PDB-9r08: Structure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9r08

タイトル

Structure of the human heterotetrameric cis-prenyltransferase complex harboring NgBR-S249A in complex with magnesium, FsPP and IPP

要素

(Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase / dolichol

機能・相同性

機能・相同性情報

dolichyl diphosphate biosynthetic process / : / Defective DHDDS causes RP59 / : / dehydrodolichyl diphosphate synthase complex / Synthesis of dolichyl-phosphate / regulation of intracellular cholesterol transport / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] / ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific] activity / polyprenol biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Giladi, M. / Haitin, Y.

資金援助

イスラエル,

米国, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural mechanisms of allosteric network regulation in the human cis-prenyltransferase complex
著者: Giladi, M. / Haitin, Y.

履歴

登録	2025年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9r08.cif.gz	223.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9r08.ent.gz	177.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9r08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9r08_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9r08_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9r08_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	9r08_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/9r08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9r0eC 9r0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS

B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

ヘテロ分子

64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS

B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

ヘテロ分子

A: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS

B: Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.399, 184.399, 112.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-556- HOH

-
Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Cis-isoprenyltransferase / Cis-IPTase / Cis-prenyltransferase subunit hCIT / Epididymis tissue protein Li 189m 分子量: 39201.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHDDS, HDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q86SQ9, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]
#2: タンパク質	Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate ...Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate synthase 1 homolog 分子量: 24773.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUS1, C6orf68, NGBR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96E22, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

#1: タンパク質

Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit DHDDS / Cis-isoprenyltransferase / Cis-IPTase / Cis-prenyltransferase subunit hCIT / Epididymis tissue protein Li 189m

分子量: 39201.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHDDS, HDS / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86SQ9, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

#2: タンパク質

Dehydrodolichyl diphosphate synthase complex subunit NUS1 / Cis-prenyltransferase subunit NgBR / Nogo-B receptor / NgBR / Nuclear undecaprenyl pyrophosphate ...

分子量: 24773.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUS1, C6orf68, NGBR / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96E22, ditrans,polycis-polyprenyl diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl diphosphate specific]

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE 分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE 分子量: 398.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₈O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.94 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Tris pH 9, 1 M Glycine, 0.1M KCl, 41% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46.1 Å / Num. obs: 55744 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 10.4 % / R_rim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.4861 Å / Num. unique obs: 5521 / R_rim(I) all: 2.632

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.1_5286: ???)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→46.1 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 26.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2408	2750	4.93 %
R_work	0.1959	-	-
obs	0.198	55733	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4048	0	39	99	4186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4179
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.603	5681
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.575	1480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	638
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3896	125	0.3335	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.49	0.3287	136	0.3012	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.3496	134	0.3123	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.59	0.328	144	0.2853	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.64	0.3455	144	0.292	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.7	0.3488	140	0.2734	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.306	146	0.2616	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.85	0.3066	140	0.2567	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.93	0.3289	138	0.2698	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.02	0.3007	144	0.2357	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.13	0.2802	139	0.2342	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.26	0.2394	128	0.2125	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.2695	125	0.2081	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.59	0.2603	135	0.1788	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.81	0.1973	136	0.1716	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.1	0.2094	156	0.1562	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.52	0.1706	148	0.1517	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.17	0.2084	128	0.1508	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
5.17-6.51	0.2263	134	0.1979	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
6.51-46.1	0.1979	130	0.1607	2661	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.7147	2.6624	-2.4433	4.107	-0.5763	4.6023	0.165	1.1136	1.1332	-0.3736	0.6707	0.3968	-0.7169	0.0865	-0.5364	0.6315	0.0479	0.0694	0.7131	0.0239	0.6433	5.6376	118.5574	36.6662
2	2.0329	-0.0648	-0.0279	1.5258	0.2393	1.71	0.1211	0.1139	0.2776	-0.0354	0.0219	-0.1686	-0.2532	-0.0177	-0.1185	0.3706	-0.0197	0.0356	0.3681	0.0033	0.44	28.5536	122.6443	37.0282
3	2.4448	0.12	2.2306	0.4701	0.1435	2.9779	0.2941	0.0053	-0.413	0.2103	0.0495	-0.0059	0.2844	-0.0277	-0.2162	0.5647	0.0119	-0.0286	0.5866	0.0078	0.5342	26.634	108.4446	55.6193
4	2.546	0.0456	-0.2628	0.2181	0.188	1.8548	-0.1128	-0.2094	0.2566	0.5464	0.0031	-0.0696	-0.6491	-0.3824	0.188	0.7252	-0.0563	-0.0949	0.5391	-0.083	0.5702	40.3006	123.7386	68.0543
5	6.8851	-1.5508	1.9713	0.3865	0.0844	8.0459	-0.275	-0.2252	-0.9937	-0.2671	0.0112	-0.4441	1.3457	0.0251	0.0456	0.6939	0.0165	0.0431	0.6461	0.0264	0.6088	43.6637	79.5012	30.262
6	1.7043	-0.4444	0.2415	2.4558	1.2342	4.196	0.088	-0.2451	-0.0572	0.1353	-0.1311	0.0746	0.1651	-0.1397	0.083	0.5525	0.025	-0.037	0.5476	0.0081	0.5183	36.6	91.4822	43.2255
7	1.6743	-0.9464	0.5462	1.9901	-0.4923	1.8208	-0.041	-0.2499	0.3524	-0.0193	-0.0486	-0.7043	0.1325	0.3684	0.0171	0.4084	0.0768	-0.0326	0.6251	-0.0378	0.4679	46.6794	100.7682	50.5517
8	1.0176	-0.8997	-0.6645	2.9069	-0.8035	2.3765	0.0503	0.1024	0.0974	-0.2059	-0.017	-0.0483	0.2173	0.0783	-0.0821	0.441	-0.0119	-0.0626	0.5343	-0.0213	0.4713	34.4818	98.8392	37.4583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 236 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 237 through 282 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 327 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 78 through 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 94 through 139 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 140 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 230 through 293 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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