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- PDB-9r2e: Structure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r2e
タイトルStructure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragment of IgA1
要素
  • (ARGX-121 Fab fragment ...) x 2
  • Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / IgA mediated autoimmunity / immunoglobulin / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma ...secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex, circulating / positive regulation of respiratory burst / complement activation, classical pathway / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Immunoglobulin heavy constant alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Voet, S. / Deweirdt, L. / Verbeiren, J. / Gabriels, S. / Provost, M. / Freier, R. / Koenig, J. / Lammens, A. / Silence, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragment of IgA1
著者: Voet, S. / Provost, M. / Deweirdt, L. / Verbeiren, J. / Gabriels, S. / Silence, K. / Pannecoucke, E.
履歴
登録2025年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ARGX-121 Fab fragment heavy chain
L: ARGX-121 Fab fragment light chain
P: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1
Q: Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1
A: ARGX-121 Fab fragment heavy chain
B: ARGX-121 Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,42218
ポリマ－147,5706
非ポリマー85212
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15390 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area57620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.291, 232.312, 105.519
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.35, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-501-

MG

21B-301-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 PQ

#3: タンパク質 Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Ig alpha-1 chain C region / Ig alpha-1 chain C region BUR / Ig alpha-1 chain C region TRO


分子量: 23155.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01876

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 ARGX-121 Fab fragment heavy chain


分子量: 25904.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 ARGX-121 Fab fragment light chain


分子量: 24725.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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非ポリマー , 4種, 389分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) Glycerol, 0.16 M MgAcetate, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885603 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.539→116.16 Å / Num. obs: 59436 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.539→2.583 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 1.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3039 / Rsym value: 1.592 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
XDSJun 30, 2023データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
Aimless0.7.13データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→116.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25182 2937 -RANDOM
Rwork0.21095 ---
obs0.21306 55813 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å2-0.13 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→116.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9611 0 54 377 10042
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.583 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.338 -
Rwork0.328 -
obs-89.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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