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- PDB-9r3h: Structure of liver pyruvate kinase in complex with fluorescent pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r3h
タイトルStructure of liver pyruvate kinase in complex with fluorescent probe 4b
要素Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / fluorescence / allosteric site
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis ...pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis / response to ATP / potassium ion binding / Regulation of gene expression in beta cells / response to cAMP / response to glucose / cellular response to epinephrine stimulus / response to nutrient / glycolytic process / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / response to hypoxia / magnesium ion binding / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / OXALATE ION / Pyruvate kinase PKLR
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bogucka, A. / Nilsson, O. / Grotli, M. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust223804/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Fluorescent binding assay for allosteric ligands of liver pyruvate kinase.
著者: Nilsson, O. / Bogucka, A. / Koteles, I. / Haversen, L. / Liljenberg, S. / Rutberg, M. / Hyvonen, M. / Grotli, M.
履歴
登録2025年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
B: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
C: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
D: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
E: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
F: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
G: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
H: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,03744
ポリマ－386,2838
非ポリマー5,75436
水40,5522251
1
A: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
B: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
C: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
D: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,01922
ポリマ－193,1424
非ポリマー2,87718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22510 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area56660 Å2
手法PISA
2
E: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
F: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
G: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
H: Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,01922
ポリマ－193,1424
非ポリマー2,87718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22280 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area56340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.521, 112.553, 189.315
Angle α, β, γ (deg.)90, 91.09, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Isoform L-type of Pyruvate kinase PKLR / Pyruvate kinase 1 / Pyruvate kinase isozymes L/R / R-type/L-type pyruvate kinase / Red cell/liver ...Pyruvate kinase 1 / Pyruvate kinase isozymes L/R / R-type/L-type pyruvate kinase / Red cell/liver pyruvate kinase


分子量: 48285.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKLR, PK1, PKL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 2279分子

#3: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-A1JB3 / 4-[4-[(7-azanyl-2,1,3-benzoxadiazol-4-yl)sulfonyl]piperazin-1-yl]sulfonylbenzene-1,2-diol / BEHXKSOMSFVUBW-UHFFFAOYSA-N


分子量: 455.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES/MOPS, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol, 10 mM phenylalanine, 20 mM sodium oxalate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→189.281 Å / Num. obs: 207434 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 7.2 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.995 / CC1/2 anomalous: -0.225 / Rmerge(I) obs: 0.1607 / Rpim(I) all: 0.0642 / Rrim(I) all: 0.1732 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.766 / Baniso tensor eigenvalue 1: 0 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 14.3156 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 20.8424 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 0.8698 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: -0.4933 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0.4933 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 0.8698 / Aniso diffraction limit 1: 2.1 Å / Aniso diffraction limit 2: 2.176 Å / Aniso diffraction limit 3: 2.363 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 0.9661 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: -0.25797 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0.25797 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 0.9661 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 1493667 / Observed signal threshold: 1.2 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 93.7 / % possible ellipsoidal: 93.8 / % possible ellipsoidal anomalous: 93.7 / % possible spherical: 81.4 / % possible spherical anomalous: 81.3 / Redundancy anomalous: 3.65 / Signal type: local
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
6.158-189.2817.20.048819.14746347463410372103720.998-0.4850.01950.05260.62799.710099.710099.73.75100
4.874-6.1576.650.077515.95689416894110371103710.995-0.2150.03250.08410.74799.910099.910099.93.41100
4.252-4.8747.190.074117.9745287452810372103720.994-0.3980.02970.07990.7191001001001001003.67100
3.86-4.2527.370.090416.07764237642310372103720.992-0.3280.03570.09720.7421001001001001003.75100
3.581-3.867.460.10914.01773847738410372103720.991-0.260.04280.11720.7641001001001001003.79100
3.368-3.5817.50.137311.68778237782310371103710.988-0.2560.05360.14750.7871001001001001003.81100
3.198-3.3687.460.17939.39773557735510372103720.984-0.1360.07030.19270.7911001001001001003.78100
3.058-3.1986.790.22737.28704127041210372103720.975-0.0680.09430.24640.80499.810099.810099.83.44100
2.94-3.0586.840.27776.13709767097610371103710.969-0.0720.11450.30080.79899.910099.910099.93.47100
2.838-2.946.520.35564.94676106761010372103720.952-0.0390.15120.3870.7961001001001001003.3100
2.748-2.8386.920.43164.32717687176810372103720.944-0.030.17680.46690.7931001001001001003.5100
2.67-2.7487.060.52323.72732167321610371103710.919-0.0230.21150.56480.781001001001001003.57100
2.599-2.677.140.63423.16740887408810372103720.89-0.0290.25450.68380.77899.799.799.799.799.73.6199.7
2.534-2.5997.220.73092.84749217492110372103720.865-0.0050.29150.78730.78398.798.798.798.798.73.6598.7
2.474-2.5347.30.85732.47757457574510372103720.848-0.0060.33970.92270.77595.995.795.995.795.93.6995.7
2.415-2.4747.371.01652.17764867648610371103710.791-0.0160.40071.09320.76690.890.490.890.490.83.7290.4
2.36-2.4157.441.11832.01771707717010372103720.773-0.0240.43871.20180.76486.686.386.686.386.63.7586.3
2.306-2.367.51.27751.84778247782410372103720.701-0.0050.49931.37210.76386.486.286.479.6803.7886.2
2.247-2.3067.611.53191.59788907889010371103710.641-0.0320.59471.64380.75584.784.784.767.868.23.8384.7
2.1-2.2477.471.75691.45774737747310372103720.534-0.0150.69181.88910.76955.355.455.322.222.23.7655.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
autoPROC1.0.5 20221121data processing
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
STARANISO2.3.90データスケーリング
BUSTER2.10.4精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→189.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2333 10119 -RANDOM
Rwork0.2046 ---
obs0.206 207434 81.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5527 Å20 Å2-0.5939 Å2
2---0.4835 Å20 Å2
3----0.0692 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→189.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25902 0 344 2251 28497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00827169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.936984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9663SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4882HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27050HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3613SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24440SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.3
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 202 -
Rwork0.2745 --
obs0.2763 4149 12.46 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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