PDB-9qmj: Pseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qmj

タイトル

Pseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Mesotrione (Mn)

要素

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Phenylalanine catabolism / Tyrosine catabolism / Iron / Metal-binding / 4-hydroxyphenylpyruvate / homogentisic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Farcas, I.M. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

資金援助

英国,

サウジアラビア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Mesotrione (Mn)
著者: Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Farcas, I.M. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2025年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2026年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qmj.cif.gz	297.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qmj.ent.gz	239 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/9qmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/9qmj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

81.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
164 kDa, 4 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	6_445	-x-1/2,-y-1/2,z+1/2	1
crystal symmetry operation	8_545	x+1/2,-y-1/2,-z	1

2

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	3_454	-x-1,y,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	6_444	-x-1/2,-y-1/2,z-1/2	1
crystal symmetry operation	8_445	x-1/2,-y-1/2,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.867, 169.756, 78.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-868- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase 分子量: 40473.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Missing residues were unstructured / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hppD, BL240_15045, IR015_07290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: A0A1L5PRA6, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-92L / 2-[(4-methylsulfonyl-2-nitro-phenyl)-oxidanyl-methylidene]cyclohexane-1,3-dione / Mesotrione 分子量: 339.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃NO₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus A6 0.06 M Divalents 0.1 M Buffer System 2 7.5 30 % v/v Precipitant Mix 2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→56.18 Å / Num. obs: 79020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4488 / CC_1/2: 0.816 / R_pim(I) all: 0.49 / R_rim(I) all: 1.61 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21.2_5419: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→56.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	3947	5.02 %
R_work	0.2061	-	-
obs	0.2078	78553	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5316	0	55	730	6101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.343	2113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	771
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	995

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.4012	146	0.3694	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
1.92-1.95	0.3333	134	0.3473	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.97	0.3525	144	0.3283	2615	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2	0.3631	141	0.3091	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.03	0.3217	145	0.2881	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.06	0.3482	151	0.2772	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.09	0.282	157	0.2631	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.13	0.2928	142	0.2538	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3035	146	0.2405	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2	0.2731	144	0.2395	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.24	0.2306	126	0.242	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.29	0.2779	124	0.219	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.34	0.255	135	0.221	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.39	0.3149	148	0.2203	2531	X-RAY DIFFRACTION	96
2.39-2.45	0.255	157	0.2104	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.52	0.2453	144	0.2106	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.59	0.2378	141	0.2022	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.68	0.2459	132	0.2106	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.68-2.77	0.2585	142	0.2053	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.77-2.88	0.2298	143	0.201	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.02	0.2452	127	0.1958	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.17	0.2343	137	0.1941	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.37	0.2205	154	0.1862	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.63	0.203	147	0.183	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4	0.1709	117	0.1677	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
4-4.58	0.1789	141	0.1563	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
4.58-5.77	0.1891	132	0.1695	2761	X-RAY DIFFRACTION	99
5.77-56.17	0.2567	150	0.2132	2819	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.279	-0.7351	0.1461	1.0187	-0.3112	0.8691	-0.0047	-0.0997	-0.0429	0.0753	0.0085	0.1687	-0.0425	-0.033	-0.0093	0.2317	-0.0237	0.0247	0.2191	0.0144	0.4255	-26.3272	-24.8558	17.1413
2	1.6847	0.9697	0.0407	1.4192	0.2411	0.9133	0.0067	0.0981	-0.0589	-0.0255	-0.0162	-0.1214	-0.054	0.0078	0.0131	0.2065	0.0219	-0.0351	0.2102	0.0001	0.3199	-48.525	-18.0796	-17.262
3	7.9825	-0.6816	5.6821	5.0649	-1.5129	4.2555	0.0653	-0.1487	-0.3627	-0.052	0.1562	0.3106	0.1711	-0.3276	-0.2177	0.2766	0.0253	0.0008	0.4404	-0.0314	0.4714	-38.7443	-24.7595	18.2431
4	9.5032	4.276	4.5742	6.2271	5.5662	6.2501	-0.1283	0.1073	-0.0671	-0.01	0.0754	-0.1393	-0.0313	0.1969	-0	0.2964	-0.0831	-0.147	0.3074	-0.0188	0.4345	-36.1827	-18.0164	-18.3226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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