PDB-9r3k: Crystal structure of human MAO B in complex with ((E)-3-(3-nitrop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r3k

タイトル

Crystal structure of human MAO B in complex with ((E)-3-(3-nitrophenyl)-1-(3-(trifluoromethyl)phenyl)prop-2-en-1-one (4b)

要素

Amine oxidase [flavin-containing] B

キーワード

FLAVOPROTEIN / monoamine oxidase / chalcone / neuroprotective drug

機能・相同性

機能・相同性情報

Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Marchese, S. / Binda, C.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of chalcone derivatives as selective Monoamine Oxidase-B inhibitors with potential neuroprotective effects.
著者: Facchetti, G. / Marchese, S. / Cocce, V. / Doneda, L. / Alessandri, G. / Paino, F. / Pessina, A. / Pinzi, L. / Rastelli, G. / Binda, C. / Christodoulou, M.S. / Rimoldi, I.

履歴

登録	2025年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r3k.cif.gz	246.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r3k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r3k_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r3k_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9r3k_validation.xml.gz	54.1 KB	表示
CIF形式データ	9r3k_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9r2jC 9r3jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Amine oxidase [flavin-containing] B

BBB: Amine oxidase [flavin-containing] B

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.222, 222.163, 86.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1120- HOH
2	1	BBB-767- HOH
3	1	BBB-853- HOH
4	1	BBB-955- HOH

#1: タンパク質	Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B 分子量: 58706.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1JC6 / (~{E})-3-[3-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]phenyl]-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-en-1-one 分子量: 321.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀F₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / スルホベタイン分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₈NO₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG4000, 100 mN ADA pH 6.5, 70 mM lithium sulphate, 8.5 mM Zwittergent 3-12

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→47.268 Å / Num. obs: 177699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.566 / Num. unique obs: 8709 / CC_1/2: 0.87 / R_pim(I) all: 0.357 / R_rim(I) all: 0.671

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→47.268 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.106 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1623	4135	2.508 %
R_work	0.1395	160750	-
all	0.14	-	-
obs	-	164885	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.697 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.042 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.846 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.196 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.268 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	178	908	9012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	8356
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.671	11376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.903	1.584	18221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.502	5	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.043	21.599	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.031	15	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	20.804	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.109	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	9242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	7600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.126	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.335	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	1.664	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.667	1.663	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.317	2.491	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.318	2.492	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.391	2.036	4359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.387	2.033	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.045	2.917	6371
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.045	2.918	6372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.085	21.062	9723
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.914	20.496	9516

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.186	269	0.176	11799	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.687	0.178	296	0.162	11517	X-RAY DIFFRACTION	99.9831
1.687-1.735	0.173	289	0.159	11162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.789	0.182	275	0.148	10898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.847	0.169	254	0.139	10575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.912	0.154	287	0.133	10160	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.984	0.162	261	0.132	9857	X-RAY DIFFRACTION	99.9802
1.984-2.065	0.155	228	0.129	9479	X-RAY DIFFRACTION	99.9794
2.065-2.157	0.156	229	0.126	9132	X-RAY DIFFRACTION	99.9786
2.157-2.263	0.16	225	0.123	8727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.385	0.138	210	0.121	8311	X-RAY DIFFRACTION	99.9765
2.385-2.529	0.146	222	0.125	7828	X-RAY DIFFRACTION	99.9007
2.529-2.704	0.147	202	0.129	7370	X-RAY DIFFRACTION	99.9736
2.704-2.92	0.163	179	0.13	6900	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
2.92-3.199	0.154	159	0.136	6370	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
3.199-3.576	0.149	149	0.14	5768	X-RAY DIFFRACTION	99.7471
3.576-4.129	0.155	134	0.136	5116	X-RAY DIFFRACTION	99.9619
4.129-5.055	0.163	120	0.138	4354	X-RAY DIFFRACTION	99.8438
5.055-7.142	0.203	95	0.192	3415	X-RAY DIFFRACTION	99.7159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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