PDB-9quu: Triosephosphate isomerase of Rhodococcus sp. JG-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9quu

タイトル

Triosephosphate isomerase of Rhodococcus sp. JG-3

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / psychrophile / eurypsychrophile / triosephosphate / cold-active

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus sp. JG-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Nowak, J.S. / Olesen, S. / Baerentsen, R.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2025
タイトル: Role of electrostatics in cold adaptation: A comparative study of eury- and stenopsychrophilic triose phosphate isomerase.
著者: Nowak, J.S. / Olesen, S. / Tian, P. / Baerentsen, R.L. / Brodersen, D.E. / Otzen, D.E.

履歴

登録	2025年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9quu.cif.gz	250.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9quu.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9quu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9quu_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9quu_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	9quu_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	9quu_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/9quu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/9quu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qusC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Elutes as homodimer from Superdex 200 10/300 GL Inc

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.102, 86.102, 152.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / TPI / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27223.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus sp. JG-3 (バクテリア) 遺伝子: tpiA, EOP29_15510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A520EUU7, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 17% (w/v) PEG 10,000 100 mM Bis-Tris/ Hydrochloric acid pH 5.5 100 mM Ammonium acetat

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→47.62 Å / Num. obs: 69600 / % possible obs: 87.09 % / 冗長度: 20.3 % / B_iso Wilson estimate: 38.95 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.0869 / R_rim(I) all: 0.08876 / Net I/σ(I): 22.55
反射シェル	解像度: 1.63→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.09 / Num. unique obs: 9619 / CC_1/2: 0.0257 / CC star: 0.224 / R_rim(I) all: 9.223 / % possible all: 2.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→47.62 Å / SU ML: 0.2816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.5337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	1803	2.88 %
R_work	0.1942	60757	-
obs	0.1947	62560	87.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3765	0	10	328	4103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7327	5186
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	673
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.7663	1368

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.68	0.9782	3	0.9791	143	X-RAY DIFFRACTION	2.69
1.68-1.73	0.6816	68	0.6706	2091	X-RAY DIFFRACTION	39.91
1.73-1.78	0.5231	138	0.5241	4630	X-RAY DIFFRACTION	87.45
1.78-1.85	0.4243	156	0.4003	5286	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.85-1.92	0.3364	156	0.2961	5298	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.92-2.01	0.3016	158	0.2297	5293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.11	0.2395	157	0.2087	5333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.25	0.2084	158	0.2028	5342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.42	0.2119	158	0.1934	5339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.66	0.217	159	0.1887	5370	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.66-3.05	0.2065	160	0.2009	5420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.84	0.1982	163	0.1788	5482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-47.62	0.1689	169	0.1408	5730	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.86967430127	0.846809436799	1.56212328193	3.03564474963	0.982239700011	1.30031425124	-0.071328616454	0.00746926972157	0.0287700316611	0.13567529564	0.0720403464898	-0.194389454535	-0.091246858721	0.228992711609	-0.00306763861777	0.338532971027	0.0399013636005	-0.0441845813691	0.313337068541	0.00646109197314	0.195158057618	3.37147268799	-28.0827107576	-4.98895773985
2	8.07779668219	2.59760741717	3.24874703077	2.69107244133	1.36681163298	3.40020577275	-0.165311508374	0.372648414409	0.077177752101	-0.0744828075446	0.218450236752	-0.24689618471	-0.166317532777	0.446418303521	-0.0463823953619	0.261038071353	0.0185239997933	0.0239160254081	0.266274729481	0.018105584405	0.209893461832	1.05709603101	-26.3344358117	-13.3894875703
3	3.40946786524	-0.953872933652	-0.121933949069	2.80522076537	0.0157530306629	1.67659642663	-0.0165375747515	0.290728069068	-0.543868113446	0.00481733091809	0.141728342469	-0.37666271652	0.466895523498	0.5107324959	-0.0947052667299	0.355213138587	0.0983649428612	-0.0408266942482	0.431140024842	-0.144740338081	0.392850645604	6.81878617534	-42.4745605371	-18.9373357756
4	4.27991954035	-1.03851114386	3.6538328518	3.88094852455	-4.24103157443	6.98894227424	-0.253912067311	0.181468410218	-0.42653769731	-0.327629865868	-0.190667170221	-1.0854991338	0.75108922477	0.98698833904	0.455009869123	0.449644476135	0.178930870849	0.0506284308181	0.737710902694	-0.177870657824	0.909611174261	20.7626225826	-44.1105660489	-20.2937029715
5	4.2394124374	-0.432881782701	-1.65318268898	2.65488784323	0.934286464741	5.68496825494	-0.0660944538867	-0.0573710280465	-0.100985013839	0.258922535397	0.172858254329	-0.724207099359	0.0217289203463	0.894774724444	-0.0902521099805	0.326492611242	0.090244306189	-0.120641698364	0.522492709137	-0.0605366846185	0.493137336973	15.9769310227	-34.7585641596	-8.008542416
6	4.70522727763	4.31384937111	0.0275875750541	4.87470521056	-0.978282409532	1.18393417882	0.141745912443	0.093953432113	0.537431403329	0.199267554074	0.0570184461997	0.632176896721	-0.113598894201	-0.0638330696934	-0.197539747913	0.315737603287	0.023227347556	-0.0147405577591	0.186703580363	-0.000347267655993	0.260409692375	-25.3578150999	-31.6567755094	-19.2724897207
7	1.75051448173	-2.52207295443	0.812615205482	3.84891408071	-0.66887341181	5.44891122567	0.0865082827767	0.676210057524	0.842647530078	-0.0548882101454	-0.135928844552	0.321907767149	-0.560046637048	0.0427101351485	-0.00884288488949	0.409619193809	-0.00327783819422	-0.0524731119432	0.284344997162	0.0177116769177	0.328958953774	-20.9368725588	-18.8052874643	-21.0747040442
8	9.08917641655	0.667761076244	1.67556875441	2.30054007721	0.715651262425	2.75322571111	-0.176634157666	-0.624059729297	0.464669666964	0.127209969014	-0.0663312197027	0.571727055402	-0.189230718717	-0.247144158923	0.255008816089	0.367894750437	0.042831964103	-0.00348088977668	0.212574470219	-0.0231005287553	0.318397816892	-25.1331300637	-23.9206535142	-14.0070525592
9	7.98124704174	-1.49938495331	1.91738336591	2.65075768313	0.188134542709	2.7411166631	-0.18557063384	-0.379485870548	-0.142395469118	0.519936385537	0.193201847207	-0.00956460409628	-0.00619531490161	0.000938044612534	-0.0179894870298	0.330000480216	-0.020039535476	0.0311881505847	0.222070276361	0.000266260381965	0.150664982363	-15.3589342436	-33.7576355143	-9.47769948118
10	2.07677269331	0.743161488941	1.18552336938	2.66186992626	1.19763257495	1.89082680474	0.115235867608	-0.0273442008906	-0.254727522969	0.303142407811	-0.0356919829172	0.224390728658	0.416541172288	-0.00352652004452	-0.0706412226672	0.334553383413	0.000863279286948	0.0265071190873	0.229372879854	0.0129702000156	0.322225585708	-24.157411936	-45.4843349907	-16.1305711263
11	5.82002500156	-0.794847822161	2.98592967851	0.729710328331	-1.11131677653	2.42423880866	-0.172373267567	-0.15880656009	-0.365431925596	-0.0473192357941	-0.374643514308	0.480879517521	0.955433091531	-0.525631068668	0.525749823163	0.442786741742	-0.0358513317047	0.103554048283	0.293077729164	-0.0734567313522	0.653403658844	-37.8746868483	-49.3584212796	-16.972550594
12	4.13185633928	1.05917800533	-0.237416744967	7.83258080765	-4.92027234418	6.29966720029	0.763134245683	-0.655047876745	0.244909763601	1.14130652976	0.174519937339	1.22236053494	-0.597615350864	0.186825682983	-0.947297819281	0.364187672723	-0.0417284487934	0.13574933357	0.272489928166	-0.0141814321703	0.446223671983	-36.3369748551	-43.3099377491	-11.2940639406
13	5.37301016639	3.70834644844	-3.64431995405	6.13258356182	-4.77211436579	6.22100776842	0.0956356779368	0.261796406998	0.287271706751	-0.625026238999	0.358304342057	0.827506045914	-0.00615241372046	-0.460808786586	-0.43377311834	0.424085064308	0.0433361090059	-0.0466345541559	0.281908729172	-0.0296239222874	0.537280312516	-37.4695583777	-36.7685598256	-25.4543325487
14	5.16855272994	3.49801881432	-2.8237088383	8.57345273987	0.480661704581	5.42064081553	-0.169531264181	0.452920775453	0.498841236366	-0.657558658861	0.0312469768053	0.556664476582	-0.239526173574	-0.246865592543	0.16437032504	0.337744336137	0.0467131496879	-0.0697599087364	0.270325494624	-0.00577058953187	0.364088972735	-30.665157931	-28.1261716885	-24.7285393178

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 30 )	A	A	2 - 30	1 - 29
2	2	chain 'A' and (resid 31 through 84 )	A	A	31 - 84	30 - 83
3	3	chain 'A' and (resid 85 through 184 )	A	A	85 - 184	84 - 183
4	4	chain 'A' and (resid 185 through 203 )	A	A	185 - 203	184 - 202
5	5	chain 'A' and (resid 204 through 259 )	A	A	204 - 259	203 - 258
6	6	chain 'B' and (resid 2 through 16 )	B	C	2 - 16	1 - 15
7	7	chain 'B' and (resid 17 through 30 )	B	C	17 - 30	16 - 29
8	8	chain 'B' and (resid 31 through 59 )	B	C	31 - 59	30 - 58
9	9	chain 'B' and (resid 60 through 84 )	B	C	60 - 84	59 - 83
10	10	chain 'B' and (resid 85 through 184 )	B	C	85 - 184	84 - 183
11	11	chain 'B' and (resid 185 through 202 )	B	C	185 - 202	184 - 201
12	12	chain 'B' and (resid 203 through 216 )	B	C	203 - 216	202 - 215
13	13	chain 'B' and (resid 217 through 234 )	B	C	217 - 234	216 - 233
14	14	chain 'B' and (resid 235 through 257 )	B	C	235 - 257	234 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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