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- PDB-9qmt: Arabidopsis thaliana 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qmt
タイトルArabidopsis thaliana 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Mesotrione (Mn)
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Phenylalanine catabolism / Tyrosine catabolism / Iron / Metal-binding / 4-hydroxyphenylpyruvate / homogentisic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin E biosynthetic process / plastoquinone biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / carotenoid biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / chloroplast / iron ion binding / mitochondrion ...vitamin E biosynthetic process / plastoquinone biosynthetic process / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / carotenoid biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / chloroplast / iron ion binding / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-92L / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, サウジアラビア, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001892/1 英国
Saudi Ministry of EducationDM8000S4747 サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis thaliana 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Mesotrione (Mn)
著者: Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.
履歴
登録2025年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8594
ポリマ－45,3431
非ポリマー5163
水2,360131
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7198
ポリマ－90,6862
非ポリマー1,0336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area29290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.635, 83.628, 61.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase / 4HPPD / HPD / HPPDase


分子量: 45342.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Missing residues were unstructured
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HPD, PDS1, At1g06570, F12K11.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P93836, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-92L / 2-[(4-methylsulfonyl-2-nitro-phenyl)-oxidanyl-methylidene]cyclohexane-1,3-dione / Mesotrione


分子量: 339.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13NO7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Morpheus G12 0.1 M Carboxylic acids 0.1 M Buffer System 3 8.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.98 Å / Num. obs: 25531 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 31.093 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.562 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1871 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 0.635 / Rrim(I) all: 1.689 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→34.39 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 1220 4.79 %
Rwork0.1868 --
obs0.1882 25450 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 32 131 3084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.191137
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.35051120.28322620X-RAY DIFFRACTION96
2.08-2.170.27631340.25652667X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.290.30581270.23832657X-RAY DIFFRACTION98
2.29-2.430.26291350.21962670X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.620.24151440.21242725X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.880.20121280.19232736X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.30.21311520.17792714X-RAY DIFFRACTION100
3.3-4.160.19491330.162710X-RAY DIFFRACTION99
4.16-34.390.18271550.1652731X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5646-0.09990.8751.9830.02911.84430.02580.02170.02410.2193-0.0288-0.4323-0.01960.28410.01340.1816-0.0123-0.00990.2583-0.00460.408215.4993-4.30289.6368
26.6302-6.9192-3.03888.67512.60012.1033-0.1392-0.36650.09480.2510.2133-0.01570.12810.0433-0.07610.6052-0.1901-0.05390.7359-0.1330.632212.9767-2.180322.7443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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