PDB-9r3j: Crystal structure of human MAO B in complex with (E)-3-(benzo[d][...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r3j

タイトル

Crystal structure of human MAO B in complex with (E)-3-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-1-(3-(trifluoromethyl)phenyl)prop-2-en-1-one (chalcone inhibitor, 4e)

要素

Amine oxidase [flavin-containing] B

キーワード

FLAVOPROTEIN / monoamine oxidase / chalcone / neuroprotective drug

機能・相同性

機能・相同性情報

Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Marchese, S. / Binda, C.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of chalcone derivatives as selective Monoamine Oxidase-B inhibitors with potential neuroprotective effects.
著者: Facchetti, G. / Marchese, S. / Cocce, V. / Doneda, L. / Alessandri, G. / Paino, F. / Pessina, A. / Pinzi, L. / Rastelli, G. / Binda, C. / Christodoulou, M.S. / Rimoldi, I.

履歴

登録	2025年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r3j.cif.gz	244.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r3j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r3j_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r3j_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9r3j_validation.xml.gz	54 KB	表示
CIF形式データ	9r3j_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/9r3j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r2jC 9r3kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Amine oxidase [flavin-containing] B

BBB: Amine oxidase [flavin-containing] B

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.299, 222.293, 86.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1112- HOH
2	1	BBB-811- HOH
3	1	BBB-820- HOH
4	1	BBB-997- HOH

#1: タンパク質	Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B 分子量: 58706.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / スルホベタイン分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₈NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-A1JC8 / (~{E})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-en-1-one 分子量: 320.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₁F₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG4000, 100 mM ADA pH 6.5, 70 mM lithium sulphate, 8.5 mM Zwittergent 3-12

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.27 Å / Num. obs: 138049 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.601 / Num. unique obs: 6764 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.38 / R_rim(I) all: 0.714

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.559 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	3453	2.501 %
R_work	0.1498	134585	-
all	0.15	-	-
obs	-	138038	99.901 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.865 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.718 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.147 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	178	879	8983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	8344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.836	1.68	11355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.881	1.589	18191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.533	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.257	21.524	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.21	15	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	19.43	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.958	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.049	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	9204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	7605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.187	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.645	1.693	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.638	1.692	3987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.256	2.532	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.258	2.533	4985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.18	2.06	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.18	2.06	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.727	2.953	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.727	2.953	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.82	21.03	9731
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.672	20.489	9513

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.226	235	0.2	9888	X-RAY DIFFRACTION	99.8028
1.744-1.792	0.208	263	0.178	9600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.193	249	0.169	9347	X-RAY DIFFRACTION	99.9896
1.844-1.901	0.192	220	0.168	9118	X-RAY DIFFRACTION	99.9572
1.901-1.963	0.184	211	0.17	8845	X-RAY DIFFRACTION	99.8677
1.963-2.032	0.174	212	0.142	8516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.109	0.166	204	0.146	8259	X-RAY DIFFRACTION	99.8702
2.109-2.195	0.166	198	0.134	7964	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
2.195-2.292	0.171	193	0.139	7600	X-RAY DIFFRACTION	99.7823
2.292-2.404	0.148	188	0.126	7297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.534	0.15	195	0.131	6978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.688	0.152	180	0.133	6565	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
2.688-2.873	0.158	175	0.135	6179	X-RAY DIFFRACTION	99.9685
2.873-3.103	0.163	135	0.142	5791	X-RAY DIFFRACTION	99.9831
3.103-3.399	0.155	133	0.147	5325	X-RAY DIFFRACTION	99.9634
3.399-3.8	0.173	135	0.155	4837	X-RAY DIFFRACTION	99.8394
3.8-4.387	0.148	108	0.135	4296	X-RAY DIFFRACTION	99.8639
4.387-5.371	0.181	100	0.149	3665	X-RAY DIFFRACTION	99.9469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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