PDB-9qk3: X-ray crystal structure of SlPYL1-Coumaric Acid complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qk3

タイトル

X-ray crystal structure of SlPYL1-Coumaric Acid complex

要素

SlPYL1-NIO

キーワード

PLANT PROTEIN / ABA receptor / SlPYL1 / Coumaric Acid

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Rivera-Moreno, M. / Merino-Gracia, J. / Infantes, L. / Albert, A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2025
タイトル: Natural modulators of abscisic acid Signaling: Insights into polyphenol-based antagonists and their role in ABA receptor regulation.
著者: Merino, J. / Rivera-Moreno, M. / Bono, M. / Nunez-Villanueva, D. / Gonzalez-Vega, A. / Mayordomo, C. / Infantes, L. / Chikhale, R. / Rodriguez, P.L. / Albert, A.

履歴

登録	2025年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qk3.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qk3.ent.gz	69.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qk3_validation.pdf.gz	687.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qk3_full_validation.pdf.gz	689.6 KB	表示
XML形式データ	9qk3_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	9qk3_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/9qk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qk4C 9qk5C 9qk6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

A: SlPYL1-NIO

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.869, 89.869, 51.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	SlPYL1-NIO 分子量: 25738.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: 101268417 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q7HTY9
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M ammonium sulfate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月14日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→44.93 Å / Num. obs: 26794 / % possible obs: 91.68 % / 冗長度: 1.34 % / B_iso Wilson estimate: 31.83 Å² / CC_1/2: 0.766 / Net I/σ(I): 1.32
反射シェル	解像度: 1.65→1.65 Å / Num. unique obs: 1440 / CC_1/2: 0.766

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→44.93 Å / SU ML: 0.2699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.0482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	1299	4.85 %
R_work	0.2239	25495	-
obs	0.225	26794	91.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1519	0	16	68	1603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	1565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6719	2128
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	279
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6196	571

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.72	0.4427	161	0.4502	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.72-1.79	0.4416	157	0.4135	2732	X-RAY DIFFRACTION	89.89
1.79-1.88	0.3483	171	0.3288	2868	X-RAY DIFFRACTION	98.13
1.89-2.01	0.2776	130	0.2739	2479	X-RAY DIFFRACTION	81.76
2.01-2.16	0.27	93	0.2468	2724	X-RAY DIFFRACTION	86.97
2.16-2.38	0.2665	160	0.2421	2756	X-RAY DIFFRACTION	90.42
2.38-2.72	0.2394	145	0.2454	2896	X-RAY DIFFRACTION	93.17
2.72-3.42	0.2522	130	0.2321	3108	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.46-3.46	0.2052	152	0.1743	2891	X-RAY DIFFRACTION	92.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.309810779317	0.0450681433224	0.457598616915	0.123853239037	0.183517876582	0.579741450274	0.367179951957	0.361644916818	-0.134106868233	0.584240966715	-0.877008087293	0.474133424345	0.319068651163	0.0849898282647	-0.000372834413338	0.420829866326	-6.79998764411E-5	0.0660796398075	0.513533833619	-0.153962339766	0.617040847762	33.718934225	11.268553633	-6.51571670982
2	0.118815736325	-0.28593478409	0.102537409196	0.251667800513	-0.326544954122	0.431301255654	-0.215350069546	0.274373687023	-0.24133228292	-0.352311399216	0.317058360616	-1.19159137445	0.304206268787	0.606019749923	0.00020071903527	0.400569152732	0.0278496155048	0.0374653131537	0.549598307254	-0.121723465936	0.568972476037	40.1783750839	18.3053263058	-1.69652235051
3	0.764532209348	0.391981004517	-0.261033227322	0.380744222572	0.251404402965	0.598935423087	-0.0617990928254	0.338967367392	-0.330706012099	-0.00285360900021	0.181222101632	-0.58898551362	0.12084164888	0.070460212321	-0.000233062241434	0.390721108201	4.62302930278E-5	-0.0393465837538	0.322955688447	-0.0675835343624	0.457480257079	28.6571554238	10.9208847449	-1.59275240772
4	2.4363356975	0.910038933587	0.000161186328864	2.0499554283	0.10426971417	0.572398481151	-0.0227666131404	-0.389520488997	0.047733646541	0.313370286709	0.0598332540264	-0.0400670807082	-0.00556496012241	-0.0869326168974	9.01413436803E-5	0.442967458907	0.0228054337868	-0.0338378251178	0.372001742844	-0.000810860219724	0.301226177048	23.2271821213	20.5335115601	15.7442164942
5	1.18002257155	-1.46346807807	0.306275998464	2.6913499644	-0.86148644216	0.315920829309	0.565954161004	-0.141522973766	-1.02973753847	-0.123687909632	0.268459306435	1.58134152892	0.544722057206	-0.179767471958	0.160159939413	0.415430708328	-0.024121000312	-0.0448529179158	0.402549922193	0.0664402803958	0.551724032725	10.0602841679	13.0739564926	11.4602195359
6	0.412319193179	-0.479376974743	0.260437032924	0.935927808531	0.195567527625	0.532337571369	0.158688267274	-0.0606101783663	-0.764225448595	0.315737472651	0.0660969230975	-0.346549720721	0.0665689645584	0.138112845792	-9.8208990069E-5	0.391423610555	-0.00363035419891	-0.0395767423813	0.328421566397	0.0319125567554	0.369975767913	27.3346355668	12.217562322	13.2288540436
7	0.126519915576	-0.161275791893	-0.121851924532	0.195319385258	0.0843893701187	0.37243937531	0.153409939708	0.136149439671	-0.639506544736	-0.341670256333	-0.103026360287	1.36081934635	-0.183838829024	-0.735717458268	0.000647357232071	0.401661222723	0.0261565782364	-0.104084647282	0.471566524249	0.04665109791	0.664502944877	14.6027957971	6.76702061967	4.63725959703
8	0.887607700163	-0.608984946364	0.561906551985	0.391581099015	-0.417906698364	0.275197457491	-0.0265627385322	0.0419936070788	0.0462734834402	0.127909367389	-0.027902941021	-0.102109973759	-0.0154106777325	0.233375597597	-3.59633295603E-6	0.323927171539	-0.0433844225508	-0.0362366185284	0.359747535499	0.00779145129361	0.321075457109	36.1968729294	23.7244800115	3.46312427191
9	1.13174400786	-0.763054069405	0.703083463847	0.71243005419	-1.03225505622	1.7077217046	0.303146300603	-0.0922691556027	0.329465191698	0.23690783195	-0.394035634087	0.734511159088	-0.0151332229698	-0.0291827111166	-0.000558028514228	0.308560811041	-0.00296510861725	-0.0164565599473	0.296213243579	-0.018793883303	0.313272259624	25.6615412863	15.1377431966	-0.52622717059
10	1.7842721482	-0.208252513061	0.423462246032	0.926160608961	-0.789781183503	0.670961626045	-0.108602875788	-0.0460844695317	-0.0353809748093	-0.414556542224	-0.00618471367921	0.0590291014772	-0.349649821519	-0.212502908034	0.000125939967615	0.376303285929	0.0116784707341	-0.0192200125335	0.339754781261	0.024590092957	0.293689693182	21.7750612869	23.6878814774	1.76283704492

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 43 )	28 - 43	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 44 through 57 )	44 - 57	17 - 30
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )	58 - 75	31 - 48
4	4	chain 'A' and (resid 76 through 114 )	76 - 114	49 - 87
5	5	chain 'A' and (resid 115 through 127 )	115 - 127	88 - 100
6	6	chain 'A' and (resid 128 through 149 )	128 - 149	101 - 122
7	7	chain 'A' and (resid 150 through 157 )	150 - 157	123 - 130
8	8	chain 'A' and (resid 158 through 170 )	158 - 170	131 - 143
9	9	chain 'A' and (resid 171 through 189 )	171 - 189	144 - 162
10	10	chain 'A' and (resid 190 through 220 )	190 - 220	163 - 193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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