I/σ(I): 16.84
反射シェル	解像度: 2.13→2.206 Å / R_merge(I) obs: 0.5351 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4615 / CC_1/2: 0.896 / CC star: 0.972 / R_rim(I) all: 0.7567 / % possible all: 98.25

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→49.34 Å / SU ML: 0.3348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.3344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	2367	5 %
R_work	0.2072	44959	-
obs	0.2081	47326	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→49.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2812	0	41	63	2916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	2924
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4936	3989
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0352	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	517
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.7522	432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.17	0.5066	130	0.4816	2496	X-RAY DIFFRACTION	95.63
2.17-2.22	0.4956	138	0.445	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.27	0.4265	139	0.4124	2616	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.27-2.33	0.4235	138	0.371	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.33-2.39	0.3196	137	0.3279	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.39-2.46	0.3383	137	0.302	2607	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.46-2.54	0.3146	140	0.2909	2627	X-RAY DIFFRACTION	98.75
2.54-2.63	0.3218	135	0.2581	2603	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.63-2.74	0.3129	139	0.2773	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.74-2.86	0.3012	140	0.2708	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.86-3.01	0.2675	137	0.2462	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.07
3.01-3.2	0.251	141	0.2389	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.05
3.2-3.45	0.2369	139	0.2375	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.45-3.79	0.2007	142	0.1861	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.79-4.34	0.1468	140	0.1502	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.34-5.47	0.1939	145	0.1487	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-49.34	0.1813	150	0.1688	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7824196438	-0.905076274551	0.254072878981	1.90159093734	0.0760603413178	3.93979957409	0.0388268170413	0.25580707449	-0.113572853359	-0.161802810518	0.0142566003036	-0.0470700420533	0.66880072722	0.293544979967	2.30101018406E-5	0.81802757138	0.111631342964	-0.0122806019674	0.69234591365	-0.00530316244511	0.590076294589	12.0027520021	57.6993357639	9.68043926302
2	1.8727128467	-1.29705877405	-0.157830304904	1.44086551404	1.01508646552	1.4966507485	0.044692462613	0.213193432571	0.174474298417	-0.121632052736	0.0077363539002	0.250697785929	-0.14748419353	-0.662968128747	0.000415484525575	0.74875827266	0.113136977144	-0.00220386789554	0.67620492349	0.0250737477039	0.621628501989	-0.510282961378	71.4871616967	18.7465615813
3	0.38758044941	-0.382513337804	-0.221754181338	1.15408501302	-0.403146410132	0.621009066269	0.273330167525	-0.406866140654	0.314308336984	0.356948065881	-0.284544614204	0.467008456847	-0.544870132808	-0.929493391726	0.000296856346685	0.765813332442	0.068961095391	0.0600154294605	0.93005422556	-0.0529931917807	0.684778136384	-2.56801119387	68.8450683136	34.041443865
4	1.80633775561	-0.278227666968	-0.159769269228	1.85104811646	0.0408473811177	2.25981197162	0.119487465293	-0.387957124826	0.260138333763	-0.0112479651993	-0.0975918074424	-0.218997700287	-0.120596610347	0.445220801242	-0.00017684237287	0.813227655367	0.0316001860665	-0.0164454234033	0.649671962817	-0.0310166376031	0.583424084945	11.4906257305	71.6065080618	28.8904234903
5	2.04650555842	-0.854567053912	0.528050166974	1.41085459674	1.18396951081	1.97778653088	0.0712168931693	-0.290555652436	-0.073581820131	-0.0594050907647	0.0076421431807	-0.165926207587	0.546251350744	0.641454656258	0.000167539703395	0.896300254218	0.101391720465	-0.0428326777414	0.847658762425	-0.0238128582669	0.601659300189	16.3156186572	60.4401611353	28.056070123
6	1.98296398428	-0.335234040118	0.074921620208	0.0761408236043	-0.0390037418543	0.587269590376	-0.0680165225288	-0.273042040697	0.575865191534	0.669739603353	0.343528564117	-0.72976368275	-0.502244943978	1.58563287661	0.000776076488074	0.955986050325	-0.0361694531855	-0.0622429005752	1.34061896851	-0.0537035537748	0.849503661884	28.3816470976	68.1600615344	28.0439150318
7	0.0765183460203	-0.137035054819	-0.054186951097	0.241683886138	0.0972631835234	0.0364395311819	-0.210222590216	-0.388037438442	-0.317476352123	-0.399288604733	0.461630466167	-0.166455604202	-0.957724661484	-0.456198928177	-0.000369072037673	1.02345617508	0.380486378217	0.0269057028312	1.25307352243	0.0179904125415	0.765591849926	29.4791697919	42.9356921081	17.4723879672
8	0.535484721083	-0.356599762171	0.0959533192514	0.340235140412	0.10466420696	0.294793363476	0.166199402988	-0.264252092055	-0.279706271183	0.336180815297	-0.204975506522	-0.46351011063	0.470309581873	0.795422469873	0.00127870129098	0.942976485487	0.279278322608	-0.0533990263545	0.880589334795	0.0603073898635	0.711420792837	21.8086984325	52.9371301332	24.7705000405

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 78 through 198 )	78 - 198	1 - 121
2	2	chain 'A' and (resid 199 through 257 )	199 - 257	122 - 180
3	3	chain 'A' and (resid 258 through 278 )	258 - 278	181 - 201
4	4	chain 'A' and (resid 279 through 331 )	279 - 331	202 - 254
5	5	chain 'A' and (resid 332 through 369 )	332 - 369	255 - 292
6	6	chain 'A' and (resid 370 through 394 )	370 - 394	293 - 317
7	7	chain 'A' and (resid 395 through 412 )	395 - 412	318 - 335
8	8	chain 'A' and (resid 413 through 439 )	413 - 439	336 - 362

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万見 (Yorodumi)