[日本語] English
万見
- PDB-9qpf: Solution structure of Sox2 DBD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qpf
タイトルSolution structure of Sox2 DBD
要素Transcription factor SOX-2
キーワードTRANSCRIPTION / HMG / DNA-binding / Pioneer Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal cell fate specification / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation ...glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal cell fate specification / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / Specification of the neural plate border / pituitary gland development / positive regulation of cell-cell adhesion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / Transcriptional Regulation by MECP2 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / neuronal stem cell population maintenance / Germ layer formation at gastrulation / eye development / tissue regeneration / response to growth factor / miRNA binding / negative regulation of neuron differentiation / forebrain development / inner ear development / somatic stem cell population maintenance / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brain development / response to wounding / neuron differentiation / osteoblast differentiation / chromatin organization / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SOX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Orsetti, A. / van Ingen, H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)OCENW.M.21.138 オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of Sox2 DBD reveals conformational Selection in DNA Binding
著者: Orsetti, A. / Slejfer, J. / Ha, S. / Kevelam, D. / Tekkelenburg, J. / Schellevis, R. / Cojocaru, V. / van Ingen, H.
履歴
登録2025年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription factor SOX-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7721
ポリマ－11,7721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, NOESYs, NMR Distance Restraints, 15N-RDCs
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor SOX-2


分子量: 11771.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48431
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic43D 1H-13C NOESY
143anisotropic32D 1H-15N HSQC
151isotropic22D 1H-15N HSQC
161isotropic33D HN(CA)CB

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2OSample 190% H2O/10% D2O
solution30.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 5 % v/v pentaethylene glycol monodecyl/n-Hexanol, 90% H2O/10% D2OSample 290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMSox2-DBD[U-13C; U-15N]1
135 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
15 mMsodium chloridenatural abundance1
0.01 % v/vsodium azidenatural abundance1
0.25 mMSox2-DBD[U-13C; U-15N]3
135 mMpotassium chloridenatural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
15 mMsodium chloridenatural abundance3
0.01 % v/vsodium azidenatural abundance3
5 % v/vpentaethylene glycol monodecyl/n-Hexanolnatural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Condition 1 / pH: 7.3 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO12001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8504

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leechemical shift assignment
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leepeak picking
PokyManthey, Tonelli, Clos II, Rahimi, Markley and Leeデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る