PDB-9r2j: Crystal structure of human MAO B in complex with (E)-3-(4-nitroph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r2j

タイトル

Crystal structure of human MAO B in complex with (E)-3-(4-nitrophenyl)-1-(3-(trifluoromethyl)phenyl)prop-2-en-1-one (chalcone inhibitor, 4a)

要素

Amine oxidase [flavin-containing] B

キーワード

FLAVOPROTEIN / monoamine oxidase / chalcone / neuroprotective drug

機能・相同性

機能・相同性情報

Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / substantia nigra development / flavin adenine dinucleotide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Marchese, S. / Binda, C.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Design, synthesis, and biological evaluation of chalcone derivatives as selective Monoamine Oxidase-B inhibitors with potential neuroprotective effects.
著者: Facchetti, G. / Marchese, S. / Cocce, V. / Doneda, L. / Alessandri, G. / Paino, F. / Pessina, A. / Pinzi, L. / Rastelli, G. / Binda, C. / Christodoulou, M.S. / Rimoldi, I.

履歴

登録	2025年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r2j.cif.gz	244.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r2j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r2j_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r2j_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9r2j_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	9r2j_validation.cif.gz	74.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/9r2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r3jC 9r3kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/ESRF-ES-1059290596 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Amine oxidase [flavin-containing] B

BBB: Amine oxidase [flavin-containing] B

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.342, 223.925, 86.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1097- HOH
2	1	BBB-793- HOH
3	1	BBB-824- HOH
4	1	BBB-827- HOH
5	1	BBB-1000- HOH

#1: タンパク質	Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B 分子量: 58706.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The C-terminal portion (residues 502-520) of the protein is not visible in the electron density and therefore was not included in the structure file. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, monoamine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / スルホベタイン分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₈NO₃S
#4: 化合物	ChemComp-A1JCO / (~{E})-3-(4-nitrophenyl)-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]prop-2-en-1-one 分子量: 321.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₀F₃NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG4000, ADA buffer pH 6.5, 70 mM lithium sulphate, 8.5 mM Zwittergent 3-12

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.68 Å / Num. obs: 119203 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.962 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 5849 / CC_1/2: 0.823 / R_pim(I) all: 0.367 / R_rim(I) all: 1.032

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→47.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.842 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1727	3000	2.517 %
R_work	0.1442	116199	-
all	0.145	-	-
obs	-	119199	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.278 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.175 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7926	0	178	853	8957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7856
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.679	11325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.827	1.588	18119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.491	5	999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.916	21.655	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.138	15	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	20.79	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.702	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	9192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	7012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.13	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	1.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.685	1.677	3984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.679	1.676	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.365	2.504	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.368	2.506	4979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.267	2.079	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.267	2.079	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.971	2.966	6344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.971	2.966	6345
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.209	20.589	9342
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.098	20.094	9154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.22	216	0.178	8522	X-RAY DIFFRACTION	99.9771
1.847-1.897	0.218	222	0.172	8261	X-RAY DIFFRACTION	99.9646
1.897-1.952	0.203	195	0.168	8119	X-RAY DIFFRACTION	99.988
1.952-2.012	0.177	206	0.155	7833	X-RAY DIFFRACTION	99.9627
2.012-2.078	0.175	199	0.148	7622	X-RAY DIFFRACTION	99.9617
2.078-2.151	0.17	168	0.144	7367	X-RAY DIFFRACTION	99.9867
2.151-2.232	0.168	180	0.136	7162	X-RAY DIFFRACTION	99.9592
2.232-2.324	0.152	164	0.125	6881	X-RAY DIFFRACTION	99.9574
2.324-2.427	0.159	170	0.125	6553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.545	0.166	180	0.131	6284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.153	167	0.133	5990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.845	0.159	167	0.133	5656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.845-3.042	0.165	133	0.14	5362	X-RAY DIFFRACTION	99.9636
3.042-3.285	0.165	117	0.134	4994	X-RAY DIFFRACTION	99.8632
3.285-3.599	0.168	115	0.143	4622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.599-4.023	0.165	110	0.138	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
4.023-4.644	0.168	106	0.133	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.9739
4.644-5.686	0.163	84	0.148	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.9691
5.686-8.031	0.171	67	0.177	2484	X-RAY DIFFRACTION	99.9217
8.031-47.68	0.29	34	0.196	1437	X-RAY DIFFRACTION	98.3947

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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