PDB-9qk5: X-ray crystal structure of SlPYL1-Caffeic Acid complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qk5

タイトル

X-ray crystal structure of SlPYL1-Caffeic Acid complex

要素

SlPYL1-NIO

キーワード

PLANT PROTEIN / ABA receptor / SlPYL1 / Caffeic Acid

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Rivera-Moreno, M. / Merino-Gracia, J. / Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2025
タイトル: Natural modulators of abscisic acid Signaling: Insights into polyphenol-based antagonists and their role in ABA receptor regulation.
著者: Merino, J. / Rivera-Moreno, M. / Bono, M. / Nunez-Villanueva, D. / Gonzalez-Vega, A. / Mayordomo, C. / Infantes, L. / Chikhale, R. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.

履歴

登録	2025年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qk5.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qk5.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9qk3C 9qk4C 9qk6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.066, 90.066, 51.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	SlPYL1-NIO 分子量: 25738.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: 101268417 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q7HTY9
#2: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID 分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M ammonium sulfate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月14日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→33.87 Å / Num. obs: 41294 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 1.34 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / CC_1/2: 0.79 / Net I/σ(I): 2.02
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / Num. unique obs: 14919 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→33.87 Å / SU ML: 0.1574 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2132	2040	4.94 %
R_work	0.1955	39252	-
obs	0.1963	41292	96.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	22	130	1671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8382	2157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0802	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	278
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6986	569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.48	0.3406	164	0.2936	2346	X-RAY DIFFRACTION	88.44
1.48-1.52	0.2876	113	0.2691	2530	X-RAY DIFFRACTION	93.43
1.52-1.56	0.3291	127	0.2517	2587	X-RAY DIFFRACTION	96.41
1.56-1.61	0.2508	152	0.2435	2604	X-RAY DIFFRACTION	97.28
1.61-1.66	0.2536	121	0.2261	2631	X-RAY DIFFRACTION	97.48
1.66-1.72	0.2666	131	0.234	2620	X-RAY DIFFRACTION	97.11
1.72-1.79	0.2198	142	0.2043	2604	X-RAY DIFFRACTION	96.42
1.79-1.87	0.2145	108	0.1992	2625	X-RAY DIFFRACTION	96.67
1.87-1.97	0.1946	140	0.186	2612	X-RAY DIFFRACTION	96.56
1.97-2.09	0.2048	110	0.1758	2622	X-RAY DIFFRACTION	96.71
2.09-2.25	0.1687	146	0.1781	2657	X-RAY DIFFRACTION	97.09
2.25-2.48	0.1955	158	0.1941	2632	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.48-2.84	0.2442	164	0.2094	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.84-3.57	0.2022	126	0.1922	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.58-33.87	0.2	138	0.1799	2765	X-RAY DIFFRACTION	96.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.205190975391	0.0483478097796	0.197476981563	0.153171843171	-0.327891618387	0.770009735395	-0.656589759466	0.00624808691142	-0.271877724597	0.49956987019	-0.0134043463797	0.565094811947	0.0335630394881	-0.405635718369	-0.202807065263	0.266646503515	-0.0650682246846	0.102482748512	0.228304343141	-0.0999903295376	0.447644290553	26.8808452324	23.6331996294	15.6308034697
2	0.115176405379	-0.0968370213801	-0.154502250838	0.453467338771	-0.0815814656327	0.248280236094	-0.176967038338	0.0589523580957	0.302972761483	0.257373020357	0.139872789605	0.0270806519898	-0.550303573876	0.217878495276	0.00273480035606	0.312772001763	-0.0279264733502	0.0190528101556	0.206290916895	-0.0573196935164	0.232073278933	36.0738805354	25.6102033039	10.8667022379
3	0.361110165148	0.522349905754	-0.195508963823	0.894952249852	0.190975107654	0.678555032694	0.0928797150562	-0.11495917983	0.392348073464	0.105034490579	-0.0952041410786	0.223954971763	-0.0386286798829	-0.100822800044	0.00139197563331	0.180723647905	0.0054189608639	0.039802406666	0.217632595089	-0.022967152757	0.267620604667	23.801690532	19.5374720999	10.5350408562
4	0.108727826743	0.0452750433132	0.0552150752045	0.218453788784	-0.0159276973717	0.0799812249975	-0.115326465435	-0.0910959680965	0.232959226393	-0.0653366977328	0.0332375320063	-0.0621929497968	0.00271279694228	-0.00543109363572	9.14990545751E-5	0.181096534641	0.0375425955906	0.0242381936472	0.224300823203	0.0322224251462	0.167518640643	40.0194930612	13.7248995364	-1.74014557124
5	0.480844537284	-0.19745794558	-0.0778574333156	0.195162281915	-0.0583598730887	0.0144128066057	0.124896697226	0.0585023114755	-0.131939950667	-0.209506582797	-0.0886375552012	0.0584615543113	0.0733974819048	0.233457223597	0.000255487102544	0.23588257606	0.0311796582878	-0.0203194889879	0.231508341184	-0.00163994570502	0.172680246315	27.2486868275	5.79508407894	-4.37743631012
6	1.58234057764	-0.284664559583	0.0513307930879	0.363644418097	0.310006869712	0.400716402465	-0.111013320595	0.976999009766	0.371756578887	-1.08717483991	0.361606234165	-0.194347814649	-0.0881141106191	0.19412507105	0.213011866565	0.460463934374	0.00221342893053	-0.0159701597697	0.401156679248	0.0878037047557	0.22617501447	23.79050285	14.2841332086	-15.5895538298
7	0.249869477182	-0.407051821592	0.186795757033	0.757330882246	-0.358553094037	0.400535674189	0.0613067486531	-0.15252647296	-0.453670424185	-0.186055746879	0.572214872618	1.48103199054	0.297654989112	-0.519410737226	0.180150616031	0.272793169428	-0.0183725401024	-0.0710433479049	0.293396970529	0.122381110831	0.489687018331	16.3848577677	2.50918269325	-2.98484700426
8	0.302541728874	-0.211449097093	-0.0613309190705	0.270121878427	-0.25046380243	0.19796295423	0.107789714547	0.0164865740039	0.399422342777	-0.120131616015	-0.104679451508	0.314930622652	-0.115861006703	0.0419595225472	-0.000506644109095	0.200929702023	0.00349253032093	-0.00527708975202	0.192269703392	0.0407849720563	0.210929349225	24.9161192243	18.4086402884	-4.15674407042
9	0.421712641572	-0.0642200156714	-0.152289589277	0.084707392673	0.00711521735988	0.119709220888	-0.306324836689	0.576492178377	-0.887267549695	0.275071779602	0.095333903091	0.530918658767	0.852070072381	-0.436372931119	-0.0255080544962	0.339862537948	-0.0522580937858	0.0582682586163	0.270870161164	-0.0341120413606	0.438054706313	13.1987403851	10.1640734297	4.16966830568
10	0.44467192513	-0.375016665834	0.447712762471	0.949980450074	-0.688523599646	1.41696383978	-0.0181148874805	0.0605744473382	-0.106791327622	0.0661256082588	-0.0410384934007	0.0644788942986	-0.0830341548339	0.0641137590312	-0.00709334758459	0.149138800292	-0.0169314695031	0.0074629135878	0.172096309454	-0.0178364438365	0.177726066388	31.1627181608	16.7447147001	7.84006520565
11	0.7165810223	0.545470895748	0.442207203659	1.91815963404	-0.698705920659	0.912569116813	-0.0459751771829	-0.0398247450569	-0.19652954427	0.0820937301097	0.0070006092379	-0.012442227063	0.197832125269	0.00365327715933	0.000162625210932	0.202815784378	1.44126066612E-5	-0.00413832219775	0.165773883315	0.0238053123571	0.17328224307	31.3864889996	7.13715138582	7.08687195767

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 43 )	28 - 43	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 44 through 57 )	44 - 57	17 - 30
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )	58 - 75	31 - 48
4	4	chain 'A' and (resid 76 through 86 )	76 - 86	49 - 59
5	5	chain 'A' and (resid 87 through 103 )	87 - 103	60 - 76
6	6	chain 'A' and (resid 104 through 114 )	104 - 114	77 - 87
7	7	chain 'A' and (resid 115 through 128 )	115 - 128	88 - 101
8	8	chain 'A' and (resid 129 through 149 )	129 - 149	102 - 122
9	9	chain 'A' and (resid 150 through 157 )	150 - 157	123 - 130
10	10	chain 'A' and (resid 158 through 189 )	158 - 189	131 - 162
11	11	chain 'A' and (resid 190 through 220 )	190 - 220	163 - 193

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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