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- PDB-9qyf: PARP9 Macro Domain 2 in complex with ADPr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qyf
タイトルPARP9 Macro Domain 2 in complex with ADPr
要素Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP9
キーワードTRANSFERASE / Complex / ADP-ribose / ADPribosylation / PARP9 / Macro domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to type II interferon / NAD+-protein-C-terminal glycine ADP-ribosyltransferase activity / ADP-D-ribose binding / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of catalytic activity / : / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of chromatin binding / Maturation of nucleoprotein ...regulation of response to type II interferon / NAD+-protein-C-terminal glycine ADP-ribosyltransferase activity / ADP-D-ribose binding / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of catalytic activity / : / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of chromatin binding / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / STAT family protein binding / post-transcriptional regulation of gene expression / enzyme inhibitor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / site of DNA damage / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of defense response to virus by host / nucleotidyltransferase activity / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell migration / double-strand break repair / defense response to virus / histone binding / viral protein processing / innate immune response / negative regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP14-like, eighth type I KH domain / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / Chem-AR6 / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Fourkiotis, K.N. / Chikunova, A. / Tsika, C.A. / Kravvariti, P.K. / Tsatsouli, A.S. / Perrakis, A. / Spyroulias, A.G.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
European Union (EU)101087215-ESPERANCEEuropean Union
European Union (EU)871037-iNEXT-DiscoveryEuropean Union
European Regional Development Fund5002550-INSPIREDEuropean Union
European Union (EU)101159708-MILESTONEEuropean Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Comparative analysis of hPARP9 macro domains
著者: Fourkiotis, K.N. / Chikunova, A. / Tsika, C.A. / Kravvariti, P.K. / Tsatsouli, A.S. / Perrakis, A. / Spyroulias, A.G.
履歴
登録2025年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3513
ポリマ－22,2331
非ポリマー1,1192
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.143, 52.143, 132.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP9 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 9 / ARTD9 / B aggressive lymphoma protein / Poly [ADP- ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 9 / ARTD9 / B aggressive lymphoma protein / Poly [ADP-ribose] polymerase 9 / PARP-9


分子量: 22232.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP9, BAL, BAL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXQ6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Succinic acid, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→40.93 Å / Num. obs: 45496 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 2206 / CC1/2: 0.698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→40.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 2.304 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17313 2255 5 %RANDOM
Rwork0.13325 ---
obs0.13517 43241 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å20 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 72 211 1801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.8212316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6051.7593738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.22552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00710308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7461.649798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7031.648798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.372.9711008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3832.9731009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9691.966899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9651.966900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.5473.4741309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.87124.11933
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.519.261867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.90233312
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 175 -
Rwork0.233 3122 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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