PDB-9qm5: Krypton-pressurized Methyl-Coenzyme M reductase of an ANME-2c iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qm5

タイトル

Krypton-pressurized Methyl-Coenzyme M reductase of an ANME-2c isolated from a microbial enrichment

要素

Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

キーワード

TRANSFERASE / methanotrophy / anaerobic methanotrophic archaea / methane oxidation / methyl-coenzyme M reductase / MCR / ANME / reverse methanogenesis / nickel-dependent enzyme / coenzyme M / coenzyme B / F430 cofactor / krypton

機能・相同性

1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / KRYPTON / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Coenzyme B

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mueller, M.-C. / Wagner, T.

資金援助

European Union,

ドイツ,

オランダ, 5件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	101125699	European Union
German Research Foundation (DFG)	WA 4053/1-1	ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	VI.Vidi.223.012	オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	024.002.002	オランダ
Max Planck Society		ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic resolution structures of key enzyme MCR in anaerobic methanotrophy reveal novel and extensive post-translational modifications.
著者: Mueller, M.-C. / Wissink, M. / Mukherjee, P. / Von Possel, N. / Laso-Perez, R. / Engilberge, S. / Carpentier, P. / Kahnt, J. / Wegener, G. / Welte, C.U. / Wagner, T.

履歴

登録	2025年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qm5.cif.gz	2.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qm5.ent.gz	2.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9qm5_validation.pdf.gz	15.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qm5_full_validation.pdf.gz	15.6 MB	表示
XML形式データ	9qm5_validation.xml.gz	249.4 KB	表示
CIF形式データ	9qm5_validation.cif.gz	339.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/9qm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/9qm5	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#179 - 2014年11月メチル補酵素M還元酵素 (Methyl-coenzyme M Reductase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

B: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

C: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

D: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

E: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

F: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

G: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

H: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

I: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

J: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

K: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

L: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

ヘテロ分子

563 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

B: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

C: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

D: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

E: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

F: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
281 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

H: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

I: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

J: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

K: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

L: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
282 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	153.478, 153.673, 212.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質	Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c 分子量: 61795.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然詳細: Seven post-translational modifications exist: N1-methylhistidine 266 5(S)-methylarginine 280 2(S)-methylglutamine 410 6-hydroxytryptophane 437 Thioglycine 455 Didehydroaspartate 460 S-methylcysteine 462 由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌) 細胞株: / / Variant: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質	Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c 分子量: 46238.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質	Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c 分子量: 29393.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 13種, 4403分子

#4: 化合物	... ChemComp-KR / KRYPTON 分子量: 83.798 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Kr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン分子量: 343.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂NO₇PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-F43 / FACTOR 430 分子量: 906.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₁N₆NiO₁₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#12: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#13: 化合物	ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸分子量: 142.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#15: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#16: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 % / 解説: Diamond-shaped thick yellow plates
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallization was carried out on a Clover junior plate using a crystallization solution containing 30% v/v polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM magnesium chloride. ...詳細: Crystallization was carried out on a Clover junior plate using a crystallization solution containing 30% v/v polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM magnesium chloride. Crystals were pressurized at 214 bars of krypton for 2 min before flash freezing in liquid nitrogen.

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 % / 解説: Diamond-shaped thick yellow plates

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallization was carried out on a Clover junior plate using a crystallization solution containing 30% v/v polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM magnesium chloride. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→59.4 Å / Num. obs: 461593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 14.2 % / R_merge(I) obs: 1.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 22707 / CC_1/2: 0.768 / R_pim(I) all: 0.646 / R_rim(I) all: 1.748 / Χ²: 1.02 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→54.3 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.97 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The model was refined with COOT (Version 0.8.9.2) and PHENIX refine. The refinement was carried out with translational-libration-screw (TLS) and with hydrogens in riding mode except on ligands.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1552	23177	5.02 %
R_work	0.1293	-	-
obs	0.1306	461298	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→54.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38292	0	658	4293	43243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	39719
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17	53859
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.667	14669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	5849
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	7091

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3095	750	0.2832	14504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.84	0.272	754	0.2507	14494	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2614	747	0.2335	14496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2442	772	0.213	14627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2347	802	0.2	14387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2215	731	0.1848	14535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2095	740	0.1698	14542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2048	797	0.1656	14500	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.1889	778	0.1561	14468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.1937	758	0.1549	14513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.1829	741	0.1459	14622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.1658	738	0.1419	14575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.1766	806	0.1379	14461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.1583	794	0.1245	14548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.1578	763	0.1232	14508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.1605	781	0.1183	14561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1591	761	0.1179	14550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1556	837	0.1161	14523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.1388	777	0.1123	14579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.1507	774	0.1173	14561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.1493	759	0.1176	14609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.1608	723	0.124	14695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.1507	801	0.1205	14577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.1496	822	0.1257	14591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.1612	794	0.1305	14663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1432	764	0.1203	14657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.1192	736	0.1038	14811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1095	754	0.0933	14832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1193	767	0.1037	14900	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-54.3	0.1552	856	0.1493	15232	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9579	-0.3909	-0.3365	0.9576	0.0602	0.9569	-0.0264	-0.0287	-0.0678	0.097	0.0193	0.1554	-0.0193	-0.1234	0.0031	0.2125	-0.014	0.0115	0.1818	0.0159	0.18	-37.964	61.8772	6.3502
2	0.2828	0.0588	0.0006	0.4292	0.0865	0.6352	-0.0245	0.0282	0.001	-0.0643	-0.002	0.0539	0.0926	-0.0728	0.0288	0.1924	-0.009	0.0048	0.18	0.011	0.2042	-40.7047	52.296	-22.7842
3	1.8584	-1.4578	-0.5343	1.8471	0.4833	0.5438	-0.0437	0.0775	-0.2165	-0.0297	-0.0309	0.3646	0.1088	-0.2203	0.0725	0.2252	-0.0536	-0.0039	0.2487	0.0075	0.2574	-59.586	49.2749	-29.4141
4	0.1801	-0.0518	-0.1272	0.8106	0.1199	1.0222	-0.0291	0.0643	-0.0077	-0.1012	0.0177	0.0842	0.0919	-0.0932	0.0138	0.2292	-0.0324	-0.0029	0.2223	0.0087	0.2036	-43.513	50.9214	-35.728
5	0.1544	0.0405	-0.0197	0.2968	-0.0117	0.2329	-0.0072	0.0151	0.0293	-0.0124	0.0195	0.0711	0.0055	-0.0605	-0.0088	0.1666	-0.0048	0.0074	0.2012	0.0127	0.2091	-49.4349	71.5035	-16.6292
6	0.4261	-0.0247	-0.5701	0.4776	0.4016	1.0257	-0.0496	-0.0384	-0.0444	0.0066	0.0496	0.0273	0.0874	0.0232	0.0109	0.2255	-0.0139	0.0084	0.2066	0.0038	0.2174	-42.504	48.7766	-14.2911
7	1.1355	0.4549	0.3996	2.5784	0.964	2.1739	-0.097	0.0045	0.1507	-0.1244	0.0642	0.0403	-0.3316	-0.0049	0.032	0.2972	-0.011	-0.0009	0.2087	0.0383	0.2721	-35.6363	110.6612	-35.3202
8	3.6045	-2.7391	-0.2898	2.3556	0.2024	0.058	-0.0244	0.0049	0.1609	-0.022	0.0199	-0.1235	-0.013	0.0061	0.004	0.258	-0.0277	0.0156	0.2714	0.0305	0.2776	-17.0525	88.9288	-43.0887
9	0.3873	-0.2889	0.4915	2.9854	-0.5065	0.6331	0.0197	0.026	0.0645	-0.0162	-0.1483	-0.4215	-0.0235	0.2394	0.1005	0.2294	-0.0162	0.0285	0.2745	0.0152	0.292	-3.0966	72.79	-41.3509
10	2.2726	0.386	0.3335	1.1835	-0.2234	0.969	-0.0126	0.0537	0.1582	-0.073	-0.0242	-0.106	-0.1396	0.0636	0.0434	0.305	-0.025	0.0292	0.2477	0.0212	0.2614	-16.2514	90.308	-52.0116
11	0.7121	-0.8173	0.3475	1.7794	0.0269	0.4579	0.0827	0.0676	0.1189	-0.227	-0.0542	-0.208	-0.0958	0.1253	-0.0232	0.279	-0.0205	0.0486	0.2806	0.0266	0.2599	-9.9687	76.1469	-51.4428
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54	0.6268	-0.0998	-0.2832	0.6456	0.0556	0.5411	0.0014	-0.1181	-0.0554	0.1304	-0.0192	0.0621	0.1287	-0.0378	0.0196	0.3101	-0.026	0.0309	0.2881	0.0475	0.2272	-34.9761	6.3835	40.6566
55	0.1477	-0.022	-0.218	0.513	-0.0754	0.5568	0.0226	-0.1078	-0.0272	0.1075	-0.032	0.0404	0.1151	-0.0316	0.006	0.2411	-0.019	0.0259	0.2738	0.0243	0.2024	-34.6038	17.2038	39.6274
56	1.4302	-0.126	0.7834	2.3969	-0.8569	3.4403	0.0348	-0.1693	-0.3604	0.0948	0.014	0.4614	0.5841	-0.5227	-0.0477	0.5144	-0.1602	0.0939	0.4652	0.0143	0.4065	-45.5984	-5.1043	34.7955
57	2.0111	-0.9888	0.8249	3.0689	-0.0406	1.203	-0.0904	-0.2082	-0.0293	0.3956	0.0016	0.0213	0.063	-0.1309	0.0791	0.3171	-0.0124	0.0328	0.377	-0.0083	0.2055	-33.0662	34.0249	52.2562
58	0.8361	-0.4438	-0.0887	1.0814	-0.0286	0.6097	0.0646	-0.271	0.0178	0.1556	-0.084	0.2859	0.0404	-0.209	0.0262	0.3006	-0.0397	0.0654	0.3884	-0.0253	0.309	-58.3298	33.9802	40.1983
59	1.6647	-0.1014	0.0326	3.2396	0.133	1.5995	-0.0281	-0.1309	-0.2564	0.0485	0.0969	0.5075	0.2302	-0.2766	-0.0589	0.3932	-0.0996	0.0695	0.3963	0.0488	0.3492	-55.6781	9.3261	44.0769
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61	0.7982	0.0605	-0.0531	0.685	0.0444	1.0472	0.0196	-0.0927	0.096	0.095	-0.0445	0.1825	-0.0896	-0.1325	0.0306	0.2418	0.0044	0.0278	0.2653	-0.0342	0.256	-48.2158	46.6613	32.1381
62	2.0825	-0.0376	0.245	0.8582	0.0458	0.9006	-0.0256	-0.2082	0.1796	0.1268	-0.0325	0.1019	-0.1626	-0.0935	0.0563	0.3057	-0.0188	0.0193	0.3303	-0.0479	0.2387	-36.6758	47.3345	43.4099
63	0.975	-0.3531	-0.1286	1.0756	0.2141	0.5154	-0.0096	-0.1974	0.0261	0.256	0.0177	-0.0813	0.0884	0.1356	-0.0078	0.2954	0.0062	-0.0107	0.3592	0.0212	0.2357	-15.1657	23.8353	44.443
64	0.6854	0.2592	0.298	0.5807	0.3154	0.8395	-0.0413	0.0813	-0.0687	-0.1857	0.0401	0.0088	0.0398	-0.0385	0.0159	0.3627	-0.0071	0.0119	0.2174	0.0093	0.2311	-28.7063	16.3307	-32.1538
65	0.2036	0.0135	0.0527	0.38	0.0702	0.4854	0.0031	0.0212	0.0002	-0.0544	-0.0176	0.0429	0.0133	-0.0787	0.0265	0.2127	-0.0104	-0.0095	0.1745	-0.0016	0.2135	-38.7114	21.6154	-7.0259
66	0.2408	0.1901	0.0599	1.0017	0.566	0.9446	-0.0279	-0.0508	0.034	-0.0459	-0.0652	0.2331	0.0176	-0.2086	0.0954	0.1895	-0.0056	0.0029	0.2281	0.0003	0.2488	-50.9518	25.3954	3.9635
67	0.1872	0.0159	0.0208	0.2935	0.1064	0.3544	-0.0091	0.0008	-0.0597	-0.0503	-0.0142	0.0584	0.0982	-0.0524	0.0256	0.264	-0.0214	0.0107	0.1963	-0.0022	0.2485	-41.7774	3.3565	-11.734
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70	1.5705	1.9471	0.5841	3.2014	0.6587	0.5164	0.0228	-0.0702	-0.249	-0.0583	-0.0118	-0.203	0.2382	0.0358	-0.0081	0.3841	0.0544	0.0174	0.2782	0.0614	0.3102	-11.6844	-6.7005	20.6894
71	0.9549	0.2426	0.0568	1.1672	-0.2166	0.6024	0.0113	-0.1454	-0.1981	0.0924	-0.0457	-0.1302	0.2144	0.0854	0.0434	0.3524	0.0542	0.0134	0.2974	0.0493	0.2868	-8.8923	-1.3861	26.9443
72	0.8593	0.5028	0.2187	0.8339	0.3398	0.6321	0.0447	-0.1103	-0.092	0.0701	-0.0347	-0.0099	0.1746	0.0048	-0.0161	0.264	0.0437	0.0175	0.2807	0.0412	0.2586	-12.743	6.1621	24.7839
73	0.3095	0.0889	0.0163	0.4515	0.201	0.7191	0.071	-0.0266	-0.1392	0.1257	-0.0058	-0.1132	0.2391	0.0356	-0.0644	0.4189	0.0224	-0.0016	0.2209	0.0321	0.3514	-21.5972	-21.0022	2.0362
74	0.0885	-0.0427	0.0321	0.4196	0.0852	0.4464	0.0127	0.0063	-0.0976	0.0225	0.0106	-0.0389	0.1739	0.0049	-0.0303	0.3421	0.0165	0.0189	0.1875	0.0065	0.3005	-22.8811	-16.7634	-7.8966
75	1.2857	0.7602	0.4168	4.4742	-0.2146	2.0987	0.0953	-0.2649	-0.3491	0.2412	0.0296	-0.5356	0.4353	0.3466	-0.1232	0.4225	0.0847	-0.0635	0.3456	0.0157	0.4278	-10.49	-18.221	14.2196
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77	0.4441	0.1817	0.0834	0.199	0.248	1.3577	0.0657	0.1955	-0.2427	-0.1286	0.0892	-0.1841	0.0938	0.3364	-0.1733	0.3831	0.0672	0.0718	0.3317	-0.0804	0.4653	-0.5213	-10.3787	-25.3576
78	2.1555	0.3358	-0.8285	1.1447	-0.8748	2.4032	0.0474	-0.0936	-0.3378	0.0398	-0.1455	-0.1546	0.0747	0.1997	0.0944	0.4512	0.0892	-0.0428	0.3006	-0.0072	0.5031	-1.0707	-21.6188	-2.8955
79	0.6021	-0.0399	0.2053	0.8337	0.0784	0.5067	-0.0193	0.1137	-0.115	-0.2019	0.0592	-0.2047	0.0849	0.1493	-0.0388	0.3547	0.0185	0.0736	0.2692	-0.0493	0.3201	-12.0809	-5.8571	-27.7231
80	2.655	0.6854	-0.4935	0.9834	-0.0429	1.0805	-0.0965	0.2189	-0.1259	-0.3516	0.1405	-0.1916	0.1132	0.1578	-0.0568	0.5009	-0.0134	0.0591	0.2912	-0.0796	0.3392	-22.6253	-10.9044	-38.0887
81	0.6604	-0.0576	-0.1284	0.4929	0.1106	0.5807	0.0254	0.0038	-0.1003	-0.0054	-0.0425	0.0965	0.1792	-0.0835	0.0144	0.3828	-0.0421	0.0236	0.2232	-0.011	0.3412	-42.5001	-20.8796	-14.5511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 524 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 525 through 559 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 29 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 78 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 79 through 125 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 126 through 158 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 159 through 181 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 182 through 242 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 243 through 319 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 320 through 405 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 406 through 434 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 2 through 23 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 24 through 56 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 57 through 74 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 75 through 179 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 180 through 195 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 196 through 226 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 227 through 265 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 2 through 56 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 57 through 162 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 163 through 209 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 210 through 286 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 287 through 559 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 2 through 29 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 30 through 74 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 75 through 125 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 126 through 158 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 159 through 204 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 205 through 405 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 406 through 434 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 2 through 23 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 24 through 56 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 57 through 74 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 75 through 156 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 157 through 195 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 196 through 226 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 227 through 265 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 2 through 56 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 57 through 117 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 118 through 147 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 148 through 247 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 248 through 524 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 525 through 559 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 2 through 29 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 30 through 74 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 75 through 103 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 104 through 158 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 159 through 181 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 182 through 275 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 276 through 405 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 406 through 434 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'I' and (resid 2 through 23 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resid 24 through 56 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resid 57 through 74 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resid 75 through 139 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resid 140 through 195 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resid 196 through 226 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resid 227 through 265 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'J' and (resid 2 through 56 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'J' and (resid 57 through 147 )
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'J' and (resid 148 through 247 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'J' and (resid 248 through 524 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'J' and (resid 525 through 559 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'K' and (resid 2 through 29 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'K' and (resid 30 through 55 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'K' and (resid 56 through 125 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'K' and (resid 126 through 181 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'K' and (resid 182 through 275 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'K' and (resid 276 through 405 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'K' and (resid 406 through 434 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'L' and (resid 2 through 23 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'L' and (resid 24 through 56 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'L' and (resid 57 through 74 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'L' and (resid 75 through 195 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'L' and (resid 196 through 226 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'L' and (resid 227 through 265 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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