PDB-9r3w: Fungal tRNA ligase Trl1-LIG-KIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r3w

タイトル

Fungal tRNA ligase Trl1-LIG-KIN

要素

tRNA ligase

キーワード

LIGASE / tRNA ligase / polynucleotide kinase / tRNA splicing / adenylyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermochaetoides thermophila (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Peschek, J. / Koehler, S.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2025
タイトル: Interdomain assembly between the fungal tRNA ligase adenylyltransferase and kinase domain.
著者: Kohler, S. / Peschek, J.

履歴

登録	2025年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r3w.cif.gz	324.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r3w.ent.gz	216 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r3w_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r3w_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9r3w_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	9r3w_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-1474927818 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA ligase

ヘテロ分子

72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.674, 112.674, 108.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2
Space group name Hall	P4ab2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z #3: y+1/2,-x+1/2,z #4: x+1/2,-y+1/2,-z #5: -x+1/2,y+1/2,-z #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-818- HOH

#1: タンパク質	tRNA ligase 分子量: 70811.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal 6xHis tag was proteolytically removed prior to crystallization 由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類) 遺伝子: CTHT_0034810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S6G2, RNA ligase (ATP)
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 41%(v/v) PEG 400 and 0.1 M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月5日 / 詳細: Vertical CRL / Horizontal Elliptical mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→48.8 Å / Num. obs: 1492263 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 26.6 % / R_merge(I) obs: 2.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 144695 / CC_1/2: 0.612 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 2.855 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	VERSION Jun 30, 2023 BUILT=20230630	データ削減
Aimless	0.7.15	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→48.8 Å / SU ML: 0.2233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2187	5303	4.97 %	Random selection
R_work	0.1816	101341	-	-
obs	0.1835	106644	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4860	0	69	348	5277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	5036
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1463	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0677	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0133	881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8836	683

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.89-1.91	0.3809	155	0.3406	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.93	0.339	156	0.3036	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.93-1.96	0.3265	194	0.2926	3369	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.96-1.98	0.342	157	0.2629	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.01	0.3464	154	0.2588	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.04	0.2769	190	0.2496	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2318	171	0.2399	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.07-2.1	0.2511	179	0.2295	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2354	162	0.2245	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2423	184	0.2044	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2341	195	0.1915	3346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.24	0.2039	178	0.195	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.2458	193	0.1961	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.33	0.2357	193	0.1893	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2392	171	0.1778	3383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.2169	155	0.1924	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2243	176	0.1905	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.57	0.2523	175	0.19	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.64	0.2333	159	0.1891	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.73	0.2498	180	0.1969	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.82	0.2282	181	0.1929	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.94	0.2572	198	0.2013	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.07	0.2379	176	0.1921	3385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.23	0.258	163	0.189	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.43	0.2281	156	0.1864	3402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.7	0.2168	193	0.164	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.07	0.1843	189	0.1496	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.66	0.1501	215	0.1463	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.87	0.24	153	0.1574	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-48.8	0.1887	202	0.169	3371	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.7394646176 Å / Origin y: -12.484711649 Å / Origin z: 27.0110502706 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.25266651821 Å²	0.00668528668212 Å²	0.010829448402 Å²	-	0.286580106808 Å²	-0.0264117691924 Å²	-	-	0.280168552171 Å²
L	0.456253546556 °²	0.286795994932 °²	-0.0447778863151 °²	-	0.784292852298 °²	-0.134009070189 °²	-	-	0.392865986939 °²
S	-0.00474242297539 Å °	0.00558788945938 Å °	0.033371227092 Å °	-0.0402454313028 Å °	0.00488829431718 Å °	0.0039601503064 Å °	0.0462368115413 Å °	-0.0284235708937 Å °	-0.00152983966159 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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