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- PDB-9r3z: Exploiting ALDH1A2 and ALDH1A3 Isoform Variability for Crystalliz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r3z
タイトルExploiting ALDH1A2 and ALDH1A3 Isoform Variability for Crystallization Screening
要素Retinal dehydrogenase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldehyde Dehydrogenase / Cancer Stem Cells / Retinaldehyde / ALDH1A3 / structure-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of bilateral symmetry / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / midgut development / morphogenesis of embryonic epithelium ...determination of bilateral symmetry / regulation of vascular endothelial cell proliferation / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / retinoic acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / ureter maturation / embryonic camera-type eye development / midgut development / morphogenesis of embryonic epithelium / pituitary gland development / RA biosynthesis pathway / proximal/distal pattern formation / vitamin A metabolic process / neural crest cell development / hindbrain development / retinal metabolic process / embryonic digestive tract development / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal binding / pancreas development / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / embryonic forelimb morphogenesis / response to vitamin A / retinoic acid metabolic process / cardiac muscle tissue development / retinol metabolic process / anterior/posterior pattern specification / neural tube development / blood vessel development / face development / response to retinoic acid / heart morphogenesis / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / response to cytokine / lung development / kidney development / liver development / neuron differentiation / response to estradiol / protein homotetramerization / cell population proliferation / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinal dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Garaavglia, S. / Mazzorana, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of HealthPNRRM6C2-- 12376588 イタリア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Exploiting ALDH1A2 and ALDH1A3 isoform variability for crystallisation screening.
著者: Siragusa, S. / Garavaglia, S. / Mazzorana, M.
履歴
登録2025年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinal dehydrogenase 2
B: Retinal dehydrogenase 2
C: Retinal dehydrogenase 2
D: Retinal dehydrogenase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,1354
ポリマ－227,1354
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16200 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area66700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.841, 139.478, 85.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.927, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Retinal dehydrogenase 2 / RALDH 2 / RalDH2 / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A2 / ALDH1A2 / Retinaldehyde-specific ...RALDH 2 / RalDH2 / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A2 / ALDH1A2 / Retinaldehyde-specific dehydrogenase type 2 / RALDH(II)


分子量: 56783.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A2, RALDH2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O94788, retinal dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09 M NPS, 0.1 M Buffer System 3 (1.0M ph 8.5 Tris (base); BICINE 8.5) 30 % v/v Precipitant Mix 3 (40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→73 Å / Num. obs: 48094 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 62.37 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.79→2.85 Å / Num. unique obs: 2340 / CC1/2: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→72.57 Å / SU ML: 0.4646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.3178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2852 2224 4.68 %
Rwork0.2084 45286 -
obs0.212 47510 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→72.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14657 0 0 53 14710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.036220266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05412236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00852657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3135516
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.860.37191310.32122856X-RAY DIFFRACTION99.6
2.86-2.930.36581440.29672782X-RAY DIFFRACTION99.9
2.93-30.33231120.28442833X-RAY DIFFRACTION99.9
3-3.080.33191200.25922855X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.170.30871360.25252842X-RAY DIFFRACTION99.93
3.17-3.270.36331180.25452832X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.390.33731460.24912810X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.530.29711390.22482802X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-3.690.29741540.21892822X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-3.880.31322000.20532764X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.130.30151370.20122838X-RAY DIFFRACTION99.9
4.13-4.440.3005800.18032868X-RAY DIFFRACTION99.97
4.44-4.890.20961340.15252855X-RAY DIFFRACTION99.97
4.89-5.60.29721700.18882822X-RAY DIFFRACTION100
5.6-7.050.27191580.20322824X-RAY DIFFRACTION99.97
7.05-72.570.21171450.17912881X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3729034212 Å / Origin y: -0.19057327886 Å / Origin z: 22.9567880207 Å
111213212223313233
T0.164692312653 Å20.0128668713915 Å2-0.00611903278242 Å2-0.146153159727 Å2-0.029894701961 Å2--0.210276251247 Å2
L0.224895393159 °20.0220649270857 °2-0.012637657571 °2-0.211128701569 °20.0318408631864 °2--0.525085240623 °2
S0.018060183537 Å °-0.00766724126888 Å °-0.00368087462941 Å °-0.0178170704286 Å °-0.0687371223887 Å °0.0624812544463 Å °-0.0147704989335 Å °-0.0168793787878 Å °-2.97636431006E-6 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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