[日本語] English
万見
- PDB-9qzk: SadB of Pseudomonas aeruginosa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qzk
タイトルSadB of Pseudomonas aeruginosa
要素HDOD domain-containing protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Biofilm / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoacyl-tRNA deacylase activity / single-species biofilm formation
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP036888, signal transduction HD-GYP-like, PA5346 type / : / Metal-dependent hydrolase HDOD / HDOD domain / HD-related output (HDOD) domain profile. / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HDOD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Opatowsky, Y. / Sporny, M.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1425/15 イスラエル
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2025
タイトル: SadB, a mediator of AmrZ proteolysis and biofilm development in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Ben-David, Y. / Sporny, M. / Brochin, Y. / Piscon, B. / Roth, S. / Zander, I. / Nisani, M. / Shoshani, S. / Yaron, O. / Karako-Lampert, S. / Lebenthal-Loinger, I. / Danielli, A. / Opatowsky, Y. / Banin, E.
履歴
登録2025年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HDOD domain-containing protein
B: HDOD domain-containing protein
C: HDOD domain-containing protein
D: HDOD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,4754
ポリマ－201,4754
非ポリマー00
水00
1
A: HDOD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3691
ポリマ－50,3691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HDOD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3691
ポリマ－50,3691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HDOD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3691
ポリマ－50,3691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HDOD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3691
ポリマ－50,3691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.727, 162.278, 238.237
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
HDOD domain-containing protein


分子量: 50368.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5346 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTL2
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Optimal crystal growth conditions consisted of a reservoir content of 1 M ammonium citrate tribasic, pH 7, and 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.25. Crystals were gradually introduced into a cryo- ...詳細: Optimal crystal growth conditions consisted of a reservoir content of 1 M ammonium citrate tribasic, pH 7, and 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.25. Crystals were gradually introduced into a cryo-protectant solution consisting of 1.1 M ammonium citrate tribasic, pH 7, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7 and 8% glycerol that was added to the mother-liquor, and flash-frozen in liquid N2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→49.25 Å / Num. obs: 75880 / % possible obs: 98.27 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 3.164→3.277 Å / Num. unique obs: 6330 / CC1/2: 0.691

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.16→49.25 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 2095 2.81 %
Rwork0.2222 --
obs0.2234 74630 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→49.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14188 0 0 0 14188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92119720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7232000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.240.56061070.58163711X-RAY DIFFRACTION77
3.24-3.320.56261400.47494851X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.410.4391400.41574858X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.510.38471400.37334822X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.620.39931400.3284868X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.750.34041400.31464853X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.90.32121410.28864873X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.080.29491400.24564891X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.290.25491410.21734881X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.560.19831420.19454906X-RAY DIFFRACTION100
4.56-4.910.22871420.18864919X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.410.26471430.19594933X-RAY DIFFRACTION100
5.41-6.190.23851430.20964961X-RAY DIFFRACTION100
6.19-7.790.22091450.20095006X-RAY DIFFRACTION100
7.79-49.250.22431510.1635202X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る