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- PDB-9qvp: Crystal structure of the CtaG_H128A variant from Ruminiclostridiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qvp
タイトルCrystal structure of the CtaG_H128A variant from Ruminiclostridium cellulolyticum (P2(1)2(1)2(1)-medium)
要素Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein
キーワードLIGASE / Amide Bond Formation / Antibiotics / Biosynthesis / Carrier proteins / Enzymes / Nonribosomal Peptide Synthetases
機能・相同性Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Ruminiclostridium cellulolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gude, F. / Bohne, A. / Dell, M. / Franke, J. / Dunbar, K.L. / Groll, M. / Hertweck, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Chem / 年: 2026
タイトル: Distal peptide elongation by a protease-like ligase and two distinct carrier proteins.
著者: Gude, F. / Bohne, A. / Dell, M. / Franke, J. / Dunbar, K.L. / Groll, M. / Hertweck, C.
履歴
登録2025年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein
B: Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2502
ポリマ－74,2502
非ポリマー00
水97354
1
A: Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1251
ポリマ－37,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1251
ポリマ－37,1251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.150, 100.140, 100.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Butirosin biosynthesis protein H N-terminal domain-containing protein


分子量: 37124.754 Da / 分子数: 2 / 変異: H128A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium cellulolyticum (バクテリア)
遺伝子: Ccel_3254 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8I0Y7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 25% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 35280 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4535 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 14.271 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 1763 5 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2041 33504 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.91 Å2 / Biso mean: 38.711 Å2 / Biso min: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20 Å2-0 Å2
2---2.88 Å2-0 Å2
3---2.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5108 0 0 54 5162
Biso mean---37.61 -
残基数----612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0135226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.6367046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1081.57410783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1215610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62424.249313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09815949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4781520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.38839849
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 130 -
Rwork0.268 2472 -
all-2602 -
obs--98.41 %
精密化 TLS

T22: 0.0312 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00180.0002-0.00120-0.00010.00120.0006-0.0011-0.0008-0-0.0009-0.00010.0008-0.00120.00030.0057-0.0006-0.00110.00040.000512.22433.482223.9408
20.0089-0.00260.00340.0124-0.00540.00310.001-0.0006-0.0003-0.00540.00040.00390.00220.002-0.00130.0028-0.0009-0.0014-0.00070.0015-16.71312.99532.4729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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