[日本語] English
万見
- PDB-9qmh: Pseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qmh
タイトルPseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Trinexapac-ethyl (Mn)
要素4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dioxygenase / Phenylalanine catabolism / Tyrosine catabolism / Iron / Metal-binding / 4-hydroxyphenylpyruvate / homogentisic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, HPPD, N-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, C-terminal / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, N-terminal / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Farcas, I.M. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, サウジアラビア, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V001892/1 英国
Saudi Ministry of EducationDM8000S4747 サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas putida 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase in complex with Trinexapac-ethyl (Mn)
著者: Alshref, F.M. / Dhingra, S. / Farcas, I.M. / Brewitz, L. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.
履歴
登録2025年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7567
ポリマ－80,9482
非ポリマー8095
水11,169620
1
A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,51314
ポリマ－161,8954
非ポリマー1,61710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z1
2
B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

B: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,51314
ポリマ－161,8954
非ポリマー1,61710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation6_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.029, 170.128, 78.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-786-

HOH

21A-795-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase


分子量: 40473.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Missing residues were unstructured / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hppD, BL240_15045, IR015_07290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: A0A1L5PRA6, 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-A1I7J / Trinexapac-ethyl / ethyl 4-[cyclopropyl(oxidanyl)methylidene]-3,5-bis(oxidanylidene)cyclohexane-1-carboxylate / Ethyl 4-(cyclopropyl(hydroxy)methylene)-3,5-dioxocyclohexanecarboxylate


分子量: 252.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus A2 0.06 M Divalents 0.1 M Buffer System 1 6.5 30 % v/v Precipitant Mix 2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.03 Å / Num. obs: 57965 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.043 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4457 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.373 / Rrim(I) all: 1.11 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→57.49 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 2913 5.06 %
Rwork0.2404 --
obs0.2417 57587 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→57.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 51 620 5975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.529
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4012126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.39071320.33542576X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.170.32241320.31752575X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.210.31841520.30212560X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.250.32871600.3042567X-RAY DIFFRACTION99
2.25-2.30.32491280.29962605X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.350.35761310.28872565X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.40.34221370.27392599X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.460.28481330.2622579X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.530.26641370.27492506X-RAY DIFFRACTION96
2.53-2.60.33091270.25912583X-RAY DIFFRACTION98
2.6-2.690.31861560.25442595X-RAY DIFFRACTION99
2.69-2.780.27421530.23932563X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.90.29061330.23142598X-RAY DIFFRACTION99
2.9-3.030.26241400.25212614X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.190.26661390.23852615X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.390.25991270.22562646X-RAY DIFFRACTION99
3.39-3.650.22691300.2212635X-RAY DIFFRACTION100
3.65-4.020.22011420.2062637X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.60.21771460.19762655X-RAY DIFFRACTION99
4.6-5.790.23081440.21192628X-RAY DIFFRACTION98
5.79-57.490.27131340.24612773X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9675-0.9797-0.3071.41230.30020.9680.0396-0.13370.07020.0684-0.047-0.19330.02610.0146-0.00850.2571-0.0467-0.02530.2712-0.00610.459926.203218.188517.1346
21.18630.9677-0.23161.3144-0.33561.0250.02940.07260.0883-0.083-0.00810.29860.0231-0.0394-0.01650.26420.03950.03240.24560.01970.479148.278324.7898-17.0305
31.35310.3748-0.2192.4892-1.95542.209-0.0046-0.61860.4523-0.0060.2595-0.95250.04170.9617-0.26990.80010.31660.23730.6519-0.02180.973438.722317.635119.5549
41.5566-0.8686-2.53334.12824.61216.93080.01670.3840.35810.13690.23631.07430.0437-0.908-0.23540.7999-0.28740.13640.713-0.07640.931235.902524.1351-19.4237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る