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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qy1
タイトルEndo180 (uPARAP) carbohydrate-recognition domain 2 with bound methyl fucoside
要素Mannose receptor C type 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin Endocytosis Endothelial cells
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / collagen catabolic process / collagen binding / endocytosis / carbohydrate binding / membrane
類似検索 - 分子機能
MRC2-like, N-terminal cysteine-rich domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / : / C-type lectin, conserved site ...MRC2-like, N-terminal cysteine-rich domain / CD209-like, C-type lectin-like domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-L-fucopyranoside / Mannose receptor C-type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Drickamer, K. / Feinberg, H. / Weis, W.I. / Taylor, M.E. / Jegouzo, S.A.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)BB/V014137/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sugar binding activity of the endothelial receptor Endo180
著者: Jegouzo, S.A.F. / Feinberg, H. / Lasanajak, Y. / Smith, D.H. / Weis, W.I. / Drickamer, K. / Taylor, M.E.
履歴
登録2025年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannose receptor C type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2204
ポリマ－14,9621
非ポリマー2583
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, This is a fragment constituting one folded domain from a larger polypeptide
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.650, 66.560, 37.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Mannose receptor C type 2


分子量: 14961.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MRC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q1M5H7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 %
結晶化温度: 289.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Drop: 5.2 mg/ml protein 5 mM CaCl2 10 mM Tris-Cl, pH 8.0 25mM NaCl 50mM alpha-Methyl-Fucoside Reservoir 26% polyethylene glycol 8K 0.1 M Tris-Cl, pH 8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 9435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 21.08
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 22.4 % / Num. unique obs: 922 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→37.65 Å / SU ML: 0.1898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.2236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 472 5.03 %
Rwork0.1837 8913 -
obs0.1865 9385 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 14 67 1117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00581096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80541485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.464398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.170.24411540.18392907X-RAY DIFFRACTION99.71
2.18-2.740.27221550.2122917X-RAY DIFFRACTION99.64
2.74-37.650.22481630.17363089X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.77750118094 Å / Origin y: 11.4569054019 Å / Origin z: 11.1400383382 Å
111213212223313233
T0.153199167465 Å2-0.0214478960848 Å2-0.000212805574231 Å2-0.181901508825 Å20.00824081621446 Å2--0.223642881584 Å2
L3.2569426406 °20.713088153415 °2-0.234645138704 °2-4.1269059069 °2-0.19061457131 °2--2.10513826244 °2
S-0.0411010200323 Å °0.18351715735 Å °0.0189591627724 Å °-0.0467080784318 Å °0.031689806186 Å °-0.269511239709 Å °-0.0775211944767 Å °0.0259281201237 Å °-0.0260886120554 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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