PDB-9qw3: Crystal structure of human lung surfactant protein D trimeric fra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qw3

タイトル

Crystal structure of human lung surfactant protein D trimeric fragment with bound synthetic HepIII-HepII-HepI ligand

要素

Pulmonary surfactant-associated protein D

キーワード

SURFACTANT PROTEIN / Trimeric recombinant collectin fragment / neck+CRD / alpha-helical coiled-coil / carbohydrate recognition domain / lectin / sugar binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Shrive, A.K. / Greenhough, T.J. / Williams, H.M.

資金援助

英国,

アイルランド, 4件

組織	認可番号	国
Diamond Light Source	MX14692	英国
Diamond Light Source	MX19880	英国
Science Foundation Ireland	09/IN.1/B2067	アイルランド
Science Foundation Ireland	13/IA/1959	アイルランド

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2026
タイトル: Phosphorylation of inner core heptose is a major determinant of bacterial surface lipopolysaccharide recognition by the innate immune protein hSP-D.
著者: Williams, H.M. / Watson, A. / Madsen, J. / Clark, H.W. / Hood, D.W. / Oscarson, S. / Greenhough, T.J. / Shrive, A.K.

履歴

登録	2025年4月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2026年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qw3.cif.gz	118.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qw3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/9qw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/9qw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qvuC 9qw2C 9qw4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.21252/bnzw-6034 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (3) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (7) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (3)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (8)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (7)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (8)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pulmonary surfactant-associated protein D

B: Pulmonary surfactant-associated protein D

C: Pulmonary surfactant-associated protein D

ヘテロ分子

57.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.240, 107.560, 55.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Pulmonary surfactant-associated protein D / SP-D / Collectin-7 / Lung surfactant protein D

分子量: 18834.957 Da / 分子数: 3 / 断片: Trimeric neck + carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal fragment aa 179-355 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFTPD, COLEC7, PSPD, SFTP4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35247

#2: 多糖

L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 402.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LDmanHep1-3LDmanHep1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a11221h-1a_1-5]/1-1/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION

分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-A1JBO / ~{N}-[4-[2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyethyl]phenyl]-2,2,2-tris(fluoranyl)ethanamide

分子量: 617.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄F₃NO₁₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16% PEG 4000 and 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→55.55 Å / Num. obs: 79745 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3899 / CC_1/2: 0.752 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→55.295 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.512 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	4242	5.322 %
R_work	0.1765	75462	-
all	0.178	-	-
obs	-	79704	98.758 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.024 Å²	0 Å²	-0.023 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→55.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	78	371	3823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.668	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.47	1.6	7538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.878	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.301	24.918	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.335	15	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.854	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.179	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.907	1.978	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.903	1.977	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.789	2.957	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.79	2.958	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.068	2.399	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.067	2.399	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.726	3.453	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.725	3.455	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.876	24.994	4115
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.736	24.516	4031

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.672	0.254	281	0.234	5539	X-RAY DIFFRACTION	98.1119
1.672-1.718	0.252	280	0.227	5410	X-RAY DIFFRACTION	98.0021
1.718-1.768	0.249	268	0.215	5250	X-RAY DIFFRACTION	97.9585
1.768-1.822	0.222	225	0.194	5172	X-RAY DIFFRACTION	98.5034
1.822-1.882	0.227	213	0.189	5019	X-RAY DIFFRACTION	98.3643
1.882-1.948	0.209	247	0.179	4854	X-RAY DIFFRACTION	98.9525
1.948-2.022	0.201	287	0.178	4619	X-RAY DIFFRACTION	98.9312
2.022-2.104	0.205	306	0.177	4411	X-RAY DIFFRACTION	99.2217
2.104-2.198	0.185	283	0.166	4296	X-RAY DIFFRACTION	99.0482
2.198-2.305	0.207	210	0.173	4152	X-RAY DIFFRACTION	99.2943
2.305-2.43	0.198	252	0.156	3855	X-RAY DIFFRACTION	99.1071
2.43-2.577	0.187	205	0.162	3699	X-RAY DIFFRACTION	99.3131
2.577-2.755	0.198	255	0.17	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.384
2.755-2.975	0.194	197	0.167	3196	X-RAY DIFFRACTION	98.9213
2.975-3.259	0.195	157	0.175	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.285
3.259-3.643	0.183	159	0.162	2669	X-RAY DIFFRACTION	98.9157
3.643-4.206	0.198	122	0.166	2409	X-RAY DIFFRACTION	98.9445
4.206-5.149	0.168	123	0.159	2008	X-RAY DIFFRACTION	98.4296
5.149-7.274	0.216	104	0.216	1551	X-RAY DIFFRACTION	99.2206
7.274-55.295	0.187	68	0.192	860	X-RAY DIFFRACTION	97.9937

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)