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- PDB-9r4l: Crystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r4l
タイトルCrystal structure of CtGH76 from Chaetomium thermophilum in complex with mannose
要素Chains: A
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolases / carbohydrate-binding protein
機能・相同性: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Six-hairpin glycosidase superfamily / carbohydrate metabolic process / FORMIC ACID / alpha-D-mannopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Po-Hsun, W. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 987 ドイツ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2025
タイトル: Ct GH76, a Glycoside Hydrolase 76 from Chaetomium thermophilum , with Elongated Glycan-Binding Canyon.
著者: Ruppenthal, S.R. / Po-Hsun, W. / Watad, M. / Rosner, C.J. / Vogt, M.S. / Friedrich, M. / Voigt, A.L. / Petz, A. / Gnau, P. / Essen, L.O.
履歴
登録2025年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chains: A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7686
ポリマ－48,0891
非ポリマー6795
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.673, 106.673, 127.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Chains: A


分子量: 48089.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0025410 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S5Y9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.6 M sodium formate 10% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS4 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月21日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.19 Å / Num. obs: 49336 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 42.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09696 / Rpim(I) all: 0.03057 / Net I/σ(I): 13.57
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8054 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Num. unique obs: 4819 / CC1/2: 0.967 / CC star: 0.992 / Rpim(I) all: 0.2499 / % possible all: 98.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.19 Å / SU ML: 0.2178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6652
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1921 2415 4.91 %
Rwork0.1593 46724 -
obs0.1609 49139 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 45 234 3085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01462917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11833980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0688441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9396432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.29621510.24072663X-RAY DIFFRACTION98.7
2.14-2.190.23291380.20892713X-RAY DIFFRACTION99.23
2.19-2.240.25051480.19222711X-RAY DIFFRACTION99.27
2.24-2.30.25351390.19212679X-RAY DIFFRACTION99.02
2.3-2.360.19521520.182709X-RAY DIFFRACTION99.44
2.36-2.430.2011270.17792739X-RAY DIFFRACTION99.62
2.43-2.510.22631340.17632717X-RAY DIFFRACTION99.58
2.51-2.60.22411440.18682748X-RAY DIFFRACTION99.45
2.6-2.70.2461490.19752708X-RAY DIFFRACTION99.65
2.7-2.820.2391360.18852765X-RAY DIFFRACTION99.86
2.82-2.970.25111250.17742761X-RAY DIFFRACTION99.83
2.97-3.160.24641240.17582748X-RAY DIFFRACTION99.62
3.16-3.40.19011650.17432747X-RAY DIFFRACTION99.69
3.4-3.740.16991410.14972775X-RAY DIFFRACTION99.86
3.74-4.280.15711350.12132800X-RAY DIFFRACTION99.9
4.28-5.40.13461550.12512795X-RAY DIFFRACTION99.83
5.4-49.190.19321520.15992946X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.770698938970.4862143347630.04632594758961.36387307063-0.564078834433.97255022559-0.0208548200180.191592412835-0.0466484185039-0.1574063741580.0169838744898-0.146654657068-0.1071474399011.10470480905-0.008069841368340.353255226834-0.03430240963550.01768534851230.725860757243-0.01734004900380.439047846729-39.558230042939.1895258147-32.3421531102
21.950237422460.263165102788-1.046834871511.153048702330.0275179398193.58340580601-0.04952786322280.236735277344-0.0125005964184-0.1005405909190.1534914645990.1413848993730.157255922264-0.4420546089490.0001154734347920.3375242055370.00574976355092-0.02436291305490.5093366202830.009347468028210.467599971765-58.555549091736.1968525919-27.9280793588
32.200009328150.313137434966-0.1443258199671.485957276310.2067021275244.489428490180.146558288989-0.07196040037760.1121011873780.358673028845-0.06984872964730.140851663368-0.402082213172-0.2127456046180.0001370280749380.4217639188560.04897483240540.04419490365450.468508944303-0.01741508756070.416559394086-57.143037250341.7776611846-12.2298672788
42.570590252821.06186582251-0.885910295511.075644697280.467370060243.132836157390.161624424702-0.2378754113210.39367087840.272292583291-0.0617838982327-0.00480007999808-0.9552731076920.8177358038560.001068822101370.69626617396-0.1829730924040.01108967132470.658811227293-0.05909864501220.466883209858-44.027523307249.8452714736-14.5294834117
52.79594587139-2.99616201375-2.209138604853.212793497642.369048990091.744246781660.7657105511070.141527763946-0.0322546241524-0.256911743899-0.0833142516823-0.490425593738-0.0930350064328-0.9885180817620.2656337520110.531735332778-0.306788386789-0.05809171480491.348427284290.01575878520970.582716933671-22.028287211146.3227382102-25.302161041
60.8021520195470.3296460998740.0214764760540.3667041717490.3644768542290.549542421073-2.51710982558E-5-0.1995739709540.03378793414270.1792854032540.0111176294024-0.396088784905-0.6570442052821.342989909360.008427875046690.491926991645-0.204230557857-0.03714219410491.00638077679-0.02319351297210.540108400176-34.844468263844.947465256-18.1776731335
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 78 through 161 )78 - 1611 - 84
22chain 'A' and (resid 162 through 257 )162 - 25785 - 180
33chain 'A' and (resid 258 through 331 )258 - 331181 - 254
44chain 'A' and (resid 332 through 394 )332 - 394255 - 317
55chain 'A' and (resid 395 through 412 )395 - 412318 - 335
66chain 'A' and (resid 413 through 439 )413 - 439336 - 362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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