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Yorodumi- PDB-9qyj: Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9qyj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. | ||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Protein dynamics / human SAHase / metal binding / AHCY | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDefective AHCY causes HMAHCHD / Sulfur amino acid metabolism / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / L-methionine cycle / Methylation / one-carbon metabolic process / melanosome / endoplasmic reticulum ...Defective AHCY causes HMAHCHD / Sulfur amino acid metabolism / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / L-methionine cycle / Methylation / one-carbon metabolic process / melanosome / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
| Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. Authors: Malecki, P.H. / Imiolczyk, B. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9qyj.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9qyj.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9qyj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABDEFGCH
| #1: Protein | Mass: 47640.777 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AHCY, SAHH / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1452 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-ADN / #4: Chemical | ChemComp-CD / #5: Chemical | ChemComp-K / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.47 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / Details: Morpheus D4 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1.5 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.93→85.7 Å / Num. obs: 135530 / % possible obs: 85.9 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 24.65 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.93→2.256 Å / Num. unique obs: 6777 / CC1/2: 0.527 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93→74.59 Å / SU ML: 0.256 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.979 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 34.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→74.59 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 1items
Citation
PDBj




