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- PDB-9qr8: Gliadin degrading prolyl endopeptidase Celiacase (neprosin C334V) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qr8
タイトルGliadin degrading prolyl endopeptidase Celiacase (neprosin C334V)
要素Protein neprosin
キーワードHYDROLASE / protease / prolyl endopeptidase / glutamate-class
機能・相同性
機能・相同性情報


prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Neprosin / Neprosin activation peptide / : / Neprosin / Neprosin activation peptide / Neprosin prolyl endopeptidase (PEP) catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Protein neprosin
類似検索 - 構成要素
生物種Nepenthes alata x Nepenthes ventricosa (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Celiacase at 1.90 Angstroms resolution
著者: Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular and in vivo studies of a glutamate-class prolyl-endopeptidase for coeliac disease therapy.
履歴
登録2025年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein neprosin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,36414
ポリマ－40,5481
非ポリマー1,81713
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.010, 39.580, 64.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein neprosin / Npr1 / Prolyl endopeptidase


分子量: 40547.816 Da / 分子数: 1 / 変異: C334V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nepenthes alata x Nepenthes ventricosa (植物)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C0HLV2, prolyl oligopeptidase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 196分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium sulphate, 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5) and 22% polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.44 Å / Num. obs: 21884 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.158 / Num. unique obs: 21336 / Rrim(I) all: 0.186

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→61.44 Å / SU ML: 0.3233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.6289
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 529 2.42 %
Rwork0.2097 21336 -
obs0.2108 21865 96.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 0 116 185 2280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90152935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6434731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.090.36121250.31124769X-RAY DIFFRACTION87.13
2.09-2.390.33411420.26655419X-RAY DIFFRACTION99.11
2.39-3.020.30071370.23425501X-RAY DIFFRACTION99.45
3.02-61.440.19361250.16775647X-RAY DIFFRACTION99.62
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.71458246424 Å / Origin y: 7.45628834245 Å / Origin z: 20.2196657679 Å
111213212223313233
T0.299521213146 Å20.00281047525902 Å20.0241514828899 Å2-0.256018631796 Å20.0100234881592 Å2--0.262123972232 Å2
L1.03164913994 °20.0196474818213 °20.384135578466 °2-0.610650239447 °2-0.0716605454734 °2--1.20291373815 °2
S-0.00585786933834 Å °-0.00114998797717 Å °0.0172887564484 Å °-0.0347072629903 Å °0.0382909854671 Å °0.056699023248 Å °-0.0655105208806 Å °-0.100391918375 Å °-0.000473767378571 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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