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万見
- PDB-9qtb: Apo form of the L protein from Rift Valley Fever Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qtb
タイトルApo form of the L protein from Rift Valley Fever Virus
要素RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / Rift Valley Fever Virus / RNA dependent RNA polymerase / L-protein / Replication / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, phlebovirus / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kral, M. / Das, A.R. / Kotacka, T. / Blahosova, A. / Hodek, J. / Konvalinka, J. / Demo, G. / Kozisek, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)LX22NPO5103European Union
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2025
タイトル: Targeting the Rift Valley Fever Virus Polymerase: Resistance Mechanisms and Structural Insights.
著者: Michal Král' / Amiyaranjan Das / Tomáš Kotačka / Anna Blahošová / Veronika Liščáková / Jan Hodek / Jan Konvalinka / Gabriel Demo / Milan Kožíšek /
要旨: Rift Valley fever virus (RVFV) is an arbovirus from the family that can cause severe disease in humans and livestock, with outbreaks resulting in substantial economic losses. Despite the ...Rift Valley fever virus (RVFV) is an arbovirus from the family that can cause severe disease in humans and livestock, with outbreaks resulting in substantial economic losses. Despite the availability of attenuated vaccines for animals, there is no approved preventive or therapeutic agent for human RVFV infections. Moreover, the safety and efficacy of the current veterinary vaccines remain uncertain. The RVFV L protein, a 250 kDa polymerase, plays a key role in viral replication and transcription, containing endonuclease, RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), and cap-binding domains. Structurally conserved across related viruses and functionally analogous to the influenza virus polymerase, the L protein is a compelling antiviral target. In our study, we screened a library of polymerase inhibitors and identified several compounds with inhibitory activity against the RVFV polymerase. We validated their effect using both live virus assays and a minigenome luciferase reporter system. Resistance mutants were generated, and key mutations conferring resistance to the inhibitors were identified and characterized. Some of these key mutations were structurally analyzed via cryo-electron microscopy, using a new structure of the apo form of wild-type RVFV L protein resolved at 3.5 Å. This structure provides critical insights into how the mutations can influence inhibitor binding and RVFV polymerase function. These findings provide insight into how these mutations may confer resistance by affecting inhibitor binding and polymerase activity.
履歴
登録2025年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase L


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,3231
ポリマ－241,3231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 241322.812 Da / 分子数: 1 / 変異: D103A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift valley fever virus (STRAIN ZH-548 M12) (リフトバレー熱ウイルス)
株: ZH-548
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: A2SZS1, RNA-directed RNA polymerase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rift Valley Fever Virus L-protein (LPapo) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.243 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rift valley fever virus (STRAIN ZH-548 M12) (リフトバレー熱ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMTris-hydrochlorideTris-HCl1
2250 mMSodium ChlorideNaCl1
32 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: the grid was glow discharged for 45 seconds at 40W power and 5W range using a Gatan Solaris II
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9046

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2403715
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185424 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17EEI

7eei

A7EEIA1PDBexperimental model
2AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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