PDB-9r4m: Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r4m

タイトル

Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with mannose products form

要素

Chains: A

キーワード

HYDROLASE / Glycoside Hydrolases / carbohydrate-binding protein

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / FORMIC ACID / alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Ct GH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum , with Elongated Glycan-Binding Canyon.
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.O.

履歴

登録	2025年5月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r4m.cif.gz	194.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r4m.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r4m_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r4m_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9r4m_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	9r4m_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/9r4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r4kC 9r4lC 9r4nC 9r4oC 9r4pC 9r4qC 9r4rC 9r4sC 9r4tC 9r4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chains: A

ヘテロ分子

48.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.524, 106.524, 127.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質

Chains: A

分子量: 48089.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主:

Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-FMT / FORMIC ACID

分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium formate 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS4 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→43.36 Å / Num. obs: 60778 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.99 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05114 / R_rim(I) all: 0.05252 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / R_merge(I) obs: 1.615 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 5872 / CC_1/2: 0.938 / % possible all: 96.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→43.36 Å / SU ML: 0.2235 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7312
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	3017	5 %
R_work	0.1672	57310	-
obs	0.1685	60327	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2806	0	51	181	3038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0194	2935
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5439	4004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0976	442
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0135	519
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.4127	436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.4072	128	0.3884	2456	X-RAY DIFFRACTION	94.34
1.98-2.02	0.322	135	0.3279	2572	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.02-2.05	0.2821	134	0.2932	2564	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.05-2.09	0.2898	132	0.2666	2531	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.09-2.13	0.2646	135	0.2439	2576	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.13-2.17	0.234	135	0.2247	2547	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.17-2.22	0.2124	135	0.1929	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.22-2.27	0.2231	138	0.1851	2583	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2.27-2.33	0.2189	136	0.181	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.33-2.39	0.2173	136	0.1786	2581	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.39-2.46	0.231	137	0.184	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.46-2.54	0.2305	137	0.1916	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.54-2.63	0.2393	138	0.1955	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.63-2.74	0.2478	136	0.2198	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.74-2.86	0.2783	138	0.2088	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.86-3.01	0.2141	139	0.2002	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.01-3.2	0.2151	138	0.1876	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.2-3.45	0.2035	140	0.1888	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.45-3.79	0.1891	140	0.1434	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.34	0.1167	140	0.1163	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.34-5.47	0.1508	142	0.1238	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-43.36	0.1831	148	0.1572	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74957973992	-0.165884078097	-0.852495069493	1.69120214354	-0.0207257742447	4.93710445729	0.0145676295099	0.139297167729	-0.142836744089	-0.169328548876	0.00277629354917	-0.042918345332	1.01111226384	0.744637091035	-0.0130558120724	0.680093316686	0.216055435773	-0.00829300014013	0.520212489946	-0.0106070442847	0.483661563701	14.3078641901	53.6812906	10.062439603
2	1.58716630619	-0.642042117103	-0.509581998984	1.77292460647	1.11876497413	4.1729290082	0.104975480318	0.233625471537	0.103789391664	-0.114123027216	-0.0423094485236	0.0810170641694	-0.207557773282	-0.315008830608	4.00710807239E-5	0.502531558441	0.0788544884729	-0.0194837184991	0.426242978789	0.0284000355742	0.507697264126	2.14685038889	68.7176786939	14.4764297986
3	2.22396914276	-0.518361648852	0.0244584759727	2.50983967891	0.352503228015	5.11409349669	0.0984602610275	-0.416492236367	0.194716237384	0.0477017368552	-0.0180244044494	-0.0606345503523	-0.395043878681	0.307695319025	-2.12041200485E-5	0.518963512587	-0.012093520384	-0.00110662844712	0.406710256371	-0.0492235412695	0.436006302889	7.68262555647	70.2823096215	30.1329696598
4	1.89186063423	-1.30900357425	0.277334013892	1.9349508413	0.713770656829	3.79415663099	0.026562911658	-0.311551676823	0.200976841917	0.271586465002	0.0131675631802	-0.493720211109	0.177556095796	1.34965913807	0.00106245886699	0.578213881937	0.108063376716	-0.0524204315115	0.899122133406	-0.0251479220342	0.525611251361	21.1715737831	62.888247198	27.8480314065
5	1.59953642067	3.17880679976	1.05313487276	6.32091619314	2.09661096923	0.691918523678	-0.175986568955	0.154689216661	-0.611709404925	-0.505504525938	0.835604263081	-0.149745748761	-1.2709154051	-0.498739987614	0.488919455994	0.972484381382	0.600456895626	-0.0115556500814	1.24267018844	0.00435120327749	0.640898236339	29.0266367029	42.0588190347	17.2354517737
6	0.391574960743	-0.330526386099	0.263298186117	0.662067931493	0.185519827224	0.61416733265	0.0729056577394	-0.0884245613914	-0.480549945127	0.394785711024	0.0729523023125	-0.494744762782	0.861871023462	1.53746802952	0.0408137398157	0.812651984026	0.399365285152	-0.0628753641708	0.913194636802	0.018287715438	0.641588958209	21.4670571573	52.4626783773	24.2853055706

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 78 through 161 )	78 - 161	1 - 84
2	2	chain 'A' and (resid 162 through 257 )	162 - 257	85 - 180
3	3	chain 'A' and (resid 258 through 331 )	258 - 331	181 - 254
4	4	chain 'A' and (resid 332 through 394 )	332 - 394	255 - 317
5	5	chain 'A' and (resid 395 through 412 )	395 - 412	318 - 335
6	6	chain 'A' and (resid 413 through 439 )	413 - 439	336 - 362

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関連情報:EMDBヘッダ

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