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- PDB-9qje: USP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qje
タイトルUSP7 Covalently Bound to N-(6-Fluoro-3-nitropyridin-2-yl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)isoquinolin-3-amine (GCL36, 7a) with Partial Occupancy
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
キーワードHYDROLASE / Covalent / SNAr / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of telomere capping / regulation of establishment of protein localization to telomere / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / : / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / : ...regulation of telomere capping / regulation of establishment of protein localization to telomere / monoubiquitinated protein deubiquitination / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / deubiquitinase activity / DNA alkylation repair / : / K48-linked deubiquitinase activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / : / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / protein deubiquitination / negative regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / transcription-coupled nucleotide-excision repair / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of PTEN localization / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of circadian rhythm / PML body / regulation of protein stability / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / p53 binding / Regulation of TP53 Degradation / rhythmic process / chromosome / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Ub-specific processing proteases / protein stabilization / nuclear body / protein ubiquitination / cysteine-type endopeptidase activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / MATH domain / : / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like ...Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7, ICP0-binding domain / ICP0-binding domain of Ubiquitin-specific protease 7 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, C-terminal / Ubiquitin-specific protease C-terminal / MATH domain / : / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Stahlecker, J. / Ernst, L.N. / Gehringer, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Arch Pharm / 年: 2025
タイトル: Design, Synthesis, and Molecular Evaluation of S N Ar-Reactive N-(6-Fluoro-3-Nitropyridin-2-yl)Isoquinolin-3-Amines as Covalent USP7 Inhibitors Reveals an Unconventional Binding Mode.
著者: Ernst, L.N. / Stahlecker, J. / Mier, F. / Serafim, R.A.M. / Wydra, V.R. / Masberg, B. / Jaag, S.J. / Knappe, C. / Lammerhofer, M. / Stehle, T. / Gehringer, M. / Boeckler, F.M.
履歴
登録2025年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,74412
ポリマ－82,4112
非ポリマー1,33310
水81145
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8636
ポリマ－41,2061
非ポリマー6585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8816
ポリマ－41,2061
非ポリマー6755
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.749, 68.816, 77.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 7 / Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin ...Deubiquitinating enzyme 7 / Herpesvirus-associated ubiquitin-specific protease / Ubiquitin thioesterase 7 / Ubiquitin-specific-processing protease 7


分子量: 41205.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP7, HAUSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93009, ubiquitinyl hydrolase 1

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物 ChemComp-A1I71 / ~{N}-(3-nitropyridin-2-yl)isoquinolin-3-amine


分子量: 347.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: USP7 (17.5 mg/mL) was incubated with the Compound (500 uM in reservoir solution) prior to crystallization. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M sodium bromide, 22% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 37154 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.06 % / Biso Wilson estimate: 78.21 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.33
反射 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / 冗長度: 7.31 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 5966 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→43.58 Å / SU ML: 0.3838 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.437
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 1523 4.11 %
Rwork0.2036 35576 -
obs0.2054 37099 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→43.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5174 0 75 45 5294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00765352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88857259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.75271921
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.26-2.330.37471370.34653202X-RAY DIFFRACTION99.32
2.33-2.420.34391390.33383251X-RAY DIFFRACTION99.3
2.42-2.510.38871380.30523223X-RAY DIFFRACTION99.32
2.51-2.630.43841380.3323223X-RAY DIFFRACTION99
2.63-2.770.35911370.27263217X-RAY DIFFRACTION98.47
2.77-2.940.31621370.25413191X-RAY DIFFRACTION98.61
2.94-3.170.3011360.25513178X-RAY DIFFRACTION97.18
3.17-3.480.29011390.2243257X-RAY DIFFRACTION99.71
3.48-3.990.24381400.19013269X-RAY DIFFRACTION99.65
3.99-5.020.19121400.15993274X-RAY DIFFRACTION99.42
5.02-43.580.21571420.1823291X-RAY DIFFRACTION97.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.20614528288-0.5905549129420.3584243361132.08941064458-0.01114916870353.52020812910.0982368398638-0.0884584568713-0.7429751510540.02865366588510.02341239107930.8144773703360.271303077141-0.381838052008-0.01929520890460.8602183376580.01761033044160.005673790317630.6034292023040.01207757074810.988343122645-24.29807164217.02683446882-2.10112314636
25.074467144862.78887299061-1.183052282352.964124835791.422394742113.265886412760.06052054398150.029866154043-0.83725710278-0.194169681776-0.470806551353-0.4082093677050.949622931423-0.01323043509690.2966945988691.0171770919-0.02453382183970.1692024896590.7516829367730.1048251759690.914029459064-24.31783579032.488425442476.2628316118
34.68308233796-0.179105558496-0.2537847017191.26250178266-0.2199916252220.8221240417420.0359821518708-0.142412748884-0.623323067142-0.141831453822-0.0498821382984-0.4650883212930.1641553260560.2329098179920.1039041890970.8409951616790.0517163005839-0.06177168006440.6815063601650.07424111726330.898616781054-0.944184441348.01555044165-3.05496417673
46.21411543934-2.395215196321.139923226633.14709469978-0.5160987998141.667496465890.00955516991695-0.08593534654250.697948166152-0.152824064093-0.288544956125-1.83646897660.06534486955790.2043857093920.1994579446150.7623740372430.0177706119119-0.1248530300140.7225995407330.2210365988791.2174736327519.0005130938.8052525104-0.199434850079
56.80461619507-1.65152907610.9249564980964.00229294911.805277881292.33696156833-0.108198810847-0.4588073191770.6709154048890.4041213941040.0672391117459-0.6099769080910.0746006654498-0.04362910142370.0726707923620.7213075285250.00875245999997-0.07521633596230.5673426602560.004930913237340.716501553967-3.6951790279319.68428232190.214303206144
66.38979001299-0.03037493831211.741049506645.147159179470.7010517569641.25762427277-0.00418914523876-0.3431569396680.696579919457-0.013787098634-0.3450254097010.452349317408-0.296788043728-0.1538975228440.1559051623430.778955995888-0.005696589340740.01600820713310.6648845992970.006444673942610.681369243872-17.667939225420.6114520064-0.77431517361
70.250837978726-0.3321369219181.153714646050.463790356653-1.638426854435.810647878580.546555889701-0.51219481137-1.144672703910.5582773687350.5562376559490.07632248879210.403137544318-1.71800964179-0.0210296132480.894142398203-0.171428963801-0.0594586321.14586156469-0.1733023252621.77317311809-36.6082567961-2.29015280891-3.77106087829
84.95100177533-0.1709362543141.438759319215.500773170580.7293918220664.23402297161-0.1938442791540.117585306811-0.181064055981-0.2653839006560.146988179941-0.5104499404240.004998420938710.4331651152280.1229712523810.683007281190.1022698290850.07247661998190.762688404025-0.1127660675460.775427082564-10.66613855054.39654225998-37.4966323768
93.93327786059-0.732523602046-0.04227749128871.91879632649-0.0136956952090.790121618252-0.126479655040.413083882438-0.721780675897-0.1182448916380.04516066498660.4640373402570.212932185776-0.1167523733010.08187455986010.7225397868660.046639034718-0.0256516264840.738231325471-0.1122614326580.890166639743-30.47159909975.00147012383-38.8753428648
104.16578196344.766938280610.7534853771865.773502946121.191790630950.46768485822-0.6924302571630.768470193220.389838774656-0.4734820935210.4007893042831.728633292340.247758197233-0.09836135923980.1385765512410.812600195703-0.0153304975712-0.0603374959920.824206235251-0.03512343742251.17604691503-55.00158410386.17877570207-41.2187759221
115.222997811910.5335479696720.004440629009364.62374620069-1.649295830051.63582313024-0.1530377091490.0702631855172-0.00138841087584-0.07950765231160.173584824440.4512883263780.00550548859780.272761074989-0.00570792150820.636810998030.0808609257081-0.031024594720.638141106678-0.009644068582040.61128195196-30.972780582817.5643540822-38.4659208734
121.93371749255-0.01557445311371.164492674594.823312851032.25309546875.10207574965-0.07765202541310.4025743756730.707211492409-0.3903069099370.123477345098-1.19792007731-0.5689875282420.745592140768-0.01193526560110.8037027305960.0014758649250.04249151700060.951262074886-0.06770613456790.804662837759-13.253893914819.7025263086-41.2534991145
136.2721783028-2.62233718989-0.2556914175434.66421813232-0.6003840252190.813229562080.03858394848850.0594947399513-0.1138590060820.290245834642-0.0251832072806-0.361516483471-0.1265658474590.389311979825-0.009876743216460.6233687890720.0649996150184-0.1527023503650.724601085639-0.1431656041030.627859707274-13.468051770911.3201264886-35.5468595625
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 206 through 269 )AA206 - 2691 - 64
22chain 'A' and (resid 270 through 287 )AA270 - 28765 - 82
33chain 'A' and (resid 288 through 367 )AA288 - 36783 - 162
44chain 'A' and (resid 368 through 397 )AA368 - 397163 - 192
55chain 'A' and (resid 398 through 457 )AA398 - 457193 - 252
66chain 'A' and (resid 458 through 537 )AA458 - 537253 - 323
77chain 'A' and (resid 538 through 554 )AA538 - 554324 - 340
88chain 'B' and (resid 206 through 269 )BF206 - 2691 - 64
99chain 'B' and (resid 270 through 367 )BF270 - 36765 - 162
1010chain 'B' and (resid 368 through 395 )BF368 - 395163 - 190
1111chain 'B' and (resid 396 through 457 )BF396 - 457191 - 250
1212chain 'B' and (resid 458 through 488 )BF458 - 488251 - 278
1313chain 'B' and (resid 489 through 554 )BF489 - 554279 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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