PDB-9qxw: SSX structure of Thaumatin grown in batch conditions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qxw

タイトル

SSX structure of Thaumatin grown in batch conditions

要素

Thaumatin I

キーワード

PLANT PROTEIN / Taste-modifying protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Stubbs, J. / Tews, I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: SSX structure of Thaumatin grown in batch conditions
著者: Stubbs, J. / Tews, I.

履歴

登録	2025年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qxw.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qxw.ent.gz	73.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qxw_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qxw_full_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示
XML形式データ	9qxw_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	9qxw_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/9qxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/9qxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin I

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.97, 58.97, 152.55
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin I / Thaumatin-1 分子量: 22155.980 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-206 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 % / 解説: Bipyramidal
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: Thaumatin from Thaumatococcus danielii (T7639, Sigma-Aldrich) was dissolved in milliQ water to a final concentration of 50 mg/mL. Thaumatin solution was mixed in a 1:1 ratio with a ...詳細: Thaumatin from Thaumatococcus danielii (T7639, Sigma-Aldrich) was dissolved in milliQ water to a final concentration of 50 mg/mL. Thaumatin solution was mixed in a 1:1 ratio with a precipitant solution containing 40% (w/v) sodium potassium tartrate, 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5 in a 1 mL Eppendorf tube at 21 degrees before vortexing for 10 seconds.

結晶

マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 % / 解説: Bipyramidal

結晶化

温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: Thaumatin from Thaumatococcus danielii (T7639, Sigma-Aldrich) was dissolved in milliQ water to a final concentration of 50 mg/mL. Thaumatin solution was mixed in a 1:1 ratio with a ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年2月9日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→58.97 Å / Num. obs: 31714 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 412.89 % / B_iso Wilson estimate: 22.56 Å² / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R split: 0.115 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 265.02 % / Num. unique obs: 1541 / CC_1/2: 0.425 / CC star: 0.772 / R split: 1.701 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 28964 / Frames indexed: 35295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.68→55.064 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 7.711 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	1554	4.913 %
R_work	0.1686	30074	-
all	0.17	-	-
obs	-	31628	99.994 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.341 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.341 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.682 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→55.064 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1546	0	10	100	1656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.799	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.445	1.753	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.846	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.783	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.906	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.552	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	399
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.281	2.641	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.202	2.64	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.144	4.77	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.16	4.771	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.399	3.059	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.394	3.059	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.927	5.44	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.924	5.44	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.406	26.722	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.299	26.705	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.799	3	3160

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.68-1.724	0.339	88	0.359	2185	0.358	2274	0.937	0.918	99.956	0.36
1.724-1.771	0.386	99	0.36	2141	0.361	2240	0.917	0.924	100	0.36
1.771-1.822	0.38	123	0.35	2041	0.352	2164	0.911	0.939	100	0.346
1.822-1.878	0.335	108	0.31	1995	0.311	2103	0.944	0.951	100	0.299
1.878-1.94	0.34	99	0.283	1968	0.286	2067	0.936	0.964	100	0.265
1.94-2.008	0.323	100	0.247	1881	0.251	1981	0.945	0.969	100	0.226
2.008-2.083	0.224	92	0.219	1822	0.219	1914	0.972	0.979	100	0.191
2.083-2.168	0.214	101	0.17	1769	0.172	1870	0.965	0.986	100	0.145
2.168-2.264	0.174	82	0.157	1700	0.158	1782	0.978	0.989	100	0.132
2.264-2.375	0.177	79	0.141	1621	0.143	1700	0.981	0.99	100	0.119
2.375-2.503	0.153	83	0.135	1538	0.136	1621	0.988	0.991	100	0.117
2.503-2.655	0.221	87	0.149	1469	0.153	1556	0.968	0.986	100	0.128
2.655-2.837	0.209	62	0.154	1410	0.156	1472	0.97	0.986	100	0.134
2.837-3.064	0.179	73	0.134	1287	0.137	1360	0.984	0.99	100	0.121
3.064-3.355	0.161	62	0.132	1204	0.133	1266	0.982	0.99	100	0.12
3.355-3.75	0.118	51	0.119	1110	0.119	1161	0.99	0.992	100	0.112
3.75-4.326	0.123	67	0.114	968	0.114	1035	0.989	0.992	100	0.113
4.326-5.291	0.134	44	0.128	859	0.128	903	0.989	0.992	100	0.129
5.291-7.448	0.183	34	0.18	679	0.18	714	0.983	0.984	99.8599	0.179
7.448-55.064	0.23	20	0.18	427	0.181	447	0.981	0.981	100	0.201

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)