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- PDB-9r35: Crystal structure of the Pseudomonas putida Xre-RES toxin-antitox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r35
タイトルCrystal structure of the Pseudomonas putida Xre-RES toxin-antitoxin complex bound to promoter DNA
要素
  • DNA forward (30-mer)
  • DNA reverse (30-mer)
  • Toxin Res
  • XRE anti-toxin
キーワードGENE REGULATION / Protein-DNA complex / RES toxin / Xre antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin Xre / Antitoxin Xre-like, helix-turn-helix domain / Antitoxin Xre-like helix-turn-helix domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like, toxin-binding domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS C-terminal toxin-binding domain / RES domain / RES domain / RES
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin / Toxin Res
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Henriksen, F.O.G. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0079855 デンマーク
Independent Research Fund Denmark - Medical Sciences0135-00072B デンマーク
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2025
タイトル: Structural basis for higher-order DNA binding by a bacterial transcriptional regulator.
著者: Henriksen, F.O.G. / Van, L.B. / Brodersen, D.E. / Skjerning, R.
履歴
登録2025年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin Res
B: XRE anti-toxin
C: XRE anti-toxin
D: Toxin Res
E: XRE anti-toxin
F: XRE anti-toxin
G: Toxin Res
H: XRE anti-toxin
I: XRE anti-toxin
J: Toxin Res
K: XRE anti-toxin
L: XRE anti-toxin
M: Toxin Res
N: XRE anti-toxin
O: XRE anti-toxin
P: Toxin Res
Q: XRE anti-toxin
R: XRE anti-toxin
S: Toxin Res
T: XRE anti-toxin
U: XRE anti-toxin
V: Toxin Res
W: XRE anti-toxin
X: XRE anti-toxin
a: DNA reverse (30-mer)
b: DNA forward (30-mer)
c: DNA forward (30-mer)
d: DNA reverse (30-mer)
e: DNA forward (30-mer)
f: DNA reverse (30-mer)
g: DNA forward (30-mer)
h: DNA reverse (30-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,63332
ポリマ－485,63332
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Toxin Res
B: XRE anti-toxin
C: XRE anti-toxin
D: Toxin Res
E: XRE anti-toxin
F: XRE anti-toxin
a: DNA reverse (30-mer)
b: DNA forward (30-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4088
ポリマ－121,4088
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17680 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area42680 Å2
2
G: Toxin Res
H: XRE anti-toxin
I: XRE anti-toxin
J: Toxin Res
K: XRE anti-toxin
L: XRE anti-toxin
c: DNA forward (30-mer)
d: DNA reverse (30-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4088
ポリマ－121,4088
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18050 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area42790 Å2
3
M: Toxin Res
N: XRE anti-toxin
O: XRE anti-toxin
P: Toxin Res
Q: XRE anti-toxin
R: XRE anti-toxin
e: DNA forward (30-mer)
f: DNA reverse (30-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4088
ポリマ－121,4088
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18180 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area43720 Å2
4
S: Toxin Res
T: XRE anti-toxin
U: XRE anti-toxin
V: Toxin Res
W: XRE anti-toxin
X: XRE anti-toxin
g: DNA forward (30-mer)
h: DNA reverse (30-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4088
ポリマ－121,4088
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18200 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area42700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)81.23, 185.11, 170.79
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.01, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Toxin Res


分子量: 17523.775 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminally hexa His-tagged
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: res, PP_2434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q88K57, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質
XRE anti-toxin


分子量: 16978.436 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: AYO08_12380, B7H19_10555, CBL13_00496, CBP06_13110
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A179RFM7
#3: DNA鎖
DNA reverse (30-mer)


分子量: 9180.899 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
#4: DNA鎖
DNA forward (30-mer)


分子量: 9265.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
解説: Triagonal plate-shaped crystals of 0.2-0.4 micrometer in diagonal length
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 8% (v/v) ethylenglycol, and 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月6日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→26.03 Å / Num. obs: 139781 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8.13
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.6-2.671.39363090.2891.6871
2.67-2.741.18770580.3771.4251
2.74-2.820.98578480.4341.1791
2.82-2.910.81887130.5770.9751
2.91-30.704100470.6870.8371
3-3.110.57897810.8040.681
3.11-3.220.42494350.8790.4981
3.22-3.360.28690480.9440.3371
3.36-3.510.19887190.970.2331
3.51-3.680.14583960.9810.1711
3.68-3.880.11179370.9870.1311
3.88-4.110.09175300.9910.1081
4.11-4.390.07570370.9930.0891
4.39-4.750.06365880.9940.0741
4.75-5.20.06260280.9940.0731
5.2-5.810.05954790.9940.071
5.81-6.710.05548730.9950.0661
6.71-8.220.04741050.9960.0561
8.22-11.630.04131760.9960.0491
11.63-26.030.0416740.9960.0471

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX2.8.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→26.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 6987 5 %Random selection
Rwork0.228 ---
obs-132754 90.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27971 3481 0 65 31517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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